崇祯二年春，河决曹县十四铺口。四月，决睢宁，至七月中，城尽圮。总河侍郎李若星请迁城避之，而开邳州坝泄水入故道，且塞曹家口匙头湾，逼水北注，以减睢宁之患。从之。四年夏，河决原武湖村铺，又决封丘荆隆口，败曹县塔儿湾大行堤。六月黄、淮交涨，海口壅塞，河决建义诸口，下灌兴化、盐城，水深二丈，村落尽漂没。逡巡逾年，始议筑塞。兴工未几，伏秋水发，黄、淮奔注，兴、盐为壑，而海潮复逆冲，坏范公堤。军民及商灶户死者无算，少壮转徙，丐江、仪、通、泰间，盗贼千百啸聚。至六年，盐城民徐瑞等言其状。帝悯之，命议罚河曹官。而是时，总河朱光祚方议开高堰三闸。淮、扬在朝者合疏言：“建义诸口未塞，民田尽沉水底。三闸一开，高、宝诸邑荡为湖海，而漕粮盐课皆害矣。高堰建闸始於万历二十三年，未几全塞。今高堰日坏，方当急议修筑，可轻言开浚乎？”帝是其言，事遂寝。又从御史吴振缨请，修宿、宁上下西北旧堤，以捍归仁。七年二月，建义决口工成，赐督漕尚书杨一鹏、总河尚书刘荣嗣银币。
八年九月，荣嗣得罪。初，荣嗣以骆马湖运道溃淤，创挽河之议，起宿迁至徐州，别凿新河，分黄水注其中，以通漕运。计工二百馀里，金钱五十万。而其所凿邳州上下，悉黄河故道，浚尺许，其下皆沙，挑掘成河，经宿沙落，河坎复平，如此者数四。迨引黄水入其中，波流迅急，沙随水下，率淤浅不可以舟。及漕舟将至，而骆马湖之溃决适平，舟人皆不愿由新河。荣嗣自往督之，欲绳以军法。有入者辄苦淤浅，弁卒多怨。巡漕御史倪於义劾其欺罔误工，南京给事中曹景参复重劾之，逮问，坐赃，父子皆瘐死。郎中胡琏分工独多，亦坐死。其后骆马湖复溃，舟行新河，无不思荣嗣功者。
当是时，河患日棘，而帝又重法惩下，李若星以修浚不力罢官，朱光祚以建义苏嘴决口逮系。六年之中，河臣三易。给事中王家彦尝切言之。光祚亦竟瘐死。而继荣嗣者周鼎修泇利运颇有功，在事五年，竟坐漕舟阻浅，用故决河防例，遣戍烟瘴。给事中沈胤培、刑部侍郎惠世扬、总河侍郎张国维各疏请宽之，乃获宥免云。
十五年，流贼围开封久，守臣谋引黄河灌之。贼侦知，预为备。乘水涨，令其党决河灌城，民尽溺死。总河侍郎张国维方奉诏赴京，奏其状。山东巡抚王永吉上言：“黄河决汴城，直走睢阳，东南注鄢陵、鹿邑，必害亳、泗，侵祖陵，而邳、宿运河必涸。”帝令总河侍郎黄希宪急往捍御，希宪以身居济宁不能摄汴，请特设重臣督理。命工部侍郎周堪赓督修汴河。
十六年二月，堪赓上言：“河之决口有二：一为朱家寨，宽二里许，居河下流，水面宽而水势缓；一为马家口，宽一里馀，居河上流，水势猛，深不可测。两口相距三十里，至汴堤之外，合为一流，决一大口，直冲汴城以去，而河之故道则涸为平地。怒涛千顷，工力难施，必广浚旧渠，远数十里，分杀水势，然后畚锸可措。顾筑浚并举，需夫三万。河北荒旱，兖西兵火，竭力以供，不满万人，河南万死一生之馀，未审能应募否，是不得不借助於抚镇之兵也。”乃敕兵部速议，而令堪赓刻期兴工。至四月，塞朱家寨决口，修堤四百馀丈。马家口工未就，忽冲东岸，诸埽尽漂没。堪赓请停东岸而专事西岸。帝令急竣工。
六月，堪赓言：“马家决口百二十丈，两岸皆筑四之一，中间七十馀丈，水深流急，难以措手，请俟霜降后兴工。”已而言：“五月伏水大涨，故道沙滩壅涸者刷深数丈，河之大势尽归於东，运道已通，陵园无恙。”疏甫上，决口再溃。帝趣鸠工，未奏绩而明亡。