帝得疏，大怒，抵之地，顾左右曰：“趣执之，无使得遁！”宦官黄锦在侧曰：“此人素有痴名。闻其上疏时，自知触忤当死，市一棺，诀妻子，待罪于朝，僮仆亦奔散无留者，是不遁也。”帝默然。少顷复取读之，日再三，为感动太息，留中者数月。尝曰：“此人可方比干，第朕非纣耳。”会帝有疾，烦懑不乐，召阁臣徐阶议内禅，因曰：“海瑞言俱是。朕今病久，安能视事。”又曰：“朕不自谨惜，致此疾困。使朕能出御便殿，岂受此人诟詈耶？”遂逮瑞下诏狱，究主使者。寻移刑部，论死。狱上，仍留中。户部司务何以尚者，揣帝无杀瑞意，疏请释之。帝怒，命锦衣卫杖之百，锢诏狱，昼夜搒讯。越二月，帝崩，穆宗立，两人并获释。
帝初崩，外庭多未知。提牢主事闻状，以瑞且见用，设酒馔款之。瑞自疑当赴西市，恣饮啖，不顾。主事因附耳语：“宫车适晏驾，先生今即出大用矣。”瑞曰：“信然乎？”即大恸，尽呕出所饮食，陨绝于地，终夜哭不绝声。既释，复故官。俄改兵部。擢尚宝丞，调大理。
隆庆元年，徐阶为御史刘康所劾，瑞言：“阶事先帝，无能救于神仙土木之误，畏威保位，诚亦有之。然自执政以来，忧勤国事，休休有容，有足多者。康乃甘心鹰犬，捕噬善类，其罪又浮于高拱。”人韪其言。
历两京左、右通政。三年夏，以右佥都御史巡抚应天十府。属吏惮其威，墨者多自免去。有势家朱丹其门，闻瑞至，黝之。中人监织造者，为减舆从。瑞锐意兴革，请浚吴淞、白茆，通流入海，民赖其利。素疾大户兼并，力摧豪强，抚穷弱。贫民田入于富室者，率夺还之。徐阶罢相里居，按问其家无少贷。下令飚发凌厉，所司惴惴奉行，豪有力者至窜他郡以避。而奸民多乘机告讦，故家大姓时有被诬负屈者。又裁节邮传冗费。士大夫出其境率不得供顿，由是怨颇兴。都给事中舒化论瑞，滞不达政体，宜以南京清秩处之，帝犹优诏奖瑞。已而给事中戴凤翔劾瑞庇奸民，鱼肉搢绅，沽名乱政，遂改督南京粮储。瑞抚吴甫半岁。小民闻当去，号泣载道，家绘像祀之。将履新任，会高拱掌吏部，素衔瑞，并其职于南京户部，瑞遂谢病归。
万历初，张居正当国，亦不乐瑞，令巡按御史廉察之。御史至山中视，瑞设鸡黍相对食，居舍萧然，御史叹息去。居正惮瑞峭直，中外交荐，卒不召。十二年冬，居正已卒，吏部拟用左通政。帝雅重瑞名，畀以前职。明年正月，召为南京右佥都御史，道改南京吏部右侍郎，瑞年已七十二矣。疏言衰老垂死，愿比古人尸谏之义，大略谓：“陛下励精图治，而治化不臻者，贪吏之刑轻也。诸臣莫能言其故，反借待士有礼之说，交口而文其非。夫待士有礼，而民则何辜哉？”因举太祖法剥皮囊草及洪武三十年定律枉法八十贯论绞，谓今当用此惩贪。其他规切时政，语极剀切。独劝帝虐刑，时议以为非。御史梅鹍祚劾之。帝虽以瑞言为过，然察其忠诚，为夺鹍祚俸。
帝屡欲召用瑞，执政阴沮之，乃以为南京右都御史。诸司素偷惰，瑞以身矫之。有御史偶陈戏乐，欲遵太祖法予之杖。百司惴恐，多患苦之。提学御史房寰恐见纠擿，欲先发，给事中钟宇淳复怂恿，寰再上疏丑诋。瑞亦屡疏乞休，慰留不允。十五年，卒官。
瑞无子。卒时，佥都御史王用汲入视，葛帏敝籝，有寒士所不堪者。因泣下，醵金为敛。小民罢市。丧出江上，白衣冠送者夹岸，酹而哭者百里不绝。赠太子太保，谥忠介。
瑞生平为学，以刚为主，因自号刚峰，天下称刚峰先生。尝言：“欲天下治安，必行井田。不得已而限田，又不得已而均税，尚可存古人遗意。”故自为县以至巡抚，所至力行清丈，颁一条鞭法。意主于利民，而行事不能无偏云。
始救瑞者何以尚，广西兴业人，起家乡举。出狱，擢光禄丞。又以劾高拱坐谪。拱罢，起雷州推官，终南京鸿胪卿。
丘橓，字茂实，诸城人。嘉靖二十九年进士。由行人擢刑科给事中。三十四年七月，倭六七十人失道流劫，自太平直逼南京。兵部尚书张时彻等闭城不敢出，阅二日引去。给事御史劾时彻及守备诸臣罪，时彻亦上其事，词多隐护。橓劾其欺罔，时彻及侍郎陈洙皆罢。帝久不视朝，严嵩专国柄。橓言权臣不宜独任，朝纲不宜久弛，严嵩深憾之。已，劾嵩党宁夏巡抚谢淮、应天府尹孟淮贪黩，谢淮坐免。是年，嵩败，舜劾由嵩进者顺天巡抚徐绅等五人，帝为黜其三。迁兵科都给事中。劾南京兵部尚书李遂、镇守两广平江伯陈王谟、锦衣指挥魏大经咸以贿进，大经下吏，王谟革任。已，又劾罢浙江总兵官卢镗。寇犯通州，总督杨选被逮。及寇退，橓偕其僚陈善后事宜，指切边弊。帝以橓不早劾选，杖六十，斥为民，余谪边方杂职。橓归，敝衣一箧，图书一束而已。隆庆初，起任礼科，不至。寻擢南京太常少卿，进大理少卿。病免。神宗立，言官交荐。张居正恶之，不召。