决定将保卫南京托付给唐成了一大新闻。11月27日，唐在记者招待会上鼓舞士气。他向记者发表了振奋人心的演讲——发誓要与南京共存亡。他的演讲太感人了，结束时博得了记者的热烈掌声。
但是也有些记者注意到唐表现得极为焦虑不安。实际上他刚刚大病痊愈，用一名外国记者的话说，他似乎“如果不是昏昏沉沉的也是茫然若失的样子”。他大汗淋漓，要人递给他热毛巾擦干前额。
也许蒋介石知道唐生智根本不可能与处于上风的日本军队作战，指派他仅仅是要显得好像中国人真的正在加强防御。也许是谨慎告诉蒋介石应准备第二方案以备不患。我们确实知道的是，在11月的后半个月实施了第二方案。首先，蒋介石命令大多数政府官员转移到南京以西的三个城市——长沙、汉口、重庆——这使在留守的官员中的谣言越传越烈：他们已被抛弃，任凭日术人宰割。几天之内，装满箱子的官员汽车堵塞了街道。然后，这些汽车迅速地消失了。公共汽车和人力车也装满撤退的政府官员离去，弄得城市没有任何公共交通工具。很快几乎所有的汽车都走了，甚至那些往常从乡下运大米到南京的汽车也都走了。随后，11月中旬，5万中国军队到达，取代了离去的政府官员。他们来自上游港口，先卸下一箱又一箱的武器，然后开始占据自己挑选的空荡荡的政府大楼。到12月份，估计有9万中国军队驻扎在南京地区。
军队改变了南京的面貌。中国士兵在大街上挖壕构，埋地下电话线，在城市十宇路口拉有倒刺的铁丝网——十字路口开始变得像战场。军队也驻扎在城墙上，安装的机关枪护卫着古战场。他们关闭了所有的城门，只留下3个，为军队运输保留一条狭窄的通道。所有的城门都用20英尺高的沙袋挡住，再用木料和角铁加固。还至少将一个城门用混凝土浇铸成一面墙。
12月初，军队还用火烧干净了沿护城河1英里宽的作战区域，根本无视损失和伤害。造成的损失无法计算。在城郊，毁掉的有汽油，弹药、营房、农业研究的实验室、警察训练学校和中山陵中的建筑。在乡村，士兵烧掉了茅草房、带顶的农舍、树木、竹林和灌木丛。南京主要郊区无一幸免。军队把住在下关和南门周围的居民赶进城墙内，然后再烧掉他们的住房。那些要被毁掉住房的人被告知在几小时内搬走，否则就按间谍罪逮捕。军方的理由是焚毁是战略决定，为的是不消灭任何可能为侵略者所利用的建筑。但是一个外国记者指出：烧焦的墙可以像真正的建筑物一样被日军用来抵挡炮火。他推测放火其实是中国人在“发泄狂怒与绝望”——想要只留给日本人一片焦土。
城市就这样在为迎击侵略作准备。任何人或任何东西，只要有力量、有判断力、有钱、有机会离开，都开始出逃。所有的博物馆馆藏都装箱运走。12月2日，数百箱故宫博物馆中的珍宝——几乎是中国文化遗产的全部——装上船运往城外的安全地方储存起来。6天后，12月8日，蒋介石、他的妻子、还有他的顾问乘飞机离开南京城。毫无疑问，日军即将开始围攻南京。
四天沦陷之谜
几十年来，南京大屠杀的谜团之一是，有那么多的士兵驻守在这里，南京怎么会仅在4天之内，到1939年12月12日晚就陷落了呢？总之，军队在被包围时有足够坚守至少5个月的弹药。原因之一是，许多幸存者，记者和历史学家把溃败的原因归咎于中国士兵士气崩溃。他们还把唐说成是恶棍，他在部队最需要他的时候抛弃了他们。
后来根据新公布的文件写成的历史显示了一幅不同的画面。在上海战役中，几乎有3, 000架飞机的日本空军使只有300架飞机的弱小的中国空军相形见绌。在其他方面，中国空军也不能与日本相比。上海战役中，意大利训练的中国飞行员对着城市乱投炸弹，向附近的西方船只投炸弹，甚至向拥挤的街道和外国居民区内的建筑物投炸弹。
但是，一个弱小的空军也比没有空军强。这就是唐生智面临的形势。12月8日，蒋介石和他的顾问离开了南京，同时离开的还有全部中国空军。在以后的4天里，唐在作战中得不到任何有日军运动的空中战略情报，因而使布置在南京周围山顶和丘陵上昂贵的大炮没有多少效力。
第二，转移到重庆的政府官员带走了几乎所有先进的通讯设备；因而军队的各部分不能互相联系。
第三，军队不是来自同一地区，互相交谈有语言困难。一位在南京战场工作过的护士回忆说，中国军医说广东话而中国士兵说普通话，这种形势在医院造成了无数的误会。
第四，这支军队中的许多“士兵”是在一夜间成为士兵的，他们是被绑架来的或是从农村违背他们的意愿强拉入伍的。许多人在来南京前从未拿过枪。由于子弹匮乏，没有人浪费子弹训练这些新入伍的士兵学习射击。而在有过作战的经验的士兵中，许多人刚从上海回来。他们疲惫、饥饿、患病，多数人精疲力竭，难以完成修建掩体，在城内挖壕沟的必要准备工作。
最糟的是，中国士兵没有一点凝聚力和目标感。在一份关于南京形势的战斗报告中，一位中国军官指出，只要占领一个地方，他们情愿无所事事，也不会主动帮助附近正在与日军作战的其他部队。指挥官也并不表现得更好。报告评论说，他们互不信任，因此，日军得以从一个地区运动至另一地区，将中国军队一个一个地击败。
12月9日，日本飞机开始在南京附近撒传单，传单是由日军三个将军之一的松井石根起草。传单写道“保护无辜平民和文化遗迹”的最好方法是投降。传单说，日军将“冷酷无情地对待反抗的人”，但是将“善意和慷慨地对待非军事人员和不对日军采取敌意的中国军队。”传单要求，南京城在24小时内，即第二天中午投降。“否则，将使用所有的战争恐怖手段。”
在公开场合，唐生智对最后通牒的条款表示愤慨。他把传单摔在地上，向所有部队发布了两条命令。第一条命令是严禁部队撤退。命令说：“我们的军队必须为保卫前线的每一寸土地而战。”“任何不服从命令而撤退的人，将严惩不贷。”第二条命令严禁任何军事部门私自使用船只渡江。如果任何军事单位拥有船只，应将其交回运输部门。唐指定第79军为负责指挥及处理运输事务的单位，并警告将船只用于私人目的任何军事人员都将受到严惩。