三十三年，出按浙江。时歙人汪直据五岛煽诸倭入寇，而徐海、陈东、麻叶等巢柘林、乍浦、川沙洼，日扰郡邑。帝命张经为总督，李天宠抚浙江，又命侍郎赵文华督察军务。文华恃严嵩内援，恣甚。经、天宠不附也，独宗宪附之。文华大悦，因相与力排二人。倭寇嘉兴，守宪中以毒酒，死数百人。及经破王江泾，宗宪与有力。文华尽掩经功归宗宪，经遂得罪。寻又陷天宠，即超擢宗宪右佥都御史代之。时柘林诸倭移屯陶宅，势稍杀。会苏、松巡抚曹邦辅歼倭浒墅，文华欲攘功不得，大恨，遂进剿陶宅残寇。宗宪与共，将锐卒四千，营砖桥，约邦辅夹击。倭殊死战，宗宪兵死者千余。文华令副使刘焘攻之，复大败。而倭犯浙东诸州县，杀文武吏甚众。宗宪乃与文华定招抚计。文华还朝，盛毁总督杨宜，而荐宗宪，遂以为兵部右侍郎代宜。
初，宗宪令客蒋洲、陈可愿谕日本国王，遇汪直养子滶于五岛，邀使见直。直初诱倭入犯，倭大获利，各岛由此日至。既而多杀伤，有全岛无一归者，死者家怨直。直乃与滶及叶碧川、王清溪、谢和等据五岛自保。岛人呼为老船主。宗宪与直同乡里，欲招致之，释直母妻于金华狱，资给甚厚。洲等谕宗宪指。直心动，又知母妻无恙，大喜曰：“俞大猷绝我归路，故至此。若贷罪许市，吾亦欲归耳。但日本国王已死，各岛不相摄，须次第谕之。”因留洲而遣滶等护可愿归。宗宪厚遇滶，令立功。滶遂破倭舟山，再破之列表。宗宪请于朝，赐滶等金币，纵之归。滶大喜，以徐海入犯来告。亡何，海果引大隅、萨摩二岛倭分掠瓜洲、上海、慈溪，自引万余人攻乍浦，陈东、麻叶与俱。宗宪壁塘栖，与巡抚阮鹗相犄角。会海趋皂林，鹗遣游击宗礼击海于崇德三里桥，三战三捷。既而败死，鹗走桐乡。
礼，常熟人，由世千户历署都督佥事。骁健敢战。练卒三千连破倭，至是败殁。赠都督同知，谥忠壮，赐祠皂林。
鹗既入桐乡，贼乘胜围之。宗宪计曰：“与鹗俱陷无益也。”遂还杭州，遣指挥夏正等持滶书要海降。海惊曰：“老船主亦降乎？”时海病创，意颇动，因曰：“兵三路进，不由我一人也。”正曰：“陈东已他有约，所虑独公耳。”海遂疑东。而东知海营有宗宪使者，大惊，由是有隙。正乘间说下海。海遣使来谢，索财物，宗宪报如其请。海乃归俘二百人，解桐乡围。东留攻一日，亦去，复巢乍浦。鹗知不能当海，乃东渡钱塘御他贼。
初，海入犯，焚其舟，示士卒无还心。至是，宗宪使人语海曰：“若已内附，而吴淞江方有贼，何不击之以立功？且掠其舸，为缓急计。”海以为然，逆击之朱泾，斩三十余级。宗宪令大猷潜焚其舟。海心怖，以弟洪来质，献所戴飞鱼冠、坚甲、名剑及他玩好。宗宪因厚遇洪，谕海缚陈东、麻叶，许以世爵。海果缚叶以献。宗宪解其缚，令以书致东图海，而阴泄其书于海。海怒。海妾受宗宪赂，亦说海。于是海复以计缚东来献，帅其众五百人去乍浦，别营梁庄。官军焚乍浦巢，斩首三百余级，焚溺死称是。海遂刻日请降，先期猝至，留甲士平湖城外，率酋长百余，胄而入。文华等惧，欲勿许，宗宪强许之。海叩首伏罪，宗宪摩海顶，慰谕之。海自择沈庄屯其众。沈庄者东西各一，以河为堑。宗宪居海东庄，以西庄处东党。令东致书其党曰：“督府檄海，夕擒若属矣。”东党惧，乘夜将攻海。海挟两妾走，间道中槊。明日，官军围之，海投水死。会卢镗亦擒辛五郎至。辛五郎者，大隅岛主弟也。遂俘洪、东、叶、五郎及海首献京师。帝大悦，行告庙礼，加宗宪右都御史，赐金币加等。海余党奔舟山。宗宪令俞大猷雪夜焚其栅，尽死。两浙倭渐平。
三十六年正月，阮鹗改抚福建，即命宗宪兼浙江巡抚事。蒋洲在倭中，谕山口、丰后二岛主源义长、源义镇还被掠人口，具方物入贡。宗宪以闻。诏厚赉其使，遣还。至十月，复遣夷目善妙等随汪直来市，至岑港泊焉。浙人闻直以倭船至，大惊。巡按御史王本固亦言不便，朝臣谓宗宪且酿东南大祸。直遣滶诣宗宪曰：“我等奉诏来，将息兵安境。谓宜使者远迎，宴犒交至。今盛陈军容，禁舟楫往来，公绐我耶？”宗宪解谕至再，直不信。乃令其子以书招之，直曰：“儿何愚也。汝父在，厚汝。父来，阖门死矣。”因要一贵官为质。宗宪立遣夏正偕滶往。宗宪尝预为赦直疏，引滶入卧内，阴窥之。滶语直，疑稍解，乃偕碧川、清溪入谒。宗宪慰藉之甚至，令至杭见本固。本固下直等于狱。宗宪疏请曲贷直死，俾戍海上，系番夷心。本固争之强，而外议疑宗宪纳贼赂。宗宪惧，易词以闻。直论死，碧川、清溪戍边。滶与谢和遂支解夏正，栅舟山，阻岑港而守。官军四面围之，贼死斗，多陷殁者。