同治三年，琉球国世子遣使贺登极，贡方物。是年，英人与日本构衅，将袭取琉球，驻海军，事寻解。五年，遣使赍敕印往封琉球世子尚泰为王。六年，尚泰遣陪臣子弟四人入监读书。十年，有琉球船遭风漂至台湾，为生番劫杀者五十四人。十一年，复劫杀日本小田县难民四人，日本大譁。既，中、日立约天津，要求痛惩生番，恤琉球、日本死难诸人，且言琉球为日本版图，藉口称兵台湾，语具邦交志。
光绪元年，琉球国贡使蔡呈祚回国病殁山东，赐葬费银。五年，日本入琉球，灭之，夷为冲绳县，虏其王及世子而还。总理衙门以灭我藩属诘日本，日人拒焉。六年，帝命北洋大臣李鸿章统筹全局，鸿章奏言：“琉球原部三十六岛，北部九岛、中部十一岛、南部十六岛，而周回不及三百里。北部中有八岛早属日本，仅存一岛。去年日本废灭琉球，中国叠次理论，又有美前总统格兰忒从中排解，始有割岛分隶之说，此时尚未知南岛之枯瘠也。本年日本人竹添进一来津谒见，称其政府之意拟以北岛、中岛归日本，南岛归中国。又议改前约。臣以琉球初废之时，中国体统攸关，不能不亟与理论。今则俄事方殷，势难兼顾。且日人要索多端，允之则大受其损，拒之则多树一敌，惟有暂从缓议。因传询在京之琉球官尚德宏，始知中岛物产较多，南岛贫瘠僻隘，不能自立。而琉球王及其世子，日本又不肯释还。適接出使大臣何如璋来书，复称询访琉球国王，谓‘如宫古、八重山小岛另立三子，不止吾家不原，阖国臣民亦断断不服。南岛地瘠产微，向隶中山，政令由土人自主。今欲举以畀琉球，琉球人反不敢受，我之办法亦穷’等语。臣思中国以存琉球宗社为重，本非利其土地。今得南岛以封琉球，而琉球不原，势不能不派员管理。既蹈义始利终之嫌，且以有用之兵饷，守瓯脱不毛之地，劳费正自无穷。而道里辽远，实有孤危之虑，若惮其劳费而弃之不守，適坠人狡谋。且恐西人踞之，经营垦辟，扼我太平洋咽喉，亦非中国之利。是不议改约，而仅分我以南岛，犹恐进退两难，致贻后悔。今之议改前约，傥能竟释琉球国王，畀以中、南两岛，复为一国，其利害尚足相抵，或可勉强允许。不然，彼享其利，我受其害，且并失我内地之利，窃所不取也。臣愚以为日本议结琉球之案，暂宜缓允。”由是琉球遂亡。