是时唐王被执死，鲁王亦败走海外，湖广何腾蛟、江西杨廷麟等皆前后覆灭，而明遗臣尚拥残旅，遥奉永历。金坛人王祈聚众入建宁，属县多响应。日初曰：“建宁，入闽门户，能守，则诸郡安，然不扼仙霞关，建宁终不守也。欲取仙霞，宜先取蒲城。”乃遣长子桢随副将谢南云先趋蒲城，失利，皆死。而御史徐云兵连入数州县，锐甚，日初说令夜入蒲城，自督兵继进。会大雷雨，人马冲泥淖，行不能速，军遂溃。建宁被围，王使兵部尚书揭重熙赴援。日初上书，请迳取蒲城，断仙霞岭饷道，徐与围中诸将夹击之。重熙巡至邵武，不能进，建宁遂破，王祈力战死。日初收残卒走广信，寻入封禁山中，数日粮尽，喟然曰：“天下事坏散已数十年，不可救正。然庄烈帝殉社稷，薄海茹痛，小臣愚妄，谓即此可延天命。今乃至此，徒毒百姓，何益？”遂散众，独行归常州。久之，张煌言与郑成功军薄江宁，败走。讹传张弟凤翼乃日初门人，从师匿，县官将收捕，日初色如常，曰：“吾当死久矣。”既而事解。卒，年七十有八。
少与杨廷枢等交，於百氏无所不窥，尤喜宋儒书。及从刘宗周游，学益进，尝上书申
救，义声震天下。丙戌后，累至山阴哭祭，为之行状，近十万言。晚服浮图服，而言学者多宗之。无锡高世泰重葺东林书院，日初与同志习礼其间。知常州府骆锺泰屡求见，不纳。去官后，与一见，言中庸要领，喜而去，曰：“不图今日得聆大儒绪论也！”
次子桓，在建宁被掠，不知所终；少子格，字寿平，见艺术传。
郭金台，字幼隗，湘潭人，本姓陈氏，名湜。年十五，遭家难，赖中表郭氏卵翼得脱，遂为继。弱冠有声黉序间，万历间，两中副车。崇祯朝，屡以名荐，不起；例授官，亦不拜。既南渡，隆武乡试登贤书，督师何腾蛟论荐，授职方郎中。再起监军佥事，有司敦迫，皆以母老病辞不就。避迹山中，然於时事多所论列。一二枕戈泣血之士，崎岖岭海，经营措置，不遗馀力。当是时，溃卒猖獗，积尸盈野，百里无人烟。金台请於督师，命偏裨主团练，力率乡勇，锻矛戟，峙刍糗，乡人全活者以数万计。
清初，当局特疏荐於朝，力请得免。晚授徒衡山，深衣幅巾，足不履户外，绝口不谈世事。惟论列当时殉难诸人，辄欷歔流涕。康熙十五年，以疾卒於家，年六十有七。自题其墓曰“遗民郭某之墓”。著有石村诗文集，五经骈语，博物汇编。
朱之瑜，字鲁玙，号舜水，馀姚人，寄籍松江。少有志概，九岁丧父，哀毁逾礼。及长，精研六经，特通毛诗。崇祯末，以诸生两奉徵辟，不就。福王建号江南，召授江西按察司副使，兼兵部职方司郎中，监方国安军，之瑜力辞。台省劾偃蹇不奉诏，将逮捕，乃走避舟山，与经略王翊相缔结，密谋恢复。渡海至日本，思乞师。鲁王监国，累徵辟，皆不就。又赴安南，见国王，强令拜，不为屈，转敬礼之。
复至日本，时舟山既失，之瑜师友拥兵者，如朱永祐、吴锺峦等皆已死节，乃决蹈海全节之志，遂留寓长崎。日人安东守约等师事之，束脩敬养，始终不衰。日本水户侯源光国厚礼延聘，待以宾师，之瑜慨然赴焉。每引见谈论，依经守义，曲尽忠告善道之意。教授学者，循循不倦。
日人重之瑜，礼养备至，特于寿日设养老之礼，奉几杖以祝。又为制明室衣冠使服之，并欲为起居第，之瑜再辞曰：“吾藉上公眷顾，孤踪海外，得养志守节，而保明室衣冠，感莫大焉！吾祖宗坟墓，久为发掘，每念及此，五内惨烈。若丰屋而安居，岂我志乎？”乃止。
之瑜为日人作学宫图说，商榷古今，剖微索隐，使梓人依其图而以木模焉，栋梁枅椽，莫不悉备。而殿堂结构之法，梓人所不能通晓者，亲指授之。度量分寸，凑离机巧，教喻缜密，经岁而毕。文庙、启圣宫。明伦堂、尊经阁、学舍、进贤楼，廊庑射圃，门户墙垣，皆极精巧。又造古祭器，先作古升、古尺，揣其称胜，作簠、簋、笾、豆、登、鉶之属。如周庙欹器，唐、宋以来，图虽存而制莫传，乃依图考古，研覈其法，巧思默契，指画精到。授之工师，或未洞达。复为揣轻重，定尺寸，关机运动，教之经年，不厌烦数，卒成之。於是率儒学生，习释奠礼，改定仪注，详明礼节，学者皆通其梗概。日人文教，为之彬彬焉。之瑜居日本二十馀年，年八十三卒，葬於日本长崎瑞龙山麓。日人谥曰文恭先生，立祠祀之，并护其墓，至今不衰。