僭晋司马叡，字景文，晋将牛金子也。初晋宣帝生大将军、琅邪武王伷，伷生冗从仆射、琅邪恭王觐。觐妃谯国夏侯氏，字铜环，与金奸通，遂生叡，因冒姓司马，仍为觐子。由是自言河内温人。初为王世子，又袭爵，拜散骑常侍，频迁射声、越骑校尉，左、右军将军。从晋惠帝幸临漳，其叔繇为成都王颍所杀，叡惧祸，遂走至洛，迎其母俱归陈国。
东海王越收兵下邳，假叡辅国将军。越谋迎惠帝于长安，复假叡平东将军、监徐州诸军事，使镇下邳。寻加安东将军、都督扬州诸军事、假节，当镇寿阳，且留下邳。及越西迎惠帝，留叡镇后，平东府事。当迁镇江东，属陈敏作乱，叡以兵少因留下邳。永嘉元年春，敏死，秋，叡始到建业。五年，进镇东将军、开府仪同三司，又以会稽户二万增封，加督扬、江、湘、交、广五州诸军事。六月，王弥、刘曜寇洛阳，怀帝幸平阳，晋司空荀蕃、司隶校尉荀组推叡为盟主。于是辄改易郡县，假置名号。江州刺史华轶、北中郎将裴宪并不从之。宪自称镇东将军、都督江北五郡军事，与轶连和。叡遣左将军王敦、将军甘卓、周访等击轶，斩之。宪奔于石勒。六年，叡檄四方，称与穆帝俱讨刘渊，大会平阳。
建兴元年，晋愍帝以叡为侍中、左丞相、大都督、陕东诸军事，持节、王如故。叡改建业为建康。七月，叡以晋室将灭，潜有他志，乃自大赦，为大都督、都督中外诸军事，又为丞相。叡号令不行，政刑淫虐，杀督运令史淳于伯，行刑者以刀拭柱，血流上柱二丈三尺，仅头流下四尺五寸，其直如弦。时人怨之。
平文帝初，叡自称晋王，改元建武，立宗庙、社稷，置百官，立子绍为太子。叡以晋王而祀南郊。其年，叡僭即大位，改为大兴元年。其朝廷之仪，都邑之制，皆准模王者，拟议中国。遂都于丹阳，因孙权之旧所，即禹贡扬州之地，去洛二千七百里。地多山水，阳为攸居，厥土惟涂泥，厥田惟下下，所谓“岛夷卉服”者也。《周礼》，职方氏掌天下之地，辨其邦国都鄙，四夷、八蛮、七闽、九貉、五戎、六狄之人民与其财用、九谷、六畜之数要，周知其利害。东南曰扬州，其山镇曰会稽，其薮泽曰具区，其川三江，其浸五湖，其利金锡竹箭，其民二男五女，其畜宜鸟兽，其谷宜稻。春秋时为吴越之地。吴越僭号称王，僻远一隅，不闻华士。楚申公巫臣窃妻以奔，教其军阵，然后乃知战伐。由是晚与中国交通。俗气轻急，不识礼教，盛饰子女以招游客，此其土风也。战国时则并于楚。故地远恃险，世乱则先叛，世治则后服。秦末，项羽起江南，故衡山王吴芮从百越之兵，越王无诸身率闽中之众以从，灭秦。汉初，封芮为长沙王，无诸为闽越王，又封吴王濞于朱方。逆乱相寻，亟见夷灭。汉末大乱，孙权遂与刘备分据吴蜀。权阻长江，殆天地所以限内外也。叡因扰乱，跨而有之。中原冠带呼江东之人，皆为貉子，若狐貉类云。巴、蜀、蛮、獠、溪、俚、楚、越，鸟声禽呼，言语不同，猴蛇鱼鳖，嗜欲皆异。江山辽阔将数千里，叡羁縻而已，未能制服其民。有水田，少陆种，以罟网为业。机巧趋利，恩义寡薄。家无藏蓄，常守饥寒，地既暑湿，多有肿泄之病，障气毒雾，射工、沙虱、蛇虺之害，无所不有。叡割有扬、荆、梁三州之土，因其故地，分置十数州及诸郡县，郡县户口至有不满百者。
遣使韩暢浮海来请通和。平文皇帝以其僭立江表，拒不纳之。
是时叡大将军王敦宗族擅势，权重于叡，迭为上下，了无君臣之分。叡侍中刘隗言于叡曰：“王氏强大，宜渐抑损。”敦闻而恶之。惠帝时，叡改年曰永昌。昌敦先镇武昌，乃表于叡曰：“刘隗前在门下，遂秉权宠。今辄进军，指讨奸孽，宜速斩隗首，以谢远近。朝枭隗首，诸军夕退。昔太甲不能遵明汤典，颠覆厥度，幸纳伊尹之训，殷道复昌，颇智故有先失后得者矣。”敦又移告州郡，以沈充为大都督，护东吴诸军。叡乃下书曰：“王孰恃宠，敢肆狂逆，方朕于太甲，欲见囚于桐宫。是可忍也，孰不可忍也！今当亲帅六军，以诛大逆。”叡光禄勋王含率其子瑜以轻舟弃叡，归于武昌。叡以其司空王导为前锋大都督，尚书陆晔为军司；以广州刺史陶侃为江州，梁州刺史甘卓为荆州，使其率众掎蹑敦后；以太子右率周莚率中军三千人讨沈充。敦至洌州，表尚书令刁协党附，宜加诛戮。叡遣右将军周札戍于石头，札潜与敦书，许军至为应。敦使司马杨朗等入于石头，札见敦。朗等既据石头，叡征西将军戴渊、镇北将军刘隗率众攻之，戴渊亲率士，鼓众陵城。俄而鼓止息，朗等乘之，叡军败绩。隗、协入见叡，叡遣其避祸，二人泣而出。隗还淮阴，后奔石勒。协奔江乘，为敦追兵所害。叡师败。
敦自为丞相，武昌郡公，邑万户，朝事大小皆关谘之。敦收戴渊及叡尚书左仆射周顗，并斩于石头，皆叡朝之望也。于是改易百官及诸州镇，其余转徙黜免者过百数，或朝行暮改，或百日半年。敦所宠沈充、钱凤等所言必用，所谮必死。敦将还武昌，其长史谢鲲曰：“公不朝，惧天下私议。”敦曰：“君能保无变乎？”对曰：“鲲近入觐，主上侧席待公，迟得相见，宫省穆然，必然不虞之虑。公若入朝，鲲请侍从。”敦曰：“正复杀君等数百，何损朝廷！”遂不朝而去。敦召安南将军甘卓，转谯王承为军司，并不从。敦遣从母弟南蛮校尉魏乂率江夏太守李恆攻承于临湘，旬日城陷，执承送于武昌。敦从弟王廙使贼迎之，害于车中。先是，王敦表疏，言旨不逊，叡以示承曰：“敦言如此，岂有厌哉？”对曰：“陛下不早裁之，难将作矣。”敦恶之。襄阳太守周虑袭杀甘卓。
叡畏迫于敦，居常忧戚，发病而死。子绍僭立，改年日太宁。
王敦将纂，讽绍征己。乃为书曰：“孤子绍顿首。天下事大，绍以眇身，弗克负荷，哀忧孔疚，如临于谷，实赖冢宰，以济艰难。公迈德树勋，遐迩归怀，任社稷之托，居总己之统，然道里长远，江川阻深，动有介石之机，而回旋之间，固以有所丧矣。谓公宜入辅朝政，得旦夕詶谘，朝士亦佥以为然。以公高亮忠肃，至心忧国，苟其宜然，便当以至公处之，期于静国宁民，要之括囊无咎。伏想暗同此志，愿便速克近期，以副尧企之怀。”绍恭惮于敦若此。复使兼太常应詹拜敦承相、武昌郡公，奏事不名，入朝不趋，剑履上殿。敦于是屯于芜湖。敦乃转王导为司徒，自领扬州刺史，以兄含子应为武卫将军，以自副贰。敦无子，养应为后。敦疾逾年，故召含还，欲属以后事。是时敦令绍宿卫之兵三番休二。绍密欲袭敦，微行察敦营垒。及敦疾，绍屡遣大臣讯问起居，迁含骠骑大将军、仪同三司。