敦疾甚，绍召其司徒王导、中书监庚亮、丹阳尹温峤、尚书卞壶密谋讨之。导、峤及右将军卞敦共据石头，光禄勋应詹都督朱雀桁南诸军事，尚书令郗鉴都督从驾诸军事，绍出次于中堂。敦闻兵起，怒，欲自将，困不能坐。召其党钱凤、邓岳、周抚等率众三万指造建业。含谓敦曰：“北事吾便当行。”于是以含为元帅。凤等问敦曰：“事克之日，天子云何？”敦曰：“尚未南郊，何为天子！便尽卿兵势，唯保护东海王及裴妃而已。”初，绍谓敦已死，故敢发兵。及下诏数日，敦犹能与王导书，后自手笔曰：“太真别来几日，作如此事！”太真，温峤字也，绍朝见之，咸共骇惧。含等兵至，温峤辄烧朱雀桁以挫其锋。绍使中军司马曹浑、左卫参军陈嵩、段匹磾弟秃率壮士千人逆含等，战于江宁，斩其前锋将何康，杀数百人。敦闻康死，军不获济，怒曰：“我兄老婢耳！门户衰微，群从中才兼文武者皆早死，今年事去矣。”语参军吕宝曰：“我当力行。”因作势而起，困乏，乃复卧。使术士郭璞筮之，卦成，对曰：“不能佳。”敦既疑璞劝亮、峤等举事，又闻卦恶，于是杀璞。
敦疾转困，语其舅羊鉴及子应曰：“我亡后，应便即位，先立朝廷百官，然后营葬。”初敦败叡之后，梦白犬自天而下，噬之。及疾甚，见刁协、甘卓为崇，遂死。王应秘不发丧，裹尸以席，埋于斋中，与其将诸葛瑶等纵酒淫逸。沈充将万余人来会含等。充临行，顾谓其妻曰：“男兒不建豹尾，不能归也。”绍平西将军祖约率众至于淮南，逐敦所置淮南太守任台。绍将刘遐、苏峻济自满洲，含相率渡兵，应詹逆击，大破之。周抚斩钱凤，沈充将吴儒斩充。绍遣御史刘彝发敦瘗，斩尸，枭首朱雀桁。
绍死，子衍僭立，号年曰咸和。
衍历阳太守苏峻不顺于衍，衍护军庾亮曰：“苏峻豺狼，终为祸乱，晁错所谓削之亦反，不削亦反，削之反速而祸小，不削反迟而祸大。”乃以大司农征之，令峻弟逸领峻部曲。征书至，峻怒曰：“庚亮专擅，欲诱杀我也。”阜陵令匡术、乐安人任让并为峻谋主，劝峻诛亮。乃使使推崇祖约，共讨亮，约大喜。于是约命兄逖子沛国内使涣、女婿淮南太守许柳将兵会峻。峻使其党韩光，光名犯恭宗庙讳，入姑熟，杀于湖令陶馥，残掠而还。衍假庾亮节为征讨都督，使其右卫将军赵胤、右将军司马流率众次于慈湖。韩光晨袭流，杀之。衍以其骁骑将军钟雅为前锋监军，假节，率舟军拒峻。宣城内史桓彝统吏士次于芜湖，韩光败之，大掠宣城诸县而还。江州刺史温峤使督护王愆期、西阳太守邓岱、鄱阳太守纪睦等以舟军赴于建业。衍期，岱次直渎，峻督众二万济自横江，登牛渚山。愆期等邀击不制。峻至于蒋山，衍假领军卞壶节，率诸将陈兵。衍之将怯兵弱，为峻所败，卞壶及其二子、丹阳尹羊曼、黄门侍郎周导、庐江太守陶瞻、散骑侍郎任台等皆死，死者三千余人。庾亮兵败，与三弟奔于柴桑。峻遂焚衍宫，君贼突掠，百僚奔散，唯有米数石而已，无以自供。峻逼衍大赦，庾亮兄弟不在赦限。峻以祖约为太尉、尚书令，加侍中，自为骠骑将军、领军将军、录尚书事。于是建业荒毁，奔投吴会者十八九。
温峤闻之，移告征镇州郡。庾亮至盆口，峤分兵配给。又招衍荆州刺史陶侃欲共讨峻。侃不从，曰：“吾疆场外将，本非顾命大臣，今日之事，所不敢当。”时侃子为峻所害，峻复喻侃曰：“苏峻遂得志，四海虽广，公宁有容足地乎？贤子越骑酷没，天下为公痛心，况慈父之情哉！”侃乃许之。
苏峻屯于于湖。衍母庾氏忧怖而死。苏峻闻兵起，自姑孰还建业，屯于石头。使其党张瑾、管商率众拒诸军，逼迁衍于石头”衍哀泣升车，宫人尽哭，随从衍者，莫不流涕。峻以仓屋为宫，使乡人许方为司马，督将兵守卫。陶侃、庚亮、温峤率舟军二万至于石头，俄引还，次于蔡洲沙门浦。庾亮守白石垒，诘朝，峻将万余人攻之。亮等逆击，峻退。吴国内史庾冰率三吴之众骤战，不胜。瑾、商等破庾冰前军于无锡，焚掠肆意。韩光攻宣城内史桓彝，彝率吏民力战不胜，为光所杀。祖约为颍川人陈光率其属攻之，约乃奔于历阳。长乐人贾宁劝峻杀王导，尽诛诸大臣，峻不从，乃改计叛峻。王导使袁耽潜诱纳之，谋奉衍出奔温峤。
峤食尽，贷于陶侃。侃怒曰：“使君前云不忧无士众及粮食也，唯欲得老民为主耳。今比战皆北，良将安在？今若无食，民便欲西归。”先是峤虑侃不赴，故以甘言招侃。峤乃卑辞谢之，且曰：“今者，骑虎之势可得下乎？贼垂灭，愿公留思。”侃怒少止。其将李阳说曰：“今事若不捷，虽有粟，焉得而食之。公宜割见储，以卒大事。”乃以米五万石供军。
祖涣袭湓口，欲以沮温峤之兵。涣过皖，攻谯国内史桓云，不克，乃还。苏峻并兵攻大业，大业水竭，皆饮粪汁。诸将谋救之，虑不能当，且欲水陆攻峻。陶侃以舟师攻石头，温峤、庾亮陈于白石。峻子硕以数十骑出战，峻见硕骑，乃舍其众，自以四马北下突陈，陈坚乃还。军士彭世、李千投之以矛，峻坠马，遂枭首，脔割之，焚其骸骨。任让及诸贼帅复立峻弟逸，救峻尸弗获，乃发衍父母冢，剖棺焚尸。匡术率其徒据苑城以降，韩光、苏硕等率众攻苑，苑中饥，谷石四万。诸将攻石头。苏硕及章武王世子休率劲贼孔卢、张偏等数十人击李阳于?且浦，退走，硕等追之，庾冰司马滕含以锐卒自后击之，硕、逸等震溃，奔于曲阿。含入抱衍，始得出奔温峤之舟。
是时，兵破之后，宫室灰烬，议欲迁移，王导不从乃止。衍改年咸康。
建国中，衍死。中书监庾冰废衍子千龄，立其弟岳，改年曰建元。初岳之立，当改元，庾冰立号，而晋初已有，改作，又如之，乃为建元。顷之，或告冰曰：“子作年号，乃不视谶也。谶云：‘建元之末丘山崩。’丘山，岳也。”冰瞿然，久而叹曰：“如有吉凶，岂改易所能救乎？”遂不复改。
岳死，庾冰欲立司马昱。骠骑将军何充立岳子聃，号年曰永和。聃安西将军桓温率所统七千余人伐蜀，拜表辄行。聃威力微弱，不能控制也。及石虎死，聃征北将军褚裒以舟军至下邳，西中郎将陈逵进据淮南。石遵闻裒至下邳，使其司空李农领万余骑逆围督护王龛于薛，执龛送于鄴，又杀李迈。龛，裒之骁将，三军丧气，乃引还。陈逵闻之，震惧，焚淮南而走。
桓温表废聃扬州刺史殷浩，聃惮温，乃除其名。温遂率所统诸军步骑四万自郢越关中至灞上。苻健与五十佘人守长安小城，是岁大俭温军。人悬磬，健深沟，坚壁清野，待温温军，食尽乃退。苻健遣子苌频击败之。初，温次灞上，其部将振武将军、顺阳太守薛珍劝温径进逼城，温弗从，珍以偏师独济，颇有所获。温退，珍乃还，放言于众，且矜其锐而咎温之持重。温惭忿，杀之。聃又改年曰升平。