寻与毛伯温定计，抚定安南，再进右都御史。平思恩九土司及琼州黎，进兵部尚书。副使张瑶等讨马平瑶屡败，帝罪瑶等而宥经。给事中周怡劾经，经乞罢，不允。以忧归。服阕，起三边总督。给事中刘起宗言经在两广克饷银，寝前命。
三十二年起南京户部尚书，就改兵部。明年五月，朝议以倭寇猖獗，设总督大臣。命经解部务，总督江南、江北、浙江、山东、福建、湖广诸军，便宜行事。经征两广狼土兵听用。其年十一月，用兵科言改经右都御史兼兵部右侍郎，专办讨贼。倭二万馀据柘林川沙洼，其党方踵至。经日选将练兵，为捣巢计。以江、浙、山东兵屡败，欲俟狼土兵至用之。明年三月，田州瓦氏兵先至，欲速战，经不可。东兰诸兵继至。经以瓦氏兵隶总兵官俞大猷，以东兰、那地、南丹兵隶游击邹继芳，以归顺及思恩、东莞兵隶参将汤克宽，分屯金山卫、闵港、乍浦，掎贼三面，以待永顺、保靖兵之集。会侍郎赵文华以祭海至，与浙江巡按胡宗宪比，屡趋经进兵。经曰：“贼狡且众，待永、保兵至夹攻，庶万全。”文华再三言，经守便宜不听。文华密疏经糜饷殃民，畏贼失机，欲俟倭饱飏，剿余寇报功，宜亟治，以纾东南大祸。帝问严嵩，嵩对如文华指，且谓苏、松人怨经。帝怒，即下诏逮经。三十四年五月也。
方文华拜疏，永、保兵已至，其日即有石塘湾之捷。至五月朔，倭突嘉兴，经遣参将卢镗督保靖兵援，以大猷督永顺兵由泖湖趋平望，以克宽引舟师由中路击之，合战于王江泾，斩贼首一千九百余级，焚溺死者甚众。自军兴来称战功第一。给事中李用敬、阎望云等言：“王师大捷，倭夺气，不宜易帅。”帝大怒曰：“经欺诞不忠，闻文华劾，方一战。用敬等党奸。杖于廷，人五十，斥为民。”已而帝疑之，以问嵩。嵩言：“徐阶、李本江、浙人，皆言经养寇不战。文华、宗宪合谋进剿，经冒以为功。”因极言二人忠。帝深入其言。经既至，备言进兵始末，且言：“任总督半载，前后俘斩五千，乞赐原宥。”帝终不纳，论死系狱。其年十月，与巡抚李天宠俱斩。天下冤之。
天宠，孟津人。由御史迁徐州兵备副使，却倭通州、如皋。三十三年六月擢右佥都御史，代王忬巡抚浙江。倭掠绍兴，歼焉，赉银币。顷之，贼犯嘉善，围嘉兴，劫秀水、归安，副使陈宗夔战不利，百户赖荣华中炮死，嘉善知县邓植弃城走。入城大掠。贼复陷崇德，攻德清，杀裨将梁鄂等。文华谤天宠嗜酒废事，帝遂除天宠名，而擢宗宪以代。未几，御史弃恩以倭躏北新关，劾天宠，宗宪亦言其纵寇。帝怒，逮下狱，遂与经同日死。
代经者应城周珫、衡水杨宜。节制不行，狼土兵肆焚掠。东南民既苦倭，复苦兵矣。隆庆初，复经官，谥襄愍。
珫为户科给事中，坐谏世宗南幸，谪镇远典史。累官右佥都御史，巡抚苏、松诸府。疏陈御倭有十难，有三策。经既得祸，即擢珫兵部右侍郎代之，无所展。会宗宪已代天宠，因欲夺珫位。文华遂劾珫，荐宗宪。帝为夺珫俸，寻勒为民。珫在官仅三十有四日，而杨宜代。
宜抚河南，平剧贼师尚诏。迁南京户部右侍郎，未几代珫。时倭势犹盛。宜为总督，而文华督察军务，威出宜上。易置文武大吏，惟其爱憎。宜惩经、天宠祸，曲意奉之。文华视之蔑如也。倭据陶宅，官军久无功，文华遂劾宜。宜以狼兵徒剽掠不可用，请募江、浙义勇，山东箭手，益调江、浙、福建、湖广漕卒，河南毛兵。比客兵大集，宜不能驭。川兵与山东兵私斗，几杀参将。酉阳兵溃于高桥，夺舟径归苏州。明年正月，文华还朝，请罢宜，以宗宪代。会御史邵惟中上失事状，遂夺宜职闲住。宜在事仅逾半岁，以谄事文华，故得祸轻。
倭之躏苏、松也，起嘉靖三十二年，讫三十九年，其间为巡抚者十人。安福彭黯，迁南京工部尚书。畏贼，不俟代去，下狱除名。黄冈方任、上虞陈洙皆未抵任。任丁忧，洙以才不足任别用。而代以鄞人屠大山，使提督军务。苏、松巡抚之兼督军务，自大山始。阅半岁，以疾免。寻坐失事下诏狱，为民。继之者珫。继珫者曹邦辅。以文华谮，下诏狱，谪戍。次眉州张景贤，以考察夺职。次盩厔赵忻，坐金山军变，下狱贬官。次江陵陈锭，数月罢去。次翁大立。当大立时，倭患已息，而坐恶少年鼓噪为乱，竟罢职。无一不得罪去者。
胡宗宪，字汝贞，绩溪人。嘉靖十七年进士。历知益都、余姚二县。擢御史，巡按宣、大。诏徙大同左卫军于阳和、独石，卒聚而哗。宗宪单骑慰谕，许勿徙，乃定。