十一年，总河佥都御史戴时宗请委鱼台为受水之地，言：“河东北岸与运道邻，惟西南流者，一由孙家渡出寿州，一由涡河口出怀远，一由赵皮寨出桃源，一由梁靖口出徐州小浮桥。往年四道俱塞，全河南奔，故丰、沛、曹、单、鱼台以次受害。今患独钟於鱼台，宜弃以受水，因而道之，使入昭阳湖，过新开河，出留城、金沟、境山，乃易为力。至塞河四道，惟涡河经祖陵，未敢轻举，其三支河颇存故迹，宜乘鱼台壅塞，令开封河夫卷埽填堤，逼使河水分流，则鱼台水势渐减，俟水落毕工，并前三河共为四道，以分泄之，河患可已。”
明年，都御史朱裳代时宗，条上治河二事，大略言：“三大支河宜开如时宗计，而请塞梁靖口迤东由鱼台入运河之岔口，以捍黄河，则谷亭镇迤南二百馀里淤者可浚，是谓塞黄河之口以开运河。黄河自谷亭转入运河，顺流而南，二日抵徐州，徐州逆流而北，四日乃抵谷亭，黄水之利莫大於此。恐河流北趋，或由鱼台、金乡、济宁漫安平镇，则运河堤岸冲决；或三支一有壅淤，则谷亭南运河亦且冲决。宜缮筑堤岸，束黄入运，是谓借黄河之水以资运河。”诏裳相度处置。
十三年正月，裳复言：
“今梁靖口、赵皮寨已通，孙家渡方浚。惟涡河一支，因赵皮寨下流睢州野鸡冈淤正河五十馀里，漫於平地，注入涡河。宜挑浚深广，引导漫水归入正河，而於睢州张见口筑长堤至归德郭村，凡百馀里，以防泛溢。更时疏梁靖口下流，且挑仪封月河入之，达於小浮桥，则北岸水势杀矣。
夫河过鱼台，其流渐北，将有越济宁、趋安平、东入於海之渐。尝议塞岔河之口以安运河，而水势汹涌，恐难遽塞。塞亦不能无横决，黄陵冈、李居庄诸处不能无患。徐州迤上至鲁桥泥沙停滞，山东诸泉水微，运道必涩。请创筑城武至济宁缕水大堤百五十馀里，以防北溢。而自鲁桥至沛县东堤百五十馀里修筑坚厚，固之以石。自鱼台至谷亭开通淤河，引水入漕，以杀鱼台、城武之患，此顺水之性不与水争地者也。
孙家渡、涡河二支俱出怀远，会淮流至凤阳，经皇陵及寿春王陵至泗州，经祖陵。皇陵地高无虑，祖陵则三面距河，寿春王陵尤迫近。祖陵宜筑土堤，寿春王陵宜砌石岸，然事体重大，不敢轻举也。清江浦口正当黄、淮会合之冲，二河水涨漫入河口，以致淤塞滞运，宜浚深广。而又筑堤以防水涨，筑坝以护行舟，皆不可缓。往时淮水独流入海，而海口又有套流，安东上下又有涧河、马逻诸港以分水入海。今黄河汇入於淮，水势已非其旧，而诸港套俱已堙塞，不能速泄，下壅上溢，梗塞运道。宜将沟港次第开浚，海口套沙，多置龙爪船往来爬荡，以广入海之路，此所谓杀其下流者也。
河出鱼台虽借以利漕，然未有数十年不变者也。一旦他徙，则徐、沛必涸。宜大浚山东诸泉以汇於汶河，则徐、沛之渠不患乾涸，虽岔河口塞亦无虞矣。”工部覆如其议，帝允行之。未几，裳忧去，命刘天和为总河副都御史代裳。
是岁，河决赵皮寨入淮，谷亭流绝，庙道口复淤。天和役夫十四万浚之。已而河忽自夏邑大丘、回村等集冲数口，转向东北，流经萧县，下徐州小浮桥。天和言：“黄河自鱼、沛入漕河，运舟通利者数十年，而淤塞河道、废坏闸座、阻隔泉流、冲广河身，为害亦大。今黄河既改冲从虞城、萧、砀，下小浮桥，而榆林集、侯家林二河分流入运者，俱淤塞断流，利去而害独存。宜浚鲁桥至徐州二百馀里之淤塞。”制可。
十四年从天和言，自曹县梁靖口东岔河口筑压口缕水堤，复筑曹县八里湾至单县侯家林长堤各一道。是年冬，天和条上治河数事，中言：“鲁桥至沛县东堤，旧议筑石以御横流，今黄河既南徙，可不必筑。孙家渡自正统时全河从此南徙，弘治间淤塞，屡开屡淤，卒不能通。今赵皮寨河日渐冲广，若再开渡口，并入涡河，不惟二洪水涩，恐亦有陵寝之虞，宜仍其旧勿治。旧议祥符盘石、兰阳铜瓦厢、考城蔡家口各添筑月堤。臣以为黄河之当防者惟北岸为重，当择其去河远者大堤中堤各一道，修补完筑，使北岸七八百里间联属高厚，则前勘应筑诸堤举在其中，皆可罢不筑。”帝亦从之。
十五年，督漕都御史周金言：“自嘉靖六年后，河流益南，其一由涡河直下长淮，而梁靖口、赵皮寨二支各入清河，汇於新庄闸，遂灌里河。水退沙存，日就淤塞。故老皆言河自汴来本浊，而涡、淮、泗清，新庄闸正当二水之口，河、淮既合，昔之为沛县患者，今移淮安矣。因请於新庄更置一渠，立闸以资蓄泄。”从之。
十六年冬从总河副都御史于湛言，开地丘店、野鸡冈诸口上流四十馀里，由桃源集、丁家道口入旧黄河，截涡河水入河济洪。十八年，总河都御史胡缵宗开考城孙继口、孙禄口黄河支流，以杀归、睢水患，且灌徐、吕，因於二口筑长堤，及修筑马牧集决口。
二十年五月命兵部侍郎王以旂督理河道，协总河副都御史郭持平计议。先一岁，黄河南徙，决野鸡冈，由涡河经亳州入淮，旧决口俱塞。其由孙继口及考城至丁家道口，虞城入徐、吕者，亦仅十之二。持平久治弗效，降俸戴罪。以旂至，上言：“国初，漕河惟通诸泉及汶、泗，黄河势猛水浊，迁徙不常，故徐有贞、白昂、刘大夏力排之，不资以济运也。今幸黄河南徙，诸闸复旧，宜浚山东诸泉入野鸡冈新开河道，以济徐、吕；而筑长堤沛县以南，聚水如闸河制，务利漕运而已。”明年春，持平请浚孙继口及扈运口、李景高口三河，使东由萧、砀入徐济运。其秋，从以旂言，於孙继口外别开一渠泄水，以济徐、吕。凡八月，三口工成，以旂、持平皆被奖，遂召以旂还。未几，李景高口复淤。
先是，河决丰县，迁县治於华山，久之始复其故治。河决孟津、夏邑，皆迁其城。及野鸡冈之决也，凤阳沿淮州县多水患，乃议徙五河、蒙城避之。而临淮当祖陵形胜不可徙，乃用巡按御史贾太亨言，敕河抚二臣亟浚砀山河道，引入二洪，以杀南注之势。
二十六年秋，河决曹县，水入城二尺，漫金乡、鱼台、定陶、城武，冲谷亭。总河都御史詹瀚请於赵皮寨诸口多穿支河，以分水势。诏可。
三十一年九月，河决徐州房村集至邳州新安，运道淤阻五十里。总河副都御史曾钧上治河方略，乃浚房村至双沟、曲头，筑徐州高庙至邳州沂河。又言：“刘伶台至赤晏庙凡八十里，乃黄河下流，淤沙壅塞，疏浚宜先。次则草湾老黄河口，冲激淹没安东一县，亦当急筑，更筑长堤矶嘴以备冲激。又三里沟新河口视旧口水高六尺，开旧口有沙淤之患，而为害稍轻；开新口未免淹没之虞，而漕舟颇便。宜暂闭新口，建置闸座，且增筑高家堰长堤，而新庄诸闸甃石以遏横流。”帝命侍郎吴鹏振灾户，而悉从钧奏。