都督陈汝忠掠讯尚文，遂发卒围正域舟于杨村，尽捕媪婢及佣书者男女十五人，与生光杂治，终无所得。汝忠以锦衣告身诱尚文曰：“能告贼，即得之。”令引令誉，且以乳媪龚氏十岁女为徵。比会讯，东厂太监陈矩诘女曰：“汝见妖书版有几？”曰：“盈屋。”矩笑曰：“妖书仅二三纸，版顾盈屋邪？”诘尚文曰：“令誉语汝刊书何日？”尚文曰：“十一月十六日。”戎政尚书王世扬曰；“妖书以初十日获，而十六日又刊，将有两妖书邪？”拷生光妻妾及十岁儿，以针刺指爪，必欲引正域，皆不应。生光仰视梦皋、丕扬，大骂曰：“死则死耳，奈何教我迎相公指，妄引郭侍郎乎？”都御史温纯等力持之，事渐解，然犹不能具狱。
光宗在东宫，数语近侍曰：“何为欲杀我好讲官？”诸人闻之皆惧。詹事唐文献偕其僚杨道宾等诣一贯争之，李廷机亦力为之地，狱益解。刑部尚书萧大亨具爰书，犹欲坐正域。郎中王述古抵稿于地，大亨乃止。遂坐生光极刑，释诸波及者，而正域获免。方狱急时，逻卒围鲤舍及正域舟，铃柝达旦。又声言正域且逮，迫使自裁。正域曰：“大臣有罪，当伏尸都市，安能自屏野外？”既而幸无事，乃归。归三年，巡按御史史学迁勘上楚王所讦事，无状。给事顾士琦因请召还正域，不报。
正域博通载籍，勇于任事，有经济大略，自守介然，故人望归之。扼于权相，遂不复起，家居十年卒。后四年，赠礼部尚书。光宗遗诏，加恩旧学，赠太子少保，谥文毅，官其子中书舍人。
赞曰：海瑞秉刚劲之性，戆直自遂，盖可希风汉汲黯、宋包拯。苦节自厉，诚为人所难能。丘橓、吕坤，虽非瑞匹，而指陈时政，炳炳凿凿，鲠亮有足称者。郭正域持楚狱，与执政异趣，险难忽发，慬而后免，危矣哉！以妖书事与坤相首尾，故并著焉。