九年春正月乙卯朔，大赦。张重华使王擢与苻健将苻雄战，擢师败绩。丙寅，皇太后与帝同拜建平陵。三月，旱。交州刺史阮敷讨林邑范佛于日南，破其五十余垒。夏四月，以安西将军谢尚为尚书仆射。五月，大疫。张重华复使王擢袭秦州，取之。仇池公杨初为苻雄所败。秋七月丁酉，地震，有声如雷。八月，遣兼太尉、河间王钦修复五陵。冬十月，中军将军殷浩进次山桑，使平北将军姚襄为前锋，襄叛，反击浩，浩弃辎重，退保谯城。丁未，凉州牧张重华卒，子耀灵嗣。是月，张祚弑耀灵而自称凉州牧。十一月，殷浩使部将刘启、王彬之讨姚襄，复为襄所败，襄遂进据芍陂。十二月，加尚书仆射谢尚为都督豫、扬、江西诸军事，领豫州刺史，镇历阳。
十年春正月己酉朔，帝临朝，以五陵未复，悬而不乐。凉州牧张祚僭帝位。冉闵降将周成举兵反，自宛陵袭洛阳。辛酉，河南太守戴施奔鲔渚。丁卯，地震，有声如雷。二月己丑，太尉、征西将军桓温帅师伐关中。废扬州刺史殷浩为庶人，以前会稽内史王述为扬州刺史。夏四月己亥，温及苻健子苌战于蓝田，大败之。五月，江西乞活郭敞等执陈留内史刘仕而叛，京师震骇，以吏部尚书周闵为中军将军，屯于中堂，豫州刺史谢尚自历阳还卫京师。六月，苻健将苻雄悉众及桓温战于白鹿原，王师败绩。秋九月辛酉，桓温粮尽，引还。
十一年春正月甲辰，侍中、汝南王统薨。平羌校尉、仇池公杨初为其部将梁式所害，初子国嗣位，因拜镇北将军、秦州刺史。齐公段龛袭慕容隽将荣国于郎山，败之。夏四月壬申，陨霜。乙酉，地震。姚襄帅众寇外黄，冠军将军高季大破之。五月丁未，地又震。六月，苻健死，其子生嗣伪位。秋七月，宋混、张瓘弑张祚，而立耀灵弟玄靓为大将军、凉州牧，遣使来降。以吏部尚书周闵为尚书左仆射，领军将军王彪之为尚书右仆射。冬十月，进豫州刺史谢尚督并冀幽三州诸军事、镇西将军，镇马头。十二月，慕容恪帅众寇广固。壬戌，上党人冯鸯自称太守，背苻生遣使来降。
十二年春正月丁卯，帝临朝，以皇太后母丧，悬而不乐。镇北将军段龛及慕容恪战于广固，大败之，恪退据安平。二月辛丑，帝讲《孝经》。三月，姚襄入于许昌，以太尉桓温为征讨大都督以讨之。秋八月己亥，桓温及姚襄战于伊水，大败之，襄走平阳，徙其余众三千余家于江汉之间，执周成而归。使扬武将军毛穆之，督护陈午，辅国将军、河南太守戴施镇洛阳。冬十月癸巳朔，日有蚀之。慕容恪攻段龛于广固，使北中郎将荀羡帅师次于琅邪以救之。十一月，遣兼司空、散骑常侍车灌，龙骧将军袁真等持节如洛阳，修五陵。十二月庚戌，以有事于五陵，告于太庙，帝及群臣皆服缌，于太极殿临三日。是岁，仇池公杨国为其从父俊所杀，俊自立。
升平元年春正月壬戌朔，帝加元服，告天太庙，始亲万机。大赦，改元，增文武位一等。皇太后居崇德宫。丁丑，陨石于槐里一。是月，镇北将军、齐公段龛为慕容恪所陷，遇害。扶南竺旃檀献驯象，诏曰：“昔先帝以殊方异兽或为人患，禁之。今及其未至，可令还本土。”三月，帝讲《孝经》。壬申，亲释奠于中堂。夏五月庚午，镇西将军谢尚卒。苻生将苻眉、苻坚击姚襄，战于三原，斩之。六月，苻坚杀苻生而自立。以军司谢奕为使持节、都督、安西将军、豫州刺史。秋七月，苻坚将张平以并州降，遂以为并州刺史。八月丁未，立皇后何氏，大赦，赐孝悌鳏寡米，人五斛，逋租宿债皆勿收，大酺三日。冬十月，皇后见于太庙。十一月，雷。十二月，以太常王彪之为尚书左仆射。
二年春正月，司徒、会稽王昱稽首归政，帝不许。三月，慕容隽陷冀州诸郡，诏安西将军谢奕、北中郎将荀羡北伐。三月，佽飞督王饶献鸩鸟，帝怒，鞭之二百，使殿中御史焚其鸟于四达之衢。夏五月，大水。有星孛于天船。六月，并州刺史张平为苻坚所逼，帅众三千奔于平阳，坚追败之。慕容恪进据上党，冠军将军冯鸯以众叛归慕容隽，隽尽陷河北之地。秋八月，安西将军谢奕卒。壬申，以吴兴太守谢万为西中郎将、持节、监司豫冀并四州诸军事、豫州刺史。以散骑常侍郗昙为北中郎将、持节、都督徐兖青冀幽五州诸军事、徐兖二州刺史，镇下邳。冬十月乙丑，陈留王曹劢薨。十一月庚子，雷。辛酉，地震。十二月，北中郎将荀羡及慕容隽战于山荏，王师败绩。
三年春三月甲辰，诏以比年出军，粮运不继，王公已下十三户借一人一年助运。秋七月，平北将军高昌为慕容隽所逼，自白马奔于荥阳。冬十月慕容隽寇东阿，遣西中郎将谢万次下蔡，北中郎将郗昙次高平以击之，王师败绩。十一月戊子，进扬州刺史王述为卫将军。十二月，又以中军将军、琅邪王丕为骠骑将军，东海王奕为车骑将军。封武陵王晞子?逢为梁王。交州刺史温放之帅兵讨林邑参黎、耽潦，并降之。
四年春正月，仇池公杨俊卒，子世嗣。丙戌，慕容隽死，子?嗣伪位。二月，凤皇将九雏见于丰城。秋七月，以军役繁兴，省用撤膳。八月辛丑朔，日有蚀之，既。冬十月，天狗流于西南。十一月，封太尉桓温为南郡公，温弟冲为丰城县公，子济为临贺郡公。凤皇复见丰城，众鸟随之。
五年春正月戊戌，大赦，赐鳏寡孤独不能自存者，人米五斛。北中郎将、都督徐兖青冀幽五州诸军事、徐兖二州刺史郗昙卒。二月，以镇军将军范汪为都督徐兖青冀幽五州诸军事、安北将军、徐兖二州刺史。平南将军、广州刺史、阳夏侯滕含卒。夏四月，大水。太尉桓温镇宛，使其弟豁将兵取许昌。凤皇见于沔北。
五月丁巳，帝崩于显阳殿，时年十九。葬永平陵，庙号孝宗。
哀皇帝讳丕，字千龄，成帝长子也。咸康八年，封为琅邪王。永和元年拜散骑常侍，十二年加中军将军，升平三年除骠骑将军。五年五月丁巳，穆帝崩。皇太后令曰：“帝奄不救疾，胤嗣未建。琅邪王丕，中兴正统，明德懋亲。昔在咸康，属当储贰。以年在幼冲，未堪国难，故显宗高让。今义望情地，莫与为比，其以王奉大统。”于是百官备法驾，迎于琅邪第。庚申，即皇帝位，大赦。壬戌，诏曰：“朕获承明命，入纂大统。顾惟先王宗庙，蒸尝无主，太妃丧庭，廓然靡寄，悲痛感摧，五内抽割。宗国之尊，情礼兼隆，胤嗣之重，义无与二。东海王奕，戚属亲近，宜奉本统，其以奕为琅邪王。”秋七月戊午，葬穆皇帝于永平陵。慕容恪攻陷野王，守将吕护退保荥阳。八月己卯夜，天裂，广数丈，有声如雷。九月戊申，立皇后王氏。穆帝皇后何氏称永安宫。吕护叛奔于莫容?。冬十月，安北将军范汪有罪废为庶人。十一月丙辰，诏曰：“显宗成皇帝顾命，以时事多艰，弘高世之风，树德博重，以隆社稷。而国故不巳，康穆早世，胤祚不融。朕以寡德，复承先绪，感惟永慕，悲育兼摧。夫昭穆之义，固宜本之天属。继体承基，古今常道。宜上嗣显宗，以修本统。”十二月，加凉州刺史张玄靓为大都督陇右诸军事、护羌校尉、西平公。