明年，世祖定鼎燕京，混一宇内。顾实汗复奏：“达赖功德无量，宜延至京，令其讽诵经咒，以资福佑。”乃遣使往迎。顺治四年，达赖、班禅各遣使献金佛、念珠，表颂功德。五年，遣喇嘛席喇布格隆等赍书存问达赖，并敦请之。达赖覆书，许於辰年朝觐。九年十月，达赖抵代噶，命和硕承泽亲王硕塞等往迎。十二月，达赖至，谒於南苑，宾之於太和殿，建西黄寺居之。达赖寻以水土不宜，告归，赐以金银、缎币、珠玉、鞍马慰留之。十年二月，归，复御殿赐宴，命亲王硕塞偕贝子顾尔玛洪、吴达海率八旗兵送至代噶，命礼部尚书觉罗朗球、理藩院侍郎达席礼赍金册印，於代噶封达赖为西天大善自在佛领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛。达赖归，兴黄教，重建布达拉及前藏各寺院六十二处，又创修喀木、康等处庙，计三千七十云。
是时顾实汗先卒，达赖又年老，大权旁落於第巴桑结。桑结诡遣内安岛人冒阐化王贡使，实则阐化王久经残破，废为喇嘛，而屡次进贡仍书王名，并请换敕印。廉得其实，斥之。吴三桂王云南，岁遣人至藏熬茶。康熙十三年，三桂反，诏青海蒙古兵由松潘入川。桑结使达赖上书尼之，且代三桂乞降。及大兵围吴世璠於云南，世璠割中甸、维西二地乞援於藏，其书为贝子章泰军所获。朝廷但驻守中甸，未深问也。康熙二十一年，在布达拉寺圆寂，年六十二。
当五世达赖之卒也，第巴桑结以议立新达赖故，与拉藏汗交恶。桑结既以己意立罗布藏仁青策养嘉错为六世达赖，乃秘不发丧，伪言达赖入定，居高阁，不见人，凡事传达赖命行之，自是益横。既袒准噶尔以残喀尔喀蒙古，复唆准噶尔以斗中国，又外构策妄阿喇布坦，内閧拉藏汗，遂招准兵寇藏之祸。凡西北扰攘数十年，皆第巴一人所致。
噶尔丹者，亦四额鲁特之一，曾入藏为喇嘛，与第巴暱。归篡其汗，自言受达赖封为准噶尔博硕克图汗。又喀尔喀蒙古以入藏隔於额鲁特，乃自奉宗喀巴第三弟子哲卜尊丹巴胡图克图之后身为大胡图克图，位与班禅亚，凡数十年矣。至喀尔喀车臣汗与土谢图汗构兵，圣祖遣使约达赖和解之。桑结奏使噶尔丹西勒图往。蒙语喇嘛坐床者为“西勒图”，达赖大弟子也。而哲卜尊丹巴胡图克图亦奉诏莅盟坛，与噶尔丹西勒图抗礼。噶尔丹使其族弟随之观衅，因责喀尔喀待达赖无加礼，诟责之，为土谢图汗所杀。噶尔丹遂以报仇为名，袭侵其部落。喀尔喀集众议投俄罗斯与投中国孰利，哲卜尊丹巴曰：“俄罗斯持教不同，必以我为异类，宜投中国兴黄教之地。”遂定计东走。圣祖申命桑结遣使罢兵。桑结使济隆胡图克图往，反阴嗾之。二十九年，遂入寇漠南，我兵败之乌阑布通。噶尔丹讬济隆代乞和，顶威灵佛，立誓而遁。桑结内惭，乃讬达赖意，合青海蒙古及额鲁特各台吉上尊号，圣祖不受，诏曰：“朕与达赖，期于抚育众生，而所遣堪布等故违意旨，以致喀尔喀、额鲁特两伤。如能令其修和，朕方欲加达赖嘉号，此皆任事行人不能仰副朕心及达赖意，致喀尔喀残破，额鲁特丧败，朕心实为隐痛，复何尊号之可受乎？来使贡物其发还！”屡遣京师喇嘛入藏探之。三十四年，达赖入贡，言己年迈，国事决第巴，乞锡封爵。诏封第巴桑结为土伯特国王。
三十五年，圣祖亲征噶尔丹，至克鲁伦河。噶尔丹败窜，慰其部下曰：“此行非我意，乃达赖使言南征大吉，是以深入。”上谓达赖存必无是事，乃遣使第巴桑结书曰：“朕询之降番，皆言达赖脱缁久矣，尔至今匿不奏闻。且达赖存日，塞外无事者六十馀年，尔乃屡唆噶尔丹兴戎乐祸，道法安在？达赖、班禅分主教化，向来相代持世。达赖如果厌世，当告诸护法主，以班禅主宗喀巴之教。尔乃使众不尊班禅而尊己，又阻班禅进京，朕欲和解准噶尔部，尔乃使有亏行之济隆以往。乌阑布通之役，为贼军卜日诵经，张盖山上观战，胜则献哈达，不胜又代为讲款，以误我追师。繄尔袒庇噶尔丹之由，今为殄灭准夷告捷礼，以噶尔丹佩刀一及其妻阿奴之佛像一、佩符一，遣使赉往，可令与达赖相见，令班禅来京，执济隆以畀我。如其不然，朕且檄云南、四川、陕西之师见汝城下。汝其纠合四额鲁特人以待，其毋悔！”
桑结惶恐，明年密奏言：“为众生不幸，第五世达赖於壬戌年示寂，转生静体，今十五岁矣。前恐唐古特民人生变，故未发丧。今当以丑年十月二十五日出定坐床，求大皇帝勿宣泄。至班禅，因未出痘，不敢至京。济隆，当竭力致之京师。乞全其身命戒体，并封达赖临终尸盐拌像。”圣祖许为秘之，待十月宣示内外。而第巴使者归，途遇策妄阿喇布坦会擒噶尔丹之兵，复宣言：“达赖已厌世，尔部落兵毋得妄行。”策妄阿喇布坦哭而归。圣祖以第巴始终反覆持两端，乃追还其使，传集各蒙古，宣示密封，则像首已堕，第巴使惊仆於地。