可能没有一个人比江苏省社会科学院的历史学家孙宅巍对死亡人数作过更为全面的研究了。在1990年的一篇题为《南京大屠杀和南京人口》的学术论文中，他报告说，根据人口普查，1937年中日战争爆发前的南京人口超过100万。根据中国的档案资料，中国军队官员的回忆录，以及红十字会南京分会的报告，孙宅巍断定在日本占领时期，在这座城市的常住居民至少有50万人（其他人已经离开了这座城市），加上9万中国士兵和数千临时居民——南京的人口总数大约60万，甚至70万。
孙宅巍在第二篇文章中又作出了他的估计。南京城市档案和中国第二历史档案馆的档案里保存有大量掩埋尸体的记录，这些记录由私人家庭，地方慈善机构，以及“南京自治委员会”（日本统治下的中国傀儡政府）提供的。在仔细研究了这些记录后，孙宅巍发现，南京的慈善机构埋葬了至少18.5万具尸体，群众个人至少埋葬了3.5万具尸体，日本控制的地方政府埋葬了0.74万具尸体（一些关于埋葬的记录十分详细，甚至包括受害者的性别分类和埋葬地点）仅仅根据埋葬记录，孙宅魏就能断定南京大屠杀的死亡人数超过22.74万人。
然而如果把40年前，即在孙宅巍的论文完成前40年的一个日本战犯的惊人口供考虑进去的话，那么统计数字将更大。1954年，在辽宁省东北的阜新故犯营中等待审判的日本陆军少佐太田寿男写了一份44页的交待材料，其中他交待了日本陆军大规模焚烧、倾倒和掩埋尸体的情况。大量的尸体来自靠近南京西北一条河流的下关。在河边，日本人在每条船上装上50具尸体，然后运到河中央倒入河中。卡车把尸体拉到其他地方，在那里他们把尸体焚烧后掩埋以销尸匿迹。从1937年12月15日开始的3天里，太田的陆军部队在南京的河中倾倒了1.9万具中国受害者的尸体，另一支部队处理了8.1万具尸体，其他部队处理了3. 5万具尸体，一共约15万人。孙宅巍把太田的数字加到他对中国掩埋记录的统计中，断定尸体总数达到惊人的37.74万人——这个数字超过了原子弹爆炸使广岛和长崎死亡的人数的总和。
即使怀疑论者把太田的交待当作一纸谎言而不予理睬，人们也必须记住，就算没有他的估计，南京关于掩埋尸体的记录也提供了令人信服的证据——在大屠杀中死亡的总数至少在20万人。我在远东国际军事法庭的记录中发现的法庭证据材料（见下表）证实了孙的研究。把慈善机构估计的掩埋尸体的数字（后来孙的论文中提到）和由其他个人提供的数字（孙的论文没有提到）加在一起，法庭判断约26万人在南京大屠杀中被杀害。记住这一点是重要的，即远东国际军事法庭的数字并没有包括日本人掩埋的中国死亡者的数字，如果加上这个数字，那么死亡人数将达30万或40万之多。
南京日本大屠杀受难者人教估计
崇善堂................................................ 112，266
红十字会.............................................. 43，071
下关区.................................................26, 100
鲁甦先生的陈述.........................................57，400
于、张、杨先生的陈述...................................7，000或更多
吴先生的陈述...........................................2，000或更多
根据无名遇害者墓的记载................................ 3，000或更多
共计（约计）...........................................260，000
资料来源：远东国际军事法庭记录。法庭证据文件，第1702号文件，第134盒，1948年，第二次世界大战犯罪档案集，第14项，第238组档案，美国国家档案馆。
近年来其他学者支持孙宅巍的研究，并相信在南京大屠杀中的死亡总数可能超过30万人的理由。例如，南伊利诺伊大学名誉历史教授吴天成在他的论文“让全世界都了解南京大屠杀”中，估计南京陷落前的城市人口大约是63万，他承认这个数字远不是精确的，但可能相当接近实际数字。他准备了详细的有关南京人口编年史数字的研究资料，并对这些数字进行了仔细考察，然后他断定，在这场大屠杀中的死亡总数超过30万人——或者是34万人，其中19万人被集体屠杀，其余15万人分别遇害。
尹集钩和史咏两位作家在进行了他们自己的调查研究之后也得出了大致相同的数宇——大约35.5万人。尽管他们的数字在所有对死亡总数的估计中已经是很高的了，但他们认为，在南京大屠杀中的实际死亡人数是远远超过他们能从档案中发现的数字的。还有一些专家认为，在现有的统计数字中可能存在相当大量的重复计算，他们指出，例如．许多被日本人倒进河里的尸体被冲到岸上，并被再一次埋葬，于是在清点尸体数字时就被算了两次。但是尹和史拒绝考虑这种说法。他们认为，任何被冲到岸上的尸体将被埋在河流附近，而不可能被埋到远离这条河的什么地方，而根据他们的调查研究，大多数掩埋地是距长江岸边几英里的地方。他们争辨说，把那些因风吹日晒已腐烂的尸体运送到丘陵、大山或田野里去掩埋是违背常理的。而且，尹和史通过对幸存者的采访还发现，那些遭强*后被杀害的遇难者的家庭成员通常立刻就把死者埋葬了，并没有向当局报告。由于他们的研究得出的一系列数字只是来自集体屠杀的报告——而没有来自个人的、任意被屠杀的数字——所以尹和史认为，南京大屠杀的死亡总数很可能达40万人之多。
甚至在日本方面也存在着无可否认的证据，这个证据使日本人自己也认为在南京大屠杀期间死亡的总数可能高达30万人。这个证据之所以十分重要，不仅是因为它是由日本人自己统计的，而且因为它是在大屠杀的第一个月被统计出来的，当时的屠杀已远不如前。1938年1月17日，日本外相广田弘毅约他在华盛据特区的朋友发出了下面的电报，这份电报被美国情报局截获、解密，并于1938年2月1日译成了英文：