既而淮水自决张福堤。直隶巡按彭应参言：“祖陵度可无虞，且方东备倭警，宜暂停河工。”部议令河臣熟计。应龙、贞观言：“为祖陵久远计，支河实必不容已之工，请候明春倭警宁息举行。”其事遂寝。
二十一年春，贞观报命，议开归、徐达小河口，以救徐、邳之溢；导浊河入小浮桥故道，以纾镇口之患。下总河会官集议，未定。五月，大雨，河决单县黄堌口，一由徐州出小浮桥，一由旧河达镇口闸。邳城陷水中，高、宝诸湖堤决口无算。明年，湖堤尽筑塞，而黄水大涨，清口沙垫，淮水不能东下，於是挟上源阜陵诸湖与山溪之水，暴浸祖陵，泗城淹没。二十三年，又决高邮中堤及高家堰、高良涧，而水患益急矣。
先是，御史陈邦科言：“固堤束水未收刷沙之利，而反致冲决。法当用浚，其方有三。冬春水涸，令沿河浅夫乘时捞浅，则沙不停而去，一也。官民船往来，船尾悉系钯犁，乘风搜涤，则沙不宁而去，二也。仿水磨、水碓之法，置为木机，乘水滚荡，则沙不留而去，三也。至淮必不可不会黄，故高堰断不可弃。湖溢必伤堤，故周家桥溃处断不可开。已弃之道必淤满，故老黄河、草湾等处断不可。”疏下所司议。户部郎中华存礼则请复黄河故道，并浚草湾。而是时腰铺犹未开，工部侍郎沈节甫言：“复黄河未可轻议，至诸策皆第补偏救弊而已，宜概停罢。”乃召应龙还工部，时二十二年九月也。
既而给事中吴应明言：“先因黄河迁徙无常，设遥、缕二堤束水归漕，及水过沙停，河身日高，徐、邳以下居民尽在水底。今清口外则黄流阻遏，清口内则淤沙横截，强河横灌上流约百里许，淮水仅出沙上之浮流，而潴蓄於盱、泗者遂为祖陵患矣。张贞观所议腰铺支河归之草湾，或从清河南岸别开小河至骆家营、马厂等地，出会大河，建闸启闭，一遇运浅，即行此河，亦策之便者。”至治泗水，则有议开老子山，引淮水入江者。宜置闸以时启闭，拆张福堤而堤清口，使河水无南向。部议下河漕诸臣会勘。直隶巡按牛应元因谒祖陵，目击河患，绘图以进，因上疏言：
“黄高淮壅，起於嘉靖末年河臣凿徐、吕二洪巨石，而沙日停，河身日高，溃决由此起。当事者计无复之，两岸筑长堤以束，曰缕堤。缕堤复决，更於数里外筑重堤以防，曰遥堤。虽岁决岁补，而莫可谁何矣。
黄、淮交会，本自清河北二十里骆家营，折而东至大河口会淮，所称老黄河是也。陈瑄以其迂曲，从骆家营开一支河，为见今河道，而老黄河淤矣。万历间，复开草湾支河，黄舍故道而趋，以致清口交会之地，二水相持，淮不胜黄，则窜入各闸口，淮安士民於各闸口筑一土埂以防之。嗣后黄、淮暴涨，水退沙停，清口遂淤，今称门限沙是也。当事者不思挑门限沙，乃傍土埂筑高堰，横亘六十里，置全淮正流之口不事，复将从旁入黄之张福口一并筑堤塞之，遂倒流而为泗陵患矣。前岁，科臣贞观议辟门限沙，裁张福堤，其所重又在支河腰铺之开。
总之，全口淤沙未尽挑辟，即腰铺工成，淮水未能出也，况下流鲍、王诸口已决，难以施工。岂若复黄河故道，尽辟清口淤沙之为要乎？且疏上流，不若科臣应明所议，就草湾下流浚诸决口，俾由安东归五港，或於周家桥量为疏通，而急塞黄堌口，挑萧、砀渠道，浚符离浅阻。至宿迁小河为淮水入黄正路，急宜挑辟，使有所归。”
应龙言：“张福堤已决百馀丈，清口方挑沙，而腰铺之开尤不可废。”工部侍郎沈思孝因言：“老黄河自三义镇至叶家冲仅八千馀丈，河形尚存。宜亟开浚，则河分为二，一从故道抵颜家河入海，一从清口会淮，患当自弭。请遣风力科臣一人，与河漕诸臣定画一之计。”乃命礼科给事中张企程往勘。而以水患累年，迄无成画，迁延糜费，罢应龙职为民，常居敬、张贞观、彭应参等皆谴责有差。
御史高举请“疏周家桥，裁张福堤，辟门限沙，建滚水石坝於周家桥、大小涧口、武家墩、绿杨沟上下，而坝外浚河筑岸，使行地中。改塘埂十二闸为坝，灌闸外十二河，以辟入海之路。浚芒稻河，且多建滨江水闸，以广入江之途。然海口日壅，则河沙日积，河身日高，而淮亦不能安流。有灌口者，视诸口颇大，而近日所决蒋家、鲍家、畀家三口直与相射，宜挑浚成河，俾由此入海。”工部主事樊兆程亦议辟海口，而言：“旧海口决不可浚，当自鲍家营至五港口挑浚成河，令从灌口入海。”俱下工部。请并委企程勘议。
是时，总河工部尚书杨一魁被论，乞罢，因言：“清口宜浚，黄河故道宜复，高堰不必修，石堤不必砌，减水闸坝不必用。”帝不允辞，而诏以尽心任事。御史夏之臣则言：“海口沙不可劈，草湾河不必浚，腰铺新河四十里不必开，云梯关不必辟，惟当急开高堰，以救祖陵。”且言：“历年以来，高良涧土堤每遇伏秋即冲决，大涧口石堤每遇汹涌即崩溃。是高堰在，为高、宝之利小；而高堰决，则为高、宝之害大也。孰若明议而明开之，使知趋避乎？”给事中黄运泰则又言：“黄河下流未泄，而遽开高堰、周桥以泄淮水，则淮流南下，黄必乘之，高、宝间尽为沼，而运道月河必冲决矣。不如浚五港口，达灌口门，以入於海之为得也。”诏并行勘议。
企程乃上言：“前此河不为陵患，自隆庆末年高、宝、淮、扬告急，当事狃於目前，清口既淤，又筑高堰以遏之，堤张福以束之，障全淮之水与黄角胜，不虞其势不敌也。迨后甃石加筑，堙塞愈坚，举七十二溪之水汇於泗者，仅留数丈一口出之，出者什一，停者什九。河身日高，流日壅，淮日益不得出，而潴蓄日益深，安得不倒流旁溢为泗陵患乎？今议疏淮以安陵，疏黄以导淮者，言人人殊。而谓高堰当决者，臣以为屏翰淮、扬，殆不可少。莫若於其南五十里开周家桥注草子湖，大加开浚，一由金家湾入芒稻河注之江，一由子婴沟入广洋湖达之海，则淮水上流半有宣泄矣。於其北十五里开武家墩，注永济河，由窑湾闸出口直达泾河，从射阳湖入海，则淮水下流半有归宿矣。此急救祖陵第一义也。”会是时，祖陵积水稍退，一魁以闻，帝大悦，仍谕诸臣急协议宣泄。
於是企程、一魁共议欲分杀黄流以纵淮，别疏海口以导黄。而督漕尚书褚鈇则以江北岁祲，民不堪大役，欲先泄淮而徐议分黄。御史应元折衷其说，言：“导淮势便而功易，分黄功大而利远。顾河臣所请亦第六十八万金，国家亦何靳於此？”御史陈煃尝令宝应，虑周家桥既开，则以高邮、邵伯为壑，运道、民产、盐场交受其害，上疏争之，语甚激，大旨分黄为先，而淮不必深治。且欲多开入海之路，令高、宝诸湖之水皆东，而后周家桥、武家墩之水可注。而淮安知府马化龙复进分黄五难之说。颍州兵备道李弘道又谓宜开高堰。鈇遂据以上闻。给事中林熙春驳之，言：“淮犹昔日之淮，而河非昔日之河，先是河身未高，而淮尚安流，今则河身既高，而淮受倒灌，此导淮固以为淮，分黄亦以为淮。”工部乃覆奏云：“先议开腰铺支河以分黄流，以倭儆、灾伤停寝，遂贻今日之患。今黄家坝分黄之工若复沮格，淮壅为害，谁职其咎？请令治河诸臣导淮分黄，亟行兴举。”报可。