世宗初，总河副都御史龚弘言：“黄河自正德初载，变迁不常，日渐北徙。大河之水合成一派，归入黄陵冈前乃折而南，出徐州以入运河。黄陵岁初筑三埽，先已决去其二，惧山、陕诸水横发，加以霖潦，决而趋张秋，复由故道入海。臣尝筑堤，起长垣，由黄陵冈抵山东杨家口，延袤二百馀里。今拟距堤十里许再筑一堤，延袤高广如之。即河水溢旧堤，流至十里外，性缓势平，可无大决。”从之。自黄陵冈决，开封以南无河患，而河北徐、沛诸州县河徙不常。
嘉靖五年，督漕都御史高友玑请浚山东贾鲁河、河南鸳鸯口，分泄水势，毋偏害一方。部议恐害山东、河南，不允。其冬，以章拯为工部侍郎兼佥都御史治河。
先是，大学士费宏言：“河入汴梁以东分为三支，虽有冲决，可无大害。正德末，涡河等河日就淤浅，黄河大股南趋之势既无所杀，乃从兰阳、考城、曹、濮奔赴沛县飞云桥及徐州之溜沟，悉入漕河，泛溢弥漫，此前数年河患也。近者，沙河至沛县浮沙涌塞，官民舟楫悉取道昭阳湖。春夏之交，湖面浅涸，运道必阻，涡河等河必宜亟浚。”御史戴金言：“黄河入淮之道有三：自中牟至荆山合长淮曰涡河；自开封经葛冈小坝、丁家道口、马牧集鸳鸯口至徐州小浮桥口曰汴河；自小坝经归德城南饮马池抵文家集，经夏邑至宿迁曰白河。弘治间，涡、白上源堙塞，而徐州独受其害。宜自小坝至宿迁小河并贾鲁河、鸳鸯口、文家集壅塞之处，尽行疏通，则趋淮之水不止一道，而徐州水患杀矣。”御史刘栾言：“曹县梁靖口南岸，旧有贾鲁河，南至武家口十三里，黄沙淤平，必宜开浚。武家口下至马牧集鸳鸯口百十七里，即小黄河旧通徐州故道，水尚不涸，亦宜疏通。”督漕总兵官杨宏亦请疏归德小坝、丁家道口、亳州涡河、宿迁小河。友玑及拯亦屡以为言。俱下工部议，以为浚贾鲁故道，开涡河上源，功大难成，未可轻举，但议筑堤障水，俾入正河而已。
是年，黄河上流骤溢，东北至沛县庙道口，截运河，注鸡鸣台口，入昭阳湖。汶、泗南下之水从而东，而河之出飞云桥者漫而北，淤数十里，河水没丰县，徙治避之。
明年，拯言：“荥泽北孙家渡、兰阳北赵皮寨，皆可引水南流，但二河通涡，东入淮，又东至凤阳长淮卫，经寿春王诸园寝，为患叵测。惟宁陵北坌河一道，通饮马池，抵文家集，又经夏邑至宿州符离桥，出宿迁小河口，自赵皮寨至文家集，凡二百馀里，浚而通之，水势易杀，而园寝无患。”乃为图说以闻。命刻期举工。而河决曹、单、城武杨家、梁靖二口、吴士举庄，冲入鸡鸣台，夺运河，沛地淤填七八里，粮艘阻不进。御史吴仲以闻，因劾拯不能办河事，乞择能者往代。其冬，以盛应期为总督河道右都御史。
是时，光禄少卿黄绾、詹事霍韬、左都御史胡世宁、兵部尚书李承勋各献治河之议。绾言：“漕河资山东泉水，不必资黄河，莫若浚兖、冀间两高中低之地，道河使北，至直沽入海。”
韬言：“议者欲引河自兰阳注宿迁。夫水溢徐、沛，犹有二洪为之束捍，东北诸山亘列如垣，有所底极，若道兰阳，则归德、凤阳平地千里，河势奔放，数郡皆壑，患不独徐、沛矣。按卫河自卫辉汲县至天津入海，犹古黄河也。今宜於河阴、原武、怀、孟间，审视地形，引河水注於卫河，至临清、天津，则徐、沛水势可杀其半。且元人漕舟涉江入淮，至封丘北，陆运百八十里至淇门，入御河达京师。御河即卫河也。今导河注卫，冬春溯卫河沿临清至天津，夏秋则由徐、沛，此一举而运道两得也。”
世宁言：“河自汴以来，南分二道：一出汴城西荥泽，经中牟、陈、颍，至寿州入淮；一出汴城东祥符，经陈留、亳州，至怀远入淮。其东南一道自归德、宿州，经虹县、睢宁，至宿迁出其东，分五道：一自长垣、曹、郓至阳谷出；一自曹州双河口至鱼台塌场口出；一自仪封、归德至徐州小浮桥出；一自沛县南飞云桥出；一自徐、沛之中境山、北溜沟出。六道皆入漕河，而南会於淮。今诸道皆塞，惟沛县一道仅存。合流则水势既大，河身亦狭不能容，故溢出为患。近又漫入昭阳湖，以致流缓沙壅。宜因故道而分其势，汴西则浚孙家渡抵寿州以杀上流，汴东南出怀远、宿迁及正东小浮桥、溜沟诸道，各宜择其利便者，开浚一道，以泄下流。或修武城南废堤，抵丰、单接沛北庙道口，以防北流。此皆治河急务也。至为运道计，则当於湖东滕、沛、鱼台、邹县间独山、新安社地别凿一渠，南接留城，北接沙河，不过百馀里。厚筑西岸以为湖障，令水不得漫，而以一湖为河流散漫之区，乃上策也。”
承勋言：“黄河入运支流有六。自涡河源塞，则北出小黄河、溜沟等处，不数年诸处皆塞，北并出飞云桥，於是丰、沛受患，而金沟运道遂淤。然幸东面皆山，犹有所障，故昭阳湖得通舟。若益徙而北，则径奔入海，安平镇故道可虑，单县、谷亭百万生灵之命可虞。又益北，则自济宁至临清运道诸水俱相随入海，运何由通？臣愚以为相六道分流之势，导引使南，可免冲决，此下流不可不疏浚也。欲保丰、沛、单县、谷亭之民，必因旧堤筑之，堤其西北使毋溢出，此上流不可不堤防也。”
其论昭阳湖东引水为运道，与世宁同。乃下总督大臣会议。
七年正月，应期奏上，如世宁策，请於昭阳湖东改为运河。会河决，於庙道口三十馀里，乃别遣官浚赵皮寨，孙家渡，南、北溜沟以杀上流，堤武城迤西至沛县南，以防北溃。会旱灾修省，言者请罢新河之役，乃召应期还京，以工部侍郎潘希曾代。希曾抵官，言：“迩因赵皮寨开浚未通，疏孙家渡口以杀河势，请敕河南巡抚潘埙督管河副使，刻期成功。”帝从其奏。希曾又言：“漕渠庙道口以下忽淤数十里者，由决河西来横冲口上，并掣闸河之水东入昭阳湖，致闸水不南，而飞云桥之水时复北漫故也。今宜於济、沛间加筑东堤，以遏入湖之路，更筑西堤以防黄河之冲，则水不散缓，而庙道口可永无淤塞之虞。”帝亦从之。
八年六月，单、丰、沛三县长堤成。九年五月，孙家渡河堤成。逾月，河决曹县。一自胡村寺东，东南至贾家坝入古黄河，由丁家道口至小浮桥入运河。一自胡村寺东北，分二支：一东南经虞城至砀山，合古黄河出徐州；一东北经单县长堤抵鱼台，漫为坡水，傍谷亭入运河。单、丰、沛三县长堤障之，不为害。希曾上言：“黄由归德至徐入漕，故道也。永乐间，浚开封支河达鱼台入漕以济浅。自弘治时，黄河改由单、丰出沛之飞云桥，而归德故道始塞，鱼台支河亦塞。今全河复其故道，则患害已远，支流达於鱼台，则浅涸无虞，此漕运之利，国家之福也。”帝悦，下所司知之，乃召希曾还京。自是，丰、沛渐无患，而鱼台数溢。