《蒙古源流》记成祖为元主妃洪吉喇氏所生：
先是蒙古托衮特穆尔乌哈噶图汗（案即元顺帝）岁次戊申，汉人朱葛诺延年二十五岁，袭取大都城，即汗位，称为大明朱洪武汗。其乌哈葛图汗之第三福晋系洪吉喇特托克托太师之女，名格哷勒德哈屯，怀孕七月，洪武汗纳之。越三月，是岁戊申生一男。朱洪武降旨曰：从前我汗曾有大恩于我，此乃伊子也，其恩应报，可为我子，尔等勿以为非，遂养为己子，与汉福晋所生之子朱代共二子。朱洪武在位三十年，岁次戍寅，五十五岁卒。大小官员商议，以为蒙古福晋之子虽为兄，系他人之子，长成不免与汉人为仇。汉福晋之子虽为弟，乃嫡子，应奉以为汗。朱代庚戌年生，岁次戊寅年二十九岁即位，在位四越月十八日，即卒于是年。无子。其蒙古福晋所生子，于己卯年三十二岁即位。……在位二十二年，岁次庚子年五十岁卒。（《蒙古源流》卷八）
刘献廷亦主此说，惟以成祖母为瓮氏：
明成祖非马后子也。其母瓮氏蒙古人。以其为元顺帝之妃，故隐其事。宫中别有庙，藏神主，世世祀之，不关宗伯。有司礼太监为彭恭庵言之。余少每闻燕之故老为此说，今始信焉。（《广阳杂记》卷二）
傅斯年先生所见明人笔记，则以成祖为元顺帝高丽妃所遗之子：
（抄本）中有一节亦抄自明人笔记者，记明成祖生母事甚详。大致谓作者与周王府中人相熟，府中传说，成祖与周王同母，皆非高后产也。故齐王削藩时，周王受责最重，而燕王自感不安者愈深。及燕王战胜入京，与周王相持恸哭。其后周王骄侈，终为保全，而恩泽所及最重。又记时人侈言成祖实元顺帝之高丽妃所遗之子。并记当时民间歌语，七言成句。末语谓三十五年仍是胡人之天下云云。（《明成祖生母记疑》）
综上五说，第一说高后生五子，第二说高后生燕周二王，第三说高后生懿文、秦、晋、周王，燕王为达妃所生。第四说以成祖为䂵妃子，除刘振所记不知何出外，其余都以《南京太常寺志》作根据。而谈氏、朱氏皆谓高后无子，据《志》则懿文太子、秦愍王、晋恭王并李淑妃生，周王则不知所出。据刘张二说则燕王生母虽为䂵妃而高后实为其养母。第五说虽有洪吉喇氏和瓮氏及高丽妃三说，其为元主妃则一。
二 燕王周王俱庶出
靖难时代的公家文件在当时已经被政府所故意焚毁，不留痕迹，《明史·王艮传》：
后成祖出建文时群臣封事千余通，令（解）缙等编阅，事涉兵农钱谷者留之，诸言语干犯及他一切皆焚毁。（《明史》卷一四三）
建文臣下的私人着作也被禁毁，悬为厉禁。永乐中藏方孝孺文者罪至死（《明史》卷一四一《方孝孺传》）。现在我们所能看见的只是明成祖系统下的片面文件。而且不但是在当时，明仁宗以下各朝都是明成祖的直系子孙，他们的臣民自然也不敢在钦定的史料以外横生异议。在上文所引用的几种幸存的史料，除官书外大多是晚明的作品，时代较远，说话比较自由，并且有的是凭着官书说话，无忌讳之嫌，有的只是稿本流传，不为政府所属目。我们现在所能凭借的史料只是官方的片面记载和后代私人的记述。
要考定以上五说的是非，第一步先要解决的是燕王和周王是否同母，燕王周王和懿文及秦晋二王是否同母，在钦定的史料中比较时代较近的是《明太宗实录》。（虽然这史料是出于明成祖的臣下之手，有故意埋没事实厚诬敌人的嫌疑）。我们先就这一部分加以考校。《太宗实录》四年六月乙丑条：
上虑朝廷事急，加害周齐二王，遣骑兵千余驰往卫之。周王初不知上所遣，仓卒惶怖，既知乃喜曰：“我不死矣！”来见，上出迎之，周王见上拜且哭，上亦哭，感动左右。周王曰：“奸恶屠戳我兄弟，赖大兄救我，今日相见，真再生也。”言讫复哭，哭不止，上慰止之。与周王并辔至金川门下马，握手登楼，上曰：
“身遭兵祸，无所容生，数年亲当矢石，濒万死，今日重见骨肉，皆赖天地皇考皇妣之祐，得至于此。”周王曰：“天生大兄，勘定祸乱社稷，保全骨肉，不然，皆落奸臣之手矣。”（《明太宗实录》卷九下）
在这一段记载中，有两点最值得我们的注意，第一周王是太祖第五子，却称他四哥为大兄，一则曰：“赖大兄救我”，二则曰：“天生大兄”，由此可知成祖和周王同母，和懿文及秦晋二王异母，以此周王称为大兄。第二周齐二王并在京中，同为成祖之弟，而出迎却只记周王，抚慰亦只及周王，由此可见燕周之关系。再看成祖登极以后对周王的特殊待遇。《太宗实录》记赏赐：