初，帝所幸中官张诚见恶冯保，斥于外，帝使密诇保及居正。至是，诚复入，悉以两人交结恣横状闻，且谓其宝藏逾天府。帝心动。左右亦浸言保过恶，而四维门人御史李植极论徐爵与保挟诈通奸诸罪。帝执保禁中，逮爵诏狱。谪保奉御居南京，尽籍其家金银珠宝巨万计。帝疑居正多蓄，益心艳之。言官劾篆、省吾，并劾居正，篆、省吾俱得罪。新进者益务攻居正。诏夺上柱国、太师，再夺谥。居正诸所引用者，斥削殆尽。召还中行、用贤等，迁官有差。刘台赠官，还其产。御史羊可立复追论居正罪，指居正构辽庶人宪节狱。庶人妃因上疏辩冤，且曰：“庶人金宝万计，悉入居正。”帝命司礼张诚及侍郎丘橓偕锦衣指挥、给事中籍居正家。诚等将至，荆州守令先期录人口，锢其门，子女多遁避空室中。比门启，饿死者十余辈。诚等尽发其诸子兄弟藏，得黄金万两，白金十余万两。其长子礼部主事敬修不胜刑，自诬服寄三十万金于省吾、篆及傅作舟等，寻自缢死。事闻，时行等与六卿大臣合疏，请少缓之；刑部尚书潘季驯疏尤激楚。诏留空宅一所、田十顷，赡其母。而御史丁此吕复追论科场事，谓高启愚以舜、禹命题，为居正策禅受。尚书杨巍等与相驳。此吕出外，启愚削籍。后言者复攻居正不已。诏尽削居正官秩，夺前所赐玺书、四代诰命，以罪状示天下，谓当剖棺戮死而姑免之。其弟都指挥居易、子编修嗣修，俱发戍烟瘴地。
终万历世，无敢白居正者。熹宗时，廷臣稍稍追述之。而邹元标为都御史，亦称居正。诏复故官，予葬祭。崇祯三年，礼部侍郎罗喻义等讼居正冤。帝令部议，复二荫及诰命。十三年，敬修孙同敞请复武荫，并复敬修官。帝授同敞中书舍人，而下部议敬修事。尚书李日宣等言：“故辅居正，受遗辅政，事皇祖者十年，肩劳任怨，举废饬弛，弼成万历初年之治。其时中外乂安，海内殷阜，纪纲法度，莫不修明。功在社稷，日久论定，人益追思。”帝可其奏，复敬修官。
同敞负志节，感帝恩，益自奋。十五年，奉敕慰问湖广诸王，因令调兵云南。未复命，两京相继失，走诣福建。唐王亦念居正功，复其锦衣世荫，授同敞指挥佥事。寻奉使湖南。闻汀州破，依何腾蛟于武冈。永明王用廷臣荐，改授同敞侍读学士。为总兵官刘承胤所恶，言翰林、吏部、督学必用甲科，乃改同敞尚宝卿。以大学士瞿式耜荐，擢兵部右侍郎兼翰林侍读学士，总督诸路军务。
同敞有文武材，意气慷慨。每出师，辄跃马为诸将先。或败奔，同敞危坐不去，诸将复还战，或取胜。军中以是服同敞。大将王永祚等久围永州，大兵赴救，胡一青率众迎敌，战败。同敞驰至全州，檄杨国栋兵策应，乃解去。顺治七年，大兵破严关，诸将尽弃桂林走。城中虚无人，独式耜端坐府中。适同敞自灵川至，见式耜。式耜曰：“我为留守，当死此。子无城守责，盍去诸？”同敞正色曰：“昔人耻独为君子，公顾不许同敞共死乎？”式耜喜，取酒与饮，明烛达旦。侵晨被执，谕之降，不从。令为僧，亦不从。乃幽之民舍。虽异室，声息相闻，两人日赋诗倡和。阅四十余日，整衣冠就刃，颜色不变。既死，同敞尸植立，首坠跃而前者三，人皆辟易。
而居正第五子允修，字建初，荫尚宝丞。崇祯十七年正月，张献忠掠荆州，允修题诗于壁，不食而死。
赞曰：徐阶以恭勤结主知，器量深沉。虽任智数，要为不失其正。高拱才略自许，负气凌人。及为冯保所逐，柴车即路。倾辄相寻，有自来已。张居正通识时变，勇于任事。神宗初政，起衰振隳，不可谓非干济才。而威柄之操，几于震主，卒致祸发身后。《书》曰“臣罔以宠利居成功”，可弗戒哉！