燕京大学：近代中国规模最大、教学质量最好、环境最优美的大学，创办于1916年，司徒雷登任校长，曾与哈佛大学合作成立哈佛—燕京学社，在国内外享有盛誉。其校园为今天北京大学主校区——燕园。在1952年全国高等学校院系调整中被撤销。
辅仁大学：1925年由罗马教廷创办，20世纪初与北大、清华、燕京并称“北平四大名校”，并驰名于海外华人社会。1952年在全国高等学校院系调整中被撤销，其校舍并入北京师范大学的北校区，人员与系所编制则分别并入北京大学、北京师范大学、中国人民大学、中国政法大学、中央财经大学。
齐鲁大学：中国历史上最早的一所教会大学，由美、英、加3国的14个基督教教会在山东联合创办，鼎盛时号称“华北第一学府”，与燕京大学齐名，有“南齐北燕”之称。许多知名学者如作家老舍、历史学家顾颉刚、墨学大师栾调甫、戏剧理论家马彦祥等都曾在此执教。1952年全国高等学校院系调整中，该校并入山东大学，部分专业并入山东师范大学，其校址为今天山东大学西校区。
东吴大学：20世纪初中国第一所民办大学。1900年创建于苏州，其法学教育在当时饮誉海内外。1952年全国高等学校院系调整中，东吴大学被撤销，于原址成立江苏师范学院，1986年改名为苏州大学。
圣约翰大学：中国首个全英语授课的大学，以“光与真理”为校训，有“东方哈佛”和“外交人才养成所”之雅称，创下了民国教育的多项第一，尤其是在体育教育上遥遥领先。该校培养了林语堂、张爱玲、邹韬奋、顾维钧、宋子文、荣毅仁、刘鸿生、贝聿铭、施肇基等一大批影响中国历史的杰出人物。
震旦大学：由法国天主教教会于1903年创办，中国神父马相伯任校长，所设学科有语文、象数、格物、致知4门。震旦是古印度对中国的旧称。1952年全国高等学校院系调整中，震旦大学各院系分别归并复旦大学、上海交通大学、同济大学。
之江大学：1845年由美籍教员创办于杭州的基督教教会大学，在全国高校中有一定历史地位，林汉达、金仲华、朱生豪等知名人士都是之大校友。1951年该校被浙江省文教厅接管，美籍教员离校回国。1952年，全部并入浙江大学。
金陵大学：由美国基督教教会在南京创办。教育家陶行知、诺贝尔文学奖获得者赛珍珠、哲学家方东美、文史学家程千帆等着名校友均出于此。20世纪50年代，在台湾农业界号召“经济复兴”的大部分骨干都是金大毕业生。胡适声言，民国时期的农业研究中心在南京，南京的农业研究中心在金大。
岭南大学：由美国基督教长老会于1888年在广州创办。1925年到1927年，广州处于大革命高潮时期，该校工人、学生连续罢工、罢课，学校宣布停办。同年7月，收归中国人自办。先后设立文、理、工、农、商、医等学校。1952年在全国高等学校院系调整中，岭南大学与中山大学及其他院校的文、理科合并，组成现在的中山大学。其余学科经合并调整，分别组成华南工学院、华南农学院、华南师范大学和中山医学院。