明年，广宁失。廷臣多庇王化贞，欲甚熊廷弼罪。宗建不平，为剖两人罪案，颇右廷弼，诸庇化贞者乃深疾宗建。京师久旱，五月雨雹。宗建谓阴盛阳衰之征，历陈四事：一专讥大学士沈纮；一请宽建言废黜诸臣；一言廷弼已有定案，不当因此罗织朝士，阴刺兵部尚书张鹤鸣、给事中郭巩；一则专攻魏进忠，略言：“近日政事，外廷啧啧，咸谓奥｛穴交｝之中，莫可测识，谕旨之下，有物凭焉。如魏进忠者，目不识一丁，而陛下假之嚬笑，日与相亲。一切用人行政，堕于其说，东西易向而不知，邪正颠倒而不觉。况内廷之借端，与外廷之投合，互相扶同。离间之渐将起于蝇营，谗构之衅必生于长舌。其为隐祸，可胜言哉！”进忠者，魏忠贤故名也。时方结客氏为对食，廷臣多阴附之，其势渐炽，见宗建疏，衔次骨，未发也。邹元标建首善书院，宗建实司其事。元标罢，宗建乞与俱罢，不从。巡视光禄，与给事中罗尚忠力剔奸弊，节省为多。寻请核上供器物，中官怒，取旨诘责。宗建等再疏力持，中人滋不悦。
给事中郭巩者，先以劾廷弼被谪。廷弼败，复官，遂深结进忠。知进忠最恶宗建，乃疏诋廷弼，因诋朝廷之荐廷弼者，而宗建与焉。其锋锐甚，南京御史涂世业和之，诋宗建误廷弼，且误封疆。宗建愤，疏驳世业，语侵巩，抉其结纳忠贤事。巩亦愤，上疏数千言，诋宗建益力，并及刘一燝、邹元标、周嘉谟、杨涟、周朝瑞、毛士龙、方震孺、江秉谦、熊德阳辈数十人，悉指为廷弼逆党。宗建益愤，抗疏力驳其谬，且曰：“李维翰、杨镐、袁应泰、王化贞，皆坏封疆之人也；亓诗教力主催战，赵兴邦贿卖边臣，皆误封疆之人也；其他荐维翰、荐镐、荐应泰、化贞者，亦误封疆之人也。巩胡不一击之，而独苛求廷弼，且诋荐廷弼者为逆党哉？”当是时，忠贤势益盛。宗建虑内外合谋，其祸将大，三年二月遂抗疏直攻忠贤，略言：
臣于去岁指名劾奏，进忠无一日忘臣。于是乘私人郭巩入都，嗾以倾臣，并倾诸异己者。巩乃创为“新幽大幽”之说，把持察典，编廷臣数十人姓名为一册，思一网中之。又为匿名书，罗织五十余人，投之道左，给事中则刘弘化为首，次及周朝瑞、熊德阳辈若而人，御史则方震孺为首，次及江秉谦辈若而人，而臣亦其中一人也。既欲罗诸臣，以快报复之私，更欲独中臣，以释进忠之恨。是察典不出于朝廷，乃巩及进忠之察典也。幸直道在人，巩说不行，始别借廷弼，欲一阱陷之。
巩又因臣论及王安，笑臣有何瓜葛。陛下亦知安之所以死乎？身首异处，肉饱乌鸢，骨投黄犬，古今未有之惨也。巩即心昵进忠，何至背公灭理，且牵连刘一燝、周嘉谟、杨涟、毛士龙辈，谓尽安党。请陛下穷究安死果出何人倾害，则此事即进忠一大罪案。巩之媚进忠，即此可为证据矣。
先朝汪直、刘瑾，虽皆枭獍，幸言路清明，臣僚隔绝，故非久即败。今权珰报复，反借言官以伸；言官声势，反借权珰以重。数月以来，熊德阳、江秉谦、侯震旸、王纪、满朝荐斥矣，邹元标、冯从吾罢矣，文震孟、郑鄤逐矣，近且扼孙慎行、盛以弘，而绝其揆路。摘瓜抱蔓，正人重足。举朝各爱一死，无敢明犯其锋者。臣若尚顾微躯，不为入告，将内有进忠为之指挥，旁有客氏为之羽翼，外有刘朝辈为典兵示威，而又有巩辈蚁附蝇集，内外交通，驱除善类，天下事尚忍言哉！疏入，进忠益怒。率刘朝等环泣帝前，乞自髡以激帝怒。乃令宗建陈交通实状，将加重谴，宗建回奏益侃直。进忠议廷杖之，阁臣力争，乃止，夺俸。
会给事中刘弘化、御史方大任等交章助宗建攻进忠、巩，巩复力诋诸人。诏下诸疏平议，廷臣为两解之。乃严旨切责，夺巩、宗建俸三月。是时，刘朝典内操，遂谋行边。廷臣微闻之，莫敢言。宗建曰：“巩自谓未尝通内，今诚能出片纸遏朝，吾请为洗交结之名。”巩噤不敢发。宗建乃抗疏极谏，历陈三不可、九害。会朝与进忠有隙，事亦中寝。其冬出按湖广，以忧归。
五年三月，大学士冯铨衔御史张慎言尝论己，属其门生曹钦程诬劾，而以宗建为首，并及李应升、黄尊素。忠贤遂矫诏削籍，下抚按追赃。明年以所司具狱缓，遣缇骑逮治。俄入之李实疏中，下诏狱毒讯。许显纯厉声骂曰：“复能詈魏上公一丁不识乎！”竟坐纳廷弼贿万三千，毙之狱。
宗建既死，征赃益急。其所亲副使蒋英代之输，亦坐削籍。忠贤败，诏赠宗建太仆寺卿，官其一子。福王时，追谥忠毅。