到了明代，也鲜有将尚方宝剑用于官员监察和各类刑事民事案件等“非军事用途”的。
有明一代，尚方宝剑的出现频率比宋代高，制度也比宋代完备。赐尚方宝剑必须经过一项重大的仪式——“代行授钺礼”。明末，剑（尚方宝剑）、敕（敕令）和印（印符）共同构成了督师权力的象征。
因此，尚方宝剑再风光，使用起来也是有规则的。在封建专制时代，皇权独大，绝对不允许出现什么“上斩昏君、下斩佞臣”的制度bug。
比如《宋史·陈执中传》中就提到过，太祖赵匡胤吩咐大将曹彬：“副将以下，不听命令的可以杀。”《明史·杨镐传》中也说，皇帝赐杨镐尚方剑，只能杀总兵以下的官员。这就限定了专杀权的使用范围。而且，尚方剑赐予地方将领，只能用于将领管辖地区，不能跑到别人的地界去杀人，否则就是越权。而有清一代，在历史记载里甚至很难找到“尚方宝剑”的影子。
戏剧中的尚方宝剑，只不过是民间对于“除暴安良、沉冤昭雪”的一种美好想象。就像免死金牌不能真的免死一样，尚方宝剑也没法实现公平。真残酷呀。