是时，东林盈朝，自以乡里分朋党。江西章允儒、陈良训与大中有隙，而大中欲驳尚书南师仲恤典，秦人亦多不悦。尊素急言于大中，止之。最后，山西尹同皋、潘云翼欲用其座主郭尚友为山西巡抚，大中以尚友数问遗朝贵，执不可。尊素引杜征南数遗洛中贵要为言，大中卒不可，议用谢应祥，难端遂作。
汪文言初下狱，忠贤即欲罗织诸人。已，知为尊素所解，恨甚。其党亦以尊素多智虑，欲杀之。会吴中讹言尊素欲效杨一清诛刘瑾，用李实为张永，授以秘计。忠贤大惧，遣刺事者至吴中凡四辈。侍郎乌程沈演家居，奏记忠贤曰：“事有迹矣。”于是日遣使谯诃实，取其空印白疏，入尊素等七人姓名，遂被逮。使者至苏州，适城中击杀逮周顺昌旗尉，其城外人并击逮尊素者。逮者失驾帖，不敢至。尊素闻，即囚服诣吏，自投诏狱。许显纯、崔应元搒掠备至，勒赃二千八百，五日一追比。已，知狱卒将害己，叩首谢君父，赋诗一章，遂死，时六年闰六月朔日也，年四十三。崇祯初，赠太仆卿，任一子。福王时，追谥忠端。
李应升，字仲达，江阴人。万历四十四年进士。授南康推官。出无辜十九人于死，置大猾数人重辟。士民服其公廉，为之谣曰：“前林后李，清和无比。”林谓晋江林学曾，卒官南京户部侍郎，以清慎著称者也。九江、南康间有柯、陈二大族，相传陈友谅苗裔，负固强梗，尝拒捕，有司议兵之。应升单骑往谕，皆叩头听命，出所匿罪人，一方以定。
天启二年，征授御史，谒假归。明年秋，还朝。时天子暗弱，庶政怠弛。应升上疏曰：“方今辽土沦没，黔、蜀用兵，红夷之焰未息，西部之赏日增；逃兵肆掠于畿辅，穷民待尽于催科。逗遛习惯，大将畏敌而不敢前；法纪陵夷，骄兵鼓噪而弗能问。在在增官，日日会议；覆疏衍为故套，严旨等若空言。陛下不先振竦精神，发皇志气，群臣孰肯任怨以破情面之世界者？祖宗有早午晚三朝，犹时御便殿咨访时政。愿俯纳臣言，奋然力行，天下事尚可为也。”报闻。
顷之，复陈时政，略曰：“今天下敝坏极矣，在君臣奋兴而力图之。陛下振纪纲，则片纸若霆；大臣捐私曲，则千里运掌；台谏任纠弹，则百司饮冰。今动议增官，为人营窟，纷纭迁徙，名实乖张。自登、莱增巡抚，而侵冒百余万；增招练监军，而侵冒又十余万。边关内地，将领如蚁，剥军侵饟，又不知几十万。增置总督，何补塞垣；增置京堂，何裨政事。枢贰添注矣，孰慷慨以行边；司空添注矣，孰拮据以储备；大将添注矣，只工媒孽而纵逋逃；礼、兵司属添注二三十人矣，谁储边才而精典礼。滥开边俸，捷径燃灰，则吏治日坏；白衣攘臂，邪人入幕，则奸弁充斥。臣请断自圣心，一切报罢。”又言：“今事下部曹，十九寝阁，宜重申国典，明正将领之罪。锦衣旗尉，半归权要，宜遣官巡视，如京营之制。卫官袭职，比试不严，宜申明旧章，无使幸进将校蚕食。逃军不招，私募乞儿，半分其饟，宜力为创惩。穷民敲扑，号哭满庭，奸吏侵渔，福堂安坐，宜严其法制。”时不能用。俄劾南京都御史王永光庇部郎范得志，颠倒公论，永光寻自引去。
四年正月，疏陈外番、内盗及小人三患，讥切近习，魏忠贤恶之。已，复疏陈民隐，言有十害宜急除，五反宜急去，帝为戒饬所司。京师一日地三震，疏请保护圣躬，速停内操。忠贤领东厂，好用立枷，有重三百斤者，不数日即死，先后死者六七十人。应升极言宜罢，忠贤大恨。应升知忠贤必祸国，密草疏列其十六罪，将上，为兄所知，攘其疏毁之，怏怏而止。
杨涟劾忠贤，得严旨，应升愤，即抗疏继之。中言：“从来奄人之祸，其始莫不有小忠小信以固结主心，根株既深，毒手乃肆。今陛下明知其罪，曲赐包容。彼缓则图自全之计，急则作走险之谋。萧墙之间，能无隐祸？故忠贤一日不去，则陛下一日不安。臣为陛下计，莫如听忠贤引退，以全其命；为忠贤计，亦莫若早自引决，以乞帷盖之恩。不然恶稔贯盈，他日欲保首领，不可得矣。”又曰：“君侧不清，安用彼相。一时宠利有尽，千秋青史难欺。不欲为刘健、谢迁者，并不能为东阳。倘画策投欢，不几与焦芳同传耶？”
时魏广微方深结忠贤，为之谋主，知应升讥己，大恨。万燝之死也，应升极言廷杖不可再，士气不可折，讥切忠贤辈甚至。已，代高攀龙草疏劾崔呈秀。呈秀窘，昏夜款门，长跪乞哀，应升正色固拒，含怒而去。十月朔，帝庙享颁历，广微后至，为魏大中等所纠。广微恚，辨疏诋言者。应升复抗疏论之，且曰：“广微父允贞为言官，得罪辅臣以去，声施至今。广微奈何比言官路马，斥为此辈？夫不与此辈为伍者，必别与一辈为缘。乞陛下戒谕广微，退读父书，保其家声，毋倚三窟，与言官为难，他日庶可见乃父地下。”广微益怒，谋之忠贤，将镌秩。首辅韩爌力救，乃夺禄一年。其月，赵南星等悉被逐，朝事大变。