1586年10月15日上午，玛丽女王走进佛斯林费堡挤满人的法庭。由于多年囚禁与风湿病的折磨，她憔悴不堪，但她依旧高贵冷静地展现着帝王风范，在医生的协助下，缓缓走近位于这狭长审判室中间的御座。玛丽以为这御座表示她赢得了应有的敬意。她错了。这御座代表缺席的伊丽莎白女王——玛丽的仇敌与起诉人。玛丽被和缓地带离御座，走到审判室另一边的被告席上，那把猩红色丝绒椅才是她的座位。
苏格兰的玛丽女王在此接受叛逆罪的审判。她被控密谋行刺伊丽莎白女王以夺取英格兰王位。伊丽莎白的国务大臣弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士已捕获其他共犯，取得供词，并将他们处决了。现在，他要证明玛丽是这宗阴谋的核心人物，一样罪当处死。
这宗叛逆阴谋是一群年轻的英格兰天主教贵族策划的。他们意图除掉伊丽莎白这个新教徒，让同为天主教徒的玛丽取而代之。法庭认为，玛丽显然是这群叛匪的名义领袖，但不确定她是否承认这项罪责。事实上，玛丽的确授意了此次行动。沃尔辛厄姆面临的挑战是：他必须证实玛丽和这群叛匪之间确有关系。
审判日当天，玛丽独坐在被告席上。被控叛逆罪的嫌犯不得请辩护律师，也不准传唤证人。不过，玛丽还未身陷绝境——当初她很谨慎地用密码与叛匪通信，她用密码系统把信息转换成一串无意义的符号。玛丽相信，就算沃尔辛厄姆搜出这些信件，也读不出什么名堂来。这些信件的内容既然无解，也就不能成为呈堂证据。
不幸的是，沃尔辛厄姆不仅拦截到玛丽送给叛匪的信件，还知道谁能破解这些密码。托马斯·菲利普是英格兰破解密码的第一高手。他若能破解玛丽授意叛匪谋逆的信息，她就难逃一死了。
1542年11月24日，亨利八世于索维莫斯一役击溃苏格兰大军。亨利八世征服苏格兰、夺取詹姆斯五世王位的野心，眼看就要实现了。经过这场战役，深受打击的苏格兰国王身心完全崩溃，退居在福克兰的宫殿里。就连两周之后，女儿玛丽的诞生，也无法使这位病怏怏的国王振作起来。他似乎就等着继承人诞生，确定责任已了，即可平静地离开人世。玛丽诞生一个星期后，年仅30岁的詹姆斯五世随即驾崩。1543年9月9日，9个月大的玛丽在斯特灵城堡的礼拜堂接受加冕。正因玛丽女王太过年幼，英格兰反而暂缓侵犯苏格兰。亨利八世顾虑，若于此刻出兵进犯一个新王只是女婴的国家，会被讥为没有骑士风度。因此英格兰国王改用怀柔政策，想安排玛丽与他的儿子爱德华成亲，借此将苏格兰纳入都铎王室的统治之下。
可是，苏格兰拒绝了亨利八世的提议。他们宁愿让玛丽和法国皇太子弗朗西斯缔结婚约。1548年8月7日，6岁的玛丽前往法国。16岁时，玛丽与弗朗西斯完婚，并在1559年成为法国王后。至此事事顺遂，玛丽似乎可以意气风发地返回苏格兰了。没想到，一向孱弱的弗朗西斯病倒了。他在儿时感染的耳疾忽然恶化，发炎的部位扩散到脑部，引发脓疮。1560年，登基未满一年的弗朗西斯撒手尘寰，玛丽成为寡妇。
从此，玛丽陷入一场又一场的悲剧。1561年，她回到苏格兰。在接下来的两场失败婚姻中，玛丽女王被卷进衰败的旋涡。1567年，苏格兰的新教贵族对他们的天主教女王不再抱任何希望，于是囚禁玛丽，强迫她让位给14个月大的儿子詹姆斯六世。1568年，玛丽逃出囚房，向南朝英格兰走去，寄望于她的表姑伊丽莎白一世能提供庇护。
玛丽做了一个可怕的错误判断。伊丽莎白提供给她的不过是另一座监牢。玛丽遭受囚禁的原因是她对伊丽莎白构成了威胁。玛丽的祖母玛格丽特·都铎是亨利八世的姐姐，所以她有权继承英格兰王位，只不过亨利八世仅存的子嗣伊丽莎白的顺位排在她之前。但是英格兰的天主教徒认为，英格兰的国君应该是信奉天主教的玛丽。
1586年1月6日，被囚禁了18年的玛丽惊愕地收到一批信。
这些信来自玛丽的支持者，是吉尔伯特·基弗偷运进来的。基弗是天主教徒，1577年离开英格兰，在罗马接受神学教育。他于1585年回到英格兰，急于为玛丽效劳。他来到位于伦敦的法国大使馆，那里积放了一大批寄给玛丽的书信。基弗宣称他有办法把这些信件偷运进囚禁玛丽的查特里宅邸，而他也真的办到了。这只是个开始。基弗开始担任秘密信差，送信给玛丽，并带出她的回信。他用皮革把信裹起来，再把包裹藏在封塞啤酒桶的空心木塞里。酿酒商把酒送进查特里宅邸，玛丽的仆人打开木塞，取出藏在里面的信交给玛丽。将信息带出查特里宅邸也是用同样的方法。
此时，一项营救玛丽女王的计划正在伦敦的一个酒馆里酝酿着。该计划的中心人物是天主教贵族青年安东尼·贝平顿。这些谋逆分子一致认为，这项后来被称为“贝平顿阴谋”的计划需要玛丽的首肯才能进行下去。问题是，他们找不到与她通信的途径。1586年7月6日，基弗来到贝平顿的门前。他送来一封玛丽的信，说她在巴黎的支持者提到贝平顿，她很期待贝平顿的来信。贝平顿随即写了一封长信，描述计划的轮廓。
一如既往，基弗把这封信放进啤酒桶的木塞里，蒙混过看守玛丽的人。贝平顿还采取了额外的措施，把信转换成密码——万一密函被玛丽的看守人拦截，他也无法解读内容。他所用的密码如下图所示。他用了23个符号来代替英文字母（不包括j、v、w），另有36个符号来代替单词或词组。此外，还有4个虚元（不代表任何字母，像空格一样不具任何意义的符号），以及一个用来表示下一个符号代表两个字母的重复符号。
虽然基弗是一個小伙子，比贝平顿还年轻，这件传递信息的差事却做得从容自在、游刃有余。可是，每趟来回查特里宅邸的途中，他都会多拐一个弯。表面上他是玛丽的特务，事实上他是双面间谍。且回到1585年，基弗在回到英格兰之前，写了一封信给沃尔辛厄姆爵士，向他毛遂自荐。基弗意识到，他的天主教背景是打进反伊丽莎白女王密谋核心的最佳面具。