他们焚毁了俄国(指前苏联。--译注)公使馆，污辱美国使馆。洗劫了几乎所有外国人的寓所--即使它们带有明显的标志，插有国旗或有徽章。日本人对美国的财产特意污辱，他们6次扯下悬挂在金陵大学的美国国旗并践踏它，威胁说谁胆敢再把旗子挂起来就杀了谁。尽管纳粹与日本政府是同盟关系，德国财产的命运却几乎与美国的一样糟。日本人扯下纳粹旗帜，焚烧德国人的住所、店铺，甚至偷走希特勒和兴登堡的画像。一个德国人写道：“考虑到日本人对其天皇画像的崇拜”，这是一个“值得注意”的行动。日本人对南京的劫掠远远超出了城区，日本人破坏了南京周围的农村，烧毁茅草房，将家具、工具和农具集中到砖房，以便所有的东西一起烧成灰烬，他们就这样烧毁整个村庄。城市附近地区所有的牲畜包括家畜和其他畜类均被抢光。
日本人还使用乙炔吹管、枪弹和手榴弹炸开银行的保管库，包括德国官员和居民的个人保险存储箱。士兵得到允许可以邮寄他们的部分战利品回日本，但是大部分物品被没收和集中供官员使用。仓库里迅速堆满了珍稀的玉器和瓷器、地毯和绘画及金银珍宝。有一间仓库就堆放了200多架钢琴。@12月底，日本人开始将掠夺来的物品--珠宝、艺术品、家具、金属制品、古玩--堆放在码头准备运回日本。
日本强盗通常搜寻值钱的东西。他们垂诞外国人的汽车，这使委员会的成员相信，城里的汽车如果没有外国人坐在里面都会被军队弄走。(连用来运尸体的卡车也被偷。)不过，日本人也侵入金陵大学医院去抢一些小物品--护士的钢笔、手电筒和手表，还多次闯入安全区，从无家可归的人那里抢被褥、炊具和食物。一份德国人的报告记录，12月15日，日本人曾强迫5，000难民排成队以便他们抢劫，日本人从那些难民身上总共抢了180美元。乔治·菲奇写道：“甚至一把肮脏的米也被日本兵抢走”。“如有任何抱怨，必死无疑”。
1938年1月，除了军方的一家商店和国际委员会的米店外，南京没有一家商店正式营业。港口几乎没有船只。城市的大部分地区断电、停水、电话不通，因为日本人捕杀了当地电力厂约50名雇员。(没有自来水，洗澡困难，而大多数妇女宁愿不洗澡，希望她们没有清洗的身体，能够驱除日本人强*她们的念头。)
城市慢慢地恢复生机。在南京城到处可见人们在房屋中仔细搜寻一一拆下地板和木窗框当劈柴，运走金属和砖块去修复他们自己的家或在街上向其他人出售。安全区内的上海路上密集的人群拥在数百个小摊贩前面，那些小贩在出售你所能想象的各种赃物，包括门窗。这一活动推动了当地的经济，路边赃物商人的旁边又冒出了许多新的茶馆和饭店。
1938年1月1日，日本人成立了新的市政府，南京自治委员会--或城里一些西方人所称呼的“自治政府”。自治委员会配备的是中国的傀儡官员，他们控制市政管理、福利、财政、警察、商业和交通。到了春天，从表面上看南京又开始像正常城市般运作。自来水、电灯和每日邮政服务都恢复了。日本人的城市公共汽车开始运营，人力车出现在大街上，人们可以乘火车从南京到上海。南京很快成为日本人繁忙的航运中心，每日从南京运送诸如机车、马匹、枪炮、卡车和其他物资到邻近的浦口。
然而：野蛮侵占的迹象随处可见。中国商人忍受沉重的税款和租金勒索以提供资金支付新当权者的薪水。日本军贺还开办了面向中国人的商店，这种商店榨尽这座城市中国人的黄金和钱财而代之以无价值的军用货币。即使物主仍在城里，中国傀儡政府还是没收城里尚存的值钱的东西和库存原料，更加重了人们的贫困。以致一些中国的下层官员自我嘲讽道：“我们正在进行一场被批准的抢劫。”
远比人民受重税和没收财产盘剥更为触目惊心的是鸦片重新出现在南京城。在日本占领前，鸦片是地下麻醉剂，由贵族和商人在南京的秘密处所偷偷地吸，不会公开和厚颜无耻地在大街上出售，也不会明显地在年轻人面前展示。这座城市沧陷后，人们可以自由出入鸦片馆，不受警察的阻拦。这些鸦片馆大胆地用汉字招牌做鸦片广告，招牌上写着“官土”--鸦片的专用名词。
为了鼓励吸食毒品从而进一步奴役人民，日本人在南京惯常用毒品支付劳力和娼妓的费用。海洛因香烟甚至提供给小至10岁的孩子。金陵大学历史系教授迈纳·瑟尔·贝茨根据其研究下结论道：南京地区约5万人使用海洛因，占当时人口的八分之一。
很多被蹂躏的南京居民成了麻醉的牺牲品，因为毒品是他们用以逃避现实的手段，那怕只是暂时地逃避他们生活中的苦难。有些人甚至试图利用鸦片自杀，把它当毒药大量吞服。其他一些人则为满足毒瘾而走向犯罪，以致掠盗之风席卷南京。日本人利用犯罪活动猖獗来证明其占领的正当性，鼓吹日本帝国法律和秩序的必要。
日本雇主对待很多当地中国劳工还不如奴隶，常因稍有冒犯就杀害他们。后来，幸存者断言日本人蓄意制造严酷的工作环境和实施变化无常的惩罚，是为了使中国雇员处于持久的恐怖状态中。一个在日本人占据的工厂中做工的中国人描述了几个月中在那里亲眼目睹的恐怖事件。日本监工冤枉一个雇员偷了他的毛线衫，结果把那个工人从脚至咽喉用绳索捆得几乎像个木乃伊，然后用一堆砖头砸死。砸到最后，那人的身体全变了形，肉和骨头缠绕在一起，作为食物扔给了狗。另一次，日本人发现工厂里的4个小垫肩不见了并发现它们用来作了厕纸，一个22岁的妇女承认那天用过厕所，便被拖到工厂后面砍了头。就在那天下午，这个日本刽子手又杀了一名他指控偷了一双拖鞋的十几岁的少年。
日本人甚至用南京人做医学试验。1939年4月，他们在城里开设了一个机构，把人当作豚鼠来进行他们的研究，日本人把用作实验的人叫作“圆木”。--在离长江只有很短一段距离的中山东路，日本人把一所六层楼的中国医院改建成研究流行病的实验室，他们称之为“荣1644部队"。虽然这个实验室靠近一个军用机场、一个艺妓区、电影院和显眼的日本人中心，例如日本领事馆、军警处及侵华派遣军最高统帅的指挥部，它仍然是严密警戒之下的机密。院子周围是高高的砖墙，上面有带剌的铁丝网，实验室有警卫巡逻，工作人员被命令绝不允许在写回日本的信中提到荣1644。里面的科学家给中国俘虏注射或喂食各种各样的毒药、细菌和致人死命的气体；这些物质包括丙酮、硝酸盐氰化物、亚硝酸盐氰化物和蛇毒，比如眼镜蛇、竹叶青蛇的毒液。日本科学家以这种方式每周杀死10个或更多的中国人，并用荣1644的焚化炉处置他们的尸体。