挺进开罗
这次远征的目的地是严格保密的，只有极少数高级官员知道是前往埃及。直到最后一分钟，官方还称它是英吉利军团的左翼兵力，并宣称他们要经过直布罗陀海峡，绕过西班牙，去爱尔兰登陆。这个消息传到英国海军司令纳尔逊的耳朵里，他信以为真。当法国海军离开海港，直奔马耳他岛时，他却在直布罗陀海峡防守着拿破仑。
马耳他岛位于地中海中部，是大西洋通往地中海东部和印度洋的交通要道，也是地中海最好的港口。当时岛上有居民３万人，由耶路撒冷圣约翰骑士团据守。６月１０日，法国舰队抵达该岛，拿破仑立即派兵登陆。岛上的骑士只作了些象征性的抵抗便投降了。拿破仑宣布此岛为法兰西共和国领土，并废除了圣约翰骑士团，没收了他们的土地，建立了新政府。６月１９日，法国舰队离开该岛，同时留下４０００名法军据守马耳他，以确保地中海法军的航运能够畅通无阻。
６月３０日，法国舰队顺利到达亚历山大港附近的埃及海岸。拿破仑派出一艘巡洋舰前往亚历山大港侦察。不久，这艘巡洋舰就从亚历山大港返回，并带来了法国领事马嘉隆。从这领事口中得知：在法军到达亚历山大港以前４８小时，英国舰队就已到了这里，并到处打听拿破仑的动向。原来，纳尔逊获悉法军占领了马耳他岛后，便大呼上当，他断定法军的目的地是埃及。于是，他拉起所有的船帆，取最短的航线，直奔埃及，想不等法军登陆便把他们消灭在大海里。可是他过于性急，致使英国海军走得太快，等他到亚历山大港时，根本不见法军踪影。他向当地居民打听，可当地人压根就没听说过什么拿破仑。纳尔逊又糊涂了，既然法军不去埃及，又会上哪里去呢？他又一次自作聪明地断定法军的目标是君士坦丁堡，他立刻率领舰队直奔君士坦丁堡。
拿破仑害怕纳尔逊会随时回来，决定立即登陆。此时海面波涛汹涌，狂风大作，天气极其恶劣。海军司令为了安全起见，主张再等几个小时登陆，他断言几天之内纳尔逊是不会回转的。但是遭到拿破仑的严词拒绝，他说：“时间紧迫，命运只给我３天时间，如果我不充分利用，我们就失败了。”海军司令不得不发出全体登陆的信号。
尽管登陆十分艰难，许多人溺死在海中，但最终还是完成了登陆。７月２日凌晨１时，法军踏上了埃及土地。３时许，拿破仑亲自率领３个师向亚历山大港出发。几个小时后，亚历山大港便落入拿破仑手中。
拿破仑在亚历山大港停留了６天。期间，他用阿拉伯文向当地居民发出了一份宣告，其内容如下：
“统治埃及的贝伊们曾长期侮辱法国，伤害它的商人们，他们受惩罚的时刻已经到来了。
“从乔治亚和高加索买来的奴隶中的这批暴徒，很长时间以来在世界的这块最美丽的土地上实行暴政；但是，真主，一切都从属于他的真主已经下令：他们的统治应该结束。
“埃及各族人民，你们会被告知，说我是来消灭你们的宗教的，不要相信这种话！回答是：我是来恢复你们的权利和惩罚那些篡夺者的，我比马穆鲁克①更尊敬真主，尊敬他的先知和《古兰经》。
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①马穆鲁克原意为奴隶。埃及在法蒂玛王朝时从希腊、高加索等处招募奴隶组成禁卫军，即称为马穆鲁克。１３世纪后，他们的军官控制了埃及，成了属于土耳其奥斯曼帝国的埃及的实际统治者，被称为马穆鲁克贝伊。贝伊原意为地方上的执政者。马穆鲁克有时也被用来称当时统治埃及的贝伊们所统率的土耳其——埃及部队。
“说在真主面前人人品等，人与人之间只有聪明、才智和品德上的差别。但是，马穆鲁克有些什么样的聪明、才智和品德，他们却独占了使生活满意和美好的一切手段呢？……
“埃及人应该被召唤来担任所有公职；最有智慧、最有学问和最有德行的人应该执行政务，人民应该得到安乐。
“你们有过一些大城市、大运河和巨大的贸易。如果不是马穆鲁克贪婪、不公正和推行苛政，是什么东西把所有这一切都毁坏了呢？
“律法师们、酋长们、阿訇们，请告诉人民：我们是穆斯林的真正朋友。……
“极其幸福的人将是那些为我们效力的人！他们将在事业和地位两个方面都取得成功。幸福的人将是那些保持中立的人！他们将有时间学习，以便了解我们，而他们将使自己站在我们一边。
“可是，灾殃——成３倍的灾殃将降临到那些为马穆鲁克拿起武器同我们作战的人身上！他们不会有任何希望，他们将灭亡。
“第一条，位于部队经过的地方９英里内的所有村庄应派一名代表报告指挥军队的将军：他们是忠顺的，并且已经悬挂了蓝、白、红的部队旗帜。
“第二条，所有拿起武器与部队为敌的村庄将被焚毁。
“第三条，所有投诚的村庄应把我们部队旗帜与苏丹的旗帜一起悬挂。
“第四条，各个部落的酋长应把属于马穆鲁克的货物、房屋和财产封存起来，并注意不得有任何侵吞。
“第五条，部落酋长、律法师和阿訇应继续履行自己的职责。所有居民应留在家里，并照常祈祷。大家应为消灭马穆鲁克而感谢真主，并高呼：'光荣归于苏丹！光荣归于他的朋友法兰西部队！把马穆鲁克逐出教门，幸福属于埃及人民！'”
６天之后，拿破仑命克莱贝尔为当地和全省司令官，率约９０００卫戍部队留守亚历山大，自己则率其余军队向开罗进发。
这是一年中最炎热的季节。全军要在几乎是无水的沙漠里作长达６０公里的行军，官兵们第一次真正认识到这场战争的艰苦性。浩翰的沙漠烤灼在直射的骄阳下，水成了最珍贵的东西。乡村居民在慌乱中起家出走，临走时往井里下了毒或将泉水掩盖起来。法军没有准备热带服装，甚至连水壶也没带，部队渴得要命，可除了令人恶心的咸水塘外，找不到任何解渴的东西。空气中充满了毒虫，黄沙的灼光减弱了大多数人的视力，许多人因此而失明，路途中不见人踪兽迹和草木，只有阿拉伯骑兵神出鬼没，不时地袭击掉队的法军。士兵们怨声载道，难道司令许给每人的６亩土地就在这里？军官们也无法忍受这恶劣的环境，被派往贝达的狄舍将军写信给拿破仑说：“我求求你，别再让我们留在这个地方，士兵们已经灰心丧气、窃声抱怨了。命令我们前进或者后撤吧。各个村庄尽是小茅屋，一点财源也没有。”就连缪拉和拉纳这样英勇无畏、久经考验的将领也忍不住发起牢骚，他们愤怒地把帽徽踩入沙中。惟有拿破仑一人超然于这一切灾难之上，他是下了决心要把这场战争进行到底。
尽管整个部队疲惫不堪，但部队每到一个城镇都不得有一分钟的休息，拿破仑的目标是继续行军，立即挺进开罗。法军入侵的消息传到开罗，开罗张灯结彩，贝伊们和他们的将军们发出一阵阵欢呼声，他们把法军视为"待切的西瓜"，并保证每个马穆鲁克将带回成百颗人心。于是，穆拉德贝伊率领２０００名马穆鲁克、２０００名土耳其步兵和６０艘船的小舰队从开罗出发。
７月１３日夜间，拿破仑率军沿尼罗河左岸向南进发，同时由卑雷指挥的一支法国舰队也沿河上驶。拂晓时分，法军抵达肖布腊克希，在这里遇上了穆拉德贝伊率领的马穆鲁克骑兵团。拿破仑立即将他的每个师都组成方阵。方阵里刺刀林立，寒光逼人。方阵的四角都设有火炮。为了能与河上的舰队保持接触，其中一个师的方阵紧靠尼罗河。日出之时，各团的乐队在方阵中央奏起《马赛曲》，准备迎接战斗。
面对法军方阵厚密的刺刀，马穆鲁克骑兵毫无惧色，他们喊叫着，发起了勇猛的冲击，但很快就遭到法军枪弹和葡萄炮弹的还击，不得不败下阵来。马穆鲁克骑兵再次冲锋，但毫无战果，法军的方阵犹如铜墙铁壁一般，纹丝不动。在法军强大火力的逼迫下，马穆鲁克骑兵不得不退向开罗。
与此同时，尼罗河上的法国舰队因遭到马穆鲁克舰队的拦截而处境危险。法方死伤３０多人。正在这关键时刻，法国炮艇有一炮击中了敌军旗舰上的弹药库，所有乘员全被炸死，敌军舰队大乱，慌忙撤退，法军舰队转危为安。
战斗结束后，拿破仑立即发动追击。尽管天气酷热，法军还是兼程挺进。７月２０日黄昏，他们到达了尼罗河的分叉点，这里距开罗仅１５公里，排列整齐、雄伟壮观的金字塔就在眼前。正当大家面对金字塔赞叹不已时，拿破仑登上了一个山坡，他发现马穆鲁克兵早已在尼罗河两岸严阵以待，左岸上是穆拉德贝伊军，右岸上是易卜拉欣贝伊军。
７月２１日凌晨２时，金字塔群附近的开阔地带旌旗蔽日，杀气腾腾，穆拉德军与法军都摆开阵势，准备决一雌雄。一场著名的金字塔大战开始了。
马穆鲁克一方的中央是精锐的骑兵军团，由１２０００名骑士组成。骑士们个个身穿白袍，头插羽毛，手中的刀剑、长矛闪闪发光。骑兵军团的右翼是２万名土耳仆人和阿拉伯人组成的步兵军团。他们的阵地上构筑着一道道土垒，土垒后面设置着４０门旧式大炮。骑兵军团的左翼，是几千名阿拉伯游牧部落士兵，他们有的徒步，有的骑马，有的骑骆驼，服饰和武器杂乱无章。
拿破仑和他的参谋们来到前沿，仔细观察敌阵和周围地形，他们很快发现了马穆鲁克军的几个弱点：骑兵军团的队列十分松散，步兵军团更是混乱不堪；土垒非常简易，不足以阻挡步兵的攻击；铁炮安置在无法移动的海军式炮架上。拿破仑观察完毕，便对各师团下达具体作战方案，每个师团组成一个方阵，５个师团面向敌军一字排开。
上午１１点左右，一阵阵战鼓声和军号声响了起来。法军狄舍师团首先向前缓缓移动。几分钟后，其他几个师团也迈步前进。
看到法军方阵逐渐逼近，穆拉德贝伊的脸上露出轻蔑的冷笑。他拔出战刀，在空中划了一个弧形，大声叫道：“勇士们，真主保佑我们消灭这些可恶的异教徒。冲啊！"刹那间，沙土飞扬，马蹄声大作，马穆鲁克兵发出狂野的呼喊，以排山倒海之势扑向法军方阵。
这时，法军立即停止了前进。法军指挥官命令各方阵第一排士兵卧倒在地，第二排士兵蹲下，第三排士兵直立着。这三排士兵举枪瞄准，后面的士兵则迅速地向前传递装满弹药的步枪。在各方阵前排出现的几个豁口上，乌黑的炮口伸了出来，这是法军的小型机动野战炮。当马穆鲁克骑兵冲到离法军仅５００米时，法军指挥官高举战刀的手猛地往下一劈，法军各方阵同时喷射出密集的子弹。
战场上顿时枪炮齐鸣，人喊马嘶。法军的滑膛枪弹和榴霰弹将马穆鲁克骑兵成平地扫倒。不过几分钟，马穆鲁克的骑兵已被大量杀伤。少数骑兵冲得较快，奋不顾身地突入法军方阵，砍倒了几个法军士兵，但随后也都在刺刀丛中丧了命。还有几股骑兵冲进了两个方阵间的夹道里，结果被猛烈的交叉炮火杀死。马穆鲁克兵伤亡越来越严重，而法军方阵却岿然不动。无情的刺刀和轰鸣的炮火迫使马穆鲁克残存的几千骑兵不得不后撤。拿破仑乘势挥军前进，中央的狄舍师团迅速截断了部分敌骑兵的退路，并将他们消灭。左翼的法军很快突入敌步兵军团阵地，毫无困难地越过土垒，夺取了那几十门笨重的大炮。右翼的法军也击溃了部落兵，缴获了数百头骆驼。战败的敌人走投无路，成群地跳入尼罗河中，溺死者无数。来不及跳河的，均遭法军杀戮，顿时尼罗河水被鲜血染得通红。穆拉德贝伊率３０００残兵仓皇逃走。右岸上的易卜拉欣贝伊见大势已去，也率军撤往叙利亚。
经过这两个小时的苦战，马穆鲁克兵吓得魂飞魄散，他们称拿破仑为"炮火之王"、"上帝之鞭"，从此，拿破仑的威名传遍东方。法军士兵也在这一仗中使远征埃及所经历的千辛万苦得到了补偿。他们从杀死的和溺死的马穆鲁克兵身上搜到了许多值钱的东西，一些士兵往往因一具尸体而大发横财。
通往开罗的障碍被扫除了，法军很快进驻了这个城市。吓呆了的居民在沉默中迎接了征服者。拿破仑向开罗人士发出了下述公告：“昨天，马穆鲁克兵非死即伤，我正派兵追逐逃脱了的散兵游勇。把你们河岸的船只放过来，并派代表团来通知我你们归降，以面包、肉类、草料和大麦供应我的部队。不要惊慌，要安静如常，我确信再也没有其他人比我更急于为你们的幸福效劳了。”
极度疲乏的法军在开罗得到了大量食物，他们终于可以好好休息一下了。可拿破仑并没有闲下来，他以充沛的精力立即投入埃及的组织管理工作。他发出多道命令，号召法军严格遵守军纪，尊重伊斯兰教的信仰和当地的风俗习惯，不得骚扰清真寺和当地妇女。拿破仑亲自参加清真寺的礼拜活动，他甚至向阿訇们表示，自己也信仰伊斯兰教，并请他们给自己讲解《古兰经》。经过多方考察，拿破仑决定在埃及各省成立行政、警务、征税等机构。７月２７日，他以国家研究院院士及总司令的名义发出了下列命令：
“第一条，埃及各个省都应成立一个由７名成员组成的政府，负责照管本省的利益，告诉我民间所有的疾苦，防止村落之间的械斗，使用法国总督提供的武装力量监督和惩治罪犯，并在任何必要的时候向人民发布指示。
“第二条，各省都有！名始终受法国总督调遣的警务官。他统领６０名武装的当地人，必要时得调往各地维持秩序，导致忠顺与安宁。
“第三条，各省应有１名责任监察官，监查租税和国家岁入的征收事宜，这种租税和岁入过去是属于马穆鲁克的，现在则是属于共和国的；在监察官之下应有一些必要的经理人员。
“第四条，每一个监查官应有一名法国人充任总管，他应向中央财政部门报告，并坚决执行他可能得到的一切命令。”
正当拿破仑致力于重建埃及的政治制度时，突然传来了法国舰队在海上覆灭的消息，拿破仑震惊了。
原来，纳尔逊发现自己判断错误以后，立即调转船头尾随法国舰队而来。８月１日，纳尔逊舰队的瞭望塔终于发现了停泊在阿布基尔湾的布律埃斯舰队。当时，法国舰队在这开阔浩瀚的阿布基尔水域没有充分的防卫设施。８月１日下午，纳尔逊舰队的１４艘战舰，载着１０００多门火炮，顺风驶至阿布基尔。法国舰队指挥立即发出紧急集合信号，可这时几乎有一半人员还在岸上搜集饮水和给养。纳尔逊判断在法国舰队的停泊线和浅滩之间，必有足够的地方可容英国舰只插进去，于是，他作了一个极为大胆、近乎冒险的决定：把舰队一分为二，５艘军舰插入法国舰队和浅滩之间，其余舰只则在朝海的一面，沿着法国军舰停泊线活动，从两方夹攻法舰。法国舰队在面临陆地的这一面没有配置炮手，因为他们作梦也不会想到这一面也会受到攻击。法国舰队左右两边受到英舰近距离的炮火轰击，只有招架之功，无还手之力。黄昏时，法旗舰"东方"号爆炸，舰队司令布律埃斯阵亡。次日拂晓，除了两艘主力舰和两艘巡洋舰得以逃脱外，其余舰只均已丧失行动能力。
拿破仑素以精力旺盛，镇定自若而著称，可他得知这一悲惨消息后，也经不住这突如其来的打击，他脸色发白，悲痛万分。他一眼就估量出这幕惨剧所带来的致命后果：同法国一切交通都被切断，返回法国的全部希望也随之断绝，除非屈尊向一个不共戴天的敌人投降。当他的秘书规劝他耐心等待督政府的帮助时，他怒气冲冲地嚷道：“督政府里尽是一帮混蛋！他们嫉恨我，恨不得我死在这里才快活。而且，你看全军有多么不满，谁也不愿呆下去。”
拿破仑相当地激动了一阵。可不久，笼罩着他的这种阴暗情绪就消除了，他又恢复了坚定自制和镇静。他意识到他现在最迫切的任务是振奋部队精神，驱散悲观情绪。他鼓舞部下说：“这样，我们被隔绝在埃及的土地上了。这很好。我们必须在惊涛骇浪的大海上活下来，大海会平静下来的。或许命运注定我们要改变东方的面貌。我们一定要留在这里，像古代人那样在这里完成伟大的功业。""埃及曾经是一个强盛的帝国。它在向英国的进攻战中具有多么优越的位置！""我们将不得不创立一个大帝国。……海洋把我们和祖国分开了，可是随便哪个海洋都不能把我们和非洲分开，也不能把我们和亚洲分开。我们的人数很多，我们不会缺少补充我们队伍的人力，我们也不会缺少弹药。"拿破仑的一番话使士气低落的军队重又充满信心和希望。
舰队的丧失使拿破仑确信，必须迅速而有效地把埃及组织起来，必须在埃及站稳脚跟，因为法军还要在此地呆相当长的时间。拿破仑那灵活的、爱思索的脑袋似乎有使不完的劲，战争、防务、税收、政府、法院机构、贸易、艺术和科学，全都引其他的注意。他毫不迟疑地发出一道道命令和指示，为的是防止与失败俱来的迫在眉睫的危险。８月２１日，拿破仑以法国科学院为模式建立了埃及科学院，蒙日任院长，拿破仑任副院长。科学院的任务就是促进埃及的进步和传播文化。考古学者、地质学者和历史学家从尼罗河到阿斯旺瀑布，考察古代王国的遗迹。科学家、工程师们则研究防治传染病和设计灌溉工程。在总工程师、建筑学家勒佩尔的领导下，他们正在进行苏伊士地峡的水准测量和联结地中海、红海的运河开凿工程。由于舰队的覆灭，专家学者们失去了绝大部分的财物和许多机械设备，很多事情不得不从头做起。他们扩大谷物的耕种面积，建造大型烘炉和面包房，以解决粮食供应的困难；他们建造啤酒厂酿造土啤酒，以满足部队需要；他们建立铸造厂和制硝厂，以供应机器、工具和火药。所有这一切就是为了使法军不需要依靠欧洲后方而生存下去。
为了确立法国人在埃及的绝对统治地位，拿破仑对一切胆敢与法国人作对的人绝不手软。驻守在亚历山大港的克莱贝尔将军以叛国罪逮捕了这个城市的百万富翁西弟·穆罕默德·艾里·科拉伊姆。此人被押送到开罗后，法军告诉他，如果想救救自己的脑袋，就交出３０万金法郎。可此人却认为生死在于天命，他说：“如果我注定现在死，那就什么也救不了我，即使交出钱也没用。假如我注定要死，那我为什么还要交出这些东西？"拿破仑命人砍下他的脑袋，并将其脑袋拿到开罗街上示众，上面写着：“这就是所有叛徒和违反誓约者的下场。"艾里·科拉伊姆的死引起了一些富裕的阿拉伯人的恐慌，他们如数拿出了法军所要的一切。
由于法军的勒索，开罗在１７９８年１０月末爆发了一次大规模的起义。起义军的势力一度很强大，将前去镇压迫义的１５名法军全都剁成了肉泥。拿破仑怒不可遏，派出大军前去镇压，起义失败，起义者均被绞死。
这次暴动后不久，又有一阿拉伯人部落袭杀了一队法军。拿破仑立即命令克鲁阿泽副官前去包围整个部落。血腥的镇压开始了，房屋被毁坏，男人被杀光，妇女儿童被带到开罗。几个小时后，开罗广场上出现了一些驮着麻袋的驴子。麻袋打开后，只见那些被杀死的男人的头颅在广场上滚来滚去。开罗居民被这恐怖的一幕吓得魂飞魄散。从意大利到埃及，拿破仑一直认为"严惩几个"是控制被征服地区的有效手段。因此，只要谁胆敢触犯一下法国士兵，谁就会受到这位总司令的严厉惩罚。
埃及已成为拿破仑的掌中之物，可一个意外消息使他对这一切感到淡然无味了。他从朱诺那里得知留在巴黎的约瑟芬继续与夏尔中尉保持着暧昧关系，暴跳如雷，气得连话也说不连贯：“约瑟芬！……我在千里之外！……你就这样欺骗我呀！……离婚！公开离婚！让大家都知道！……这两个该死的家伙！……我要亲手干掉这两个伤风败俗、不知羞耻的劣种！……"拿破仑脾气变得越来越坏。为了安慰自己，他与一位骑兵尉官的妻子勾搭上了。
约瑟芬的不贞使他的情绪非常低落，他写信给哥哥约瑟夫说：“我需要离群索居。壮丽豪华使我感到腻烦，感情的源泉已经枯竭，对荣誉索然寡味。年仅２９，却已历尽沧桑。"可拿破仑毕竟是拿破仑，这种悲观情绪并没有持续多久，他对战争的热情和强烈的征服欲使他抛开儿女情长，跨上战马又出发了。进军叙利亚
土耳其见自己的领地埃及被法国人占领，十分恼怒，苏丹立即派兵朝埃及进发，向法国宣战。１７９９年２月，拿破仑留下狄舍将军保卫埃及，自己率１２０００人向叙利亚进军，迎击土耳其军队。
进军叙利亚的路途同样是艰苦的。沙漠行军的疲劳以及饮水的缺乏使得士兵怨声载道。他们咒骂共和国，咒骂发起这次远征的人。幸好沿途城市非常软弱，它们一个接着一个向拿破仑投降。２月１７日，法军占领阿里什堡，接着又占领了加沙。２月２８日，这支疲惫不堪的队伍第一次遥望见叙利亚青葱肥沃的田野，士兵们不禁联想起祖国的田园，一种思乡之情油然升起。山峦和绿洲暂时使人忘却了远征的辛苦与艰难。
３月４日，法军包围了美丽的城镇雅法。拿破仑向城中居民宣布道：“若是投降，可保全身家性命。若是顽抗到底，一旦雅法被攻占，城中居民一律杀光。"雅法没有投降，法军开始猛攻。６日，雅法陷落。法军冲进城中，见人就杀，见东西就抢。这时有人来报，大约４０００名全副武装的土耳其士兵退守在一个设防很坚固的阵地里，拿破仑立即命博阿尔内和克鲁阿泽率军前去收拾他们。当法军到来时，阵地上的守军高声呼喊：“如能饶命就投降，否则，誓死坚守阵地，直到流尽最后一滴血。"博阿尔内和克鲁阿泽见敌军人数众多，恐硬拚难以取胜，便答应了他们的要求。这些土耳其士兵离开阵地，交出了武器。
当博阿尔内和克鲁阿泽带着４０００名俘虏回来报告时，拿破仑怒气冲冲地指责道：“你们要我拿这批人怎么办？我有粮食供应他们吗？还是有船装运他们去埃及或者法国？你们为什么这样给我办事呢？"两位将军辩解说，总司令曾指示他们要禁止杀戮。"是的，"总司令以满腔热情答道：“对于妇女、孩童和老人即一切和平居民，但不包括武装士兵。你们的职责是要他们去死，而不该把这帮不幸的家伙带给我，你们要我把他们怎么办？"当天，拿破仑召集各位师长讨论如何处置这批俘虏，各师长一致认为现在口粮已不足，士兵们已多有怨言，再也不能把面包发给敌人吃，否则，军队将发生哗变。拿破仑犹豫不决，翻来覆去思考了３天，最后决定将这批俘虏枪毙。第四天，４０００名俘虏被押至海岸，一阵枪响，全部俘虏倒地而毙，这一惨剧令每个在场的人不寒而栗。
攻占雅法之后，瘟疫开始在军中流行，法军损失了约８０００人。但瘟疫并没能阻止拿破仑的前进。３月２０日，法军包围了阿克尔城堡。阿克尔城堡位于三面环水的半岛上，是巴勒斯坦的军事要冲，也是土耳其总督杰扎尔赖以顽抗的据点。阿克尔城堡有大炮２５０门，其守将是一位年长而英勇的人，他率领着一支非常强大的守城队伍。另外，阿克尔城堡还得到了一个英国海军支队的支援，这个海军支队拥有２艘战舰和几艘炮艇，其指挥是英国人西德尼·史密斯。在英国海军的旗舰上还有一位暂时充作英国陆军上校的法国炮兵军官菲利波。菲利波原是拿破仑在布里埃纳军事学校的同学，因参与反革命叛乱而被囚禁在巴黎的监狱。１７９８年４月２１日，他同一些王党分子一起帮助扣押在巴黎的英国军官西德尼·史密斯逃出监狱。３月１５日，他们到达阿克尔。由于他们二人在城中协助作战，更增加了法军攻克阿克尔城堡的难度。
这天，装载攻城火炮的法国船只到达阿克尔海边，拿破仑立即下令攻击。不巧海上大雾弥漫，看不清前面的目标，法军船只一直冲入到英国海军的怀抱中，英国海军不费吹灰之力便将船上的法军擒住了。船上的大炮也被土耳仆人拿来对付法军了。尽管没有大炮攻城，拿破仑还是包围了要塞的陆墙。３月２８日，法军发动了第一次不成功的突袭。４月１日，又发动了一场突击，仍未成功。法军不仅攻城损失惨重，而且每周死于瘟疫的多达１４０人。在此之前，拿破仑从未遭受过失败，这次，他仍相信幸运之神不会其他而去。就在几次攻击失败以后，他还这样对秘书布里昂说：“我知道这个倒楣的地方已夺去我许多人的性命，消费了我许多时间。但是，事已至此，不能不试最后一着。如果我如愿以偿地成功，我会在城中找到总督的财宝和可供３０万人的武器。我要鼓动并武装叙利亚的平民，他们憎恨杰扎尔的残暴。你也知道，每次攻势中，他们都默祷他的毁灭。然后，我要向大马士革和阿勒波进军。向这个国家挺进时，不满暴政的百姓将云集在我的旗帜周围，扩大我的军队。我要向民众宣布废除奴役制和土耳其的暴虐政府。我要亲率大军光临君士坦丁堡。我要推翻土耳其帝国，并在东方建立一个伟大的新帝国，把我的名字载入史册。”
拿破仑对未来充满必胜信心，可阿克尔城堡守卫的强大却打破了他的东方之梦。法军围攻阿克尔城堡历时２个月，期间猛攻８次，均以失败而告终。由于损失惨重，拿破仑不得不放弃围攻。５月１７日，拿破仑宣布返回埃及。拿破仑至死仍对没有攻陷阿克尔城堡感到遗憾，他在圣赫勒拿岛的回忆录中说：“如果阿克尔早陷落，我当改变世界面目。""东方的命运决定于那个小镇。”
５月２０日，法军乘夜间悄悄撤离阿克尔城堡。病号和伤员已先期２天送走了。撤退比进军时更加艰苦，因为已经到了５月末，这些地方酷热难忍。士兵们既为难熬的干渴所折磨，又为火一般的烈日所暴晒，个个意志消沉。为了鼓舞士气，拿破仑不允许自己和其他高级军官有任何特殊化。瘟疫越来越严重，患者不得不留下，只有伤员仍旧带走。拿破仑命令所有的人急忙赶路，马、所有四轮车和马车全部用来运载伤员。这个命令下达以后，他的一个负责管理马匹的军官认为总司令应当例外，问他要哪一骑马，拿破仑大发雷霆，上前给问话的人一个耳光，并大声喊道：“全体步行！我第一个先走！难道你不知道命令吗？滚蛋！”
由于缺少马匹，许多重炮不得不丢弃在沙漠里。士兵们对大炮的丢失倍感痛心，因为大炮曾使他们屡战屡胜，大炮曾使欧洲为之震惊。
５月２４日，法军回到雅法。拿破仑下令炸毁该镇。２７日，一声巨响，该镇顿时夷为平地。１小时之后，拿破仑与数名医师商议后决定，用药物提前结束那些已濒于死亡的疾病患者的生命。
法军继续在酷热的沙漠中穿行。干渴难忍的士兵常常看见那虚幻的海市蜃楼，尽管每次上当，但每次看见时仍奔向那空幻的湖泊。等奔至近前，这些湖泊便化为盐碱沙漠，失望之情难以言喻。战马也因贪饮沙漠中的咸水，大量倒毙在路旁。
经过２５天的艰难行军，６月１４日，法军终于抵达开罗。为了稳定人心，拿破仑发布了一些哄人的公告，他说：“我带回了大批俘虏和军旗，我已扫平了杰扎尔的宫殿和阿克尔城墙。全体居民都已由海道离开该镇，杰扎尔受了重伤。"他说回转开罗只不过是由于穆拉德贝伊又出来作乱了。他命缪拉将军前去围剿穆拉德贝伊。穆拉德闻讯，迅速退去了。
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