在晋既去，承宗自请督师。诏给关防敕书，以原官督山海关及蓟、辽、天津、登、莱诸处军务，便宜行事，不从中制，而以鸣泰为辽东巡抚。承宗乃辟职方主事鹿善继、王则古为赞画，请帑金八十万以行。帝特御门临遣，赐尚方剑、坐蟒，阁臣送之崇文门外。既至关，令总兵江应诏定军制，佥事崇焕建营舍，废将李秉诚练火器，赞画善继、则古治军储，沈棨、杜应芳缮甲仗，司务孙元化筑炮台，中书舍人宋献、羽林经历程仑主市马，广宁道佥事万有孚主采木，而令游击祖大寿佐金冠于觉华，副将陈谏助赵率教于前屯，游击鲁之甲拯难民，副将李承先练骑卒，参将杨应乾募辽人为军。
是时，关上兵名七万，顾无纪律，冒饷多。承宗大阅，汰逃将数百人，遣还河南、真定疲兵万余，以之甲所救难民七千发前屯为兵。应乾所募辽卒出戍宁远，咨朝鲜使助声援。犒毛文龙于东江，令复四卫。檄登帅沈有容进据广鹿岛。欲以春防躬诣登、莱商进取，而中朝意方急辽，弗许也。应诏被劾，承宗请用马世龙代之，以尤世禄、王世钦为南北帅，听世龙节制，且为世龙请尚方剑。帝皆可之。世龙既受事，承宗为筑坛，拜行授钺礼。率教已守前屯，尽驱哈喇慎诸部，抚场犹在八里铺。象乾议开水关，抚之关内，承宗不可，乃定于高台堡。
时大清兵委广宁去，辽遗民入居之。插汉部以告有孚，有孚谋挟西部乘间歼之，冒恢复功。承宗下檄曰：“西部杀我人者，致罚如盟言。”是役也，全活千余人。帝好察边情，时令东厂遣人诣关门，具事状奏报，名曰“较事”。及魏忠贤窃政，遣其党刘朝、胡良辅、纪用等四十五人赍内库神炮、甲仗、弓矢之属数万至关门，为军中用，又以白金十万，蟒、麒麟、狮子、虎、豹诸币颁赉将士，而赐承宗蟒服、白金慰劳之，实觇军也。承宗方出关巡宁远，中路闻之，立疏言：“中使观兵，自古有戒。”帝温旨报之。使者至，具杯茗而已。
鸣泰之为巡抚也，承宗荐之。后知其无实，军事多不与议。鸣泰怏怏求去，承宗亦引疾。言官共留承宗，诋鸣泰，巡关御史潘云翼复论劾之。帝乃罢鸣泰，而以张凤翼代。凤翼怯，复主守关议。承宗不悦，乃复出关巡视。抵宁远，集将吏议所守。众多如凤翼指，独世龙请守中后所，而崇焕、善继及副将茅元仪力请守宁远，承宗然之，议乃定。令大寿兴工，崇焕、满桂守之。先是，虎部窃出盗掠，率教捕斩四人。象乾欲斩率教谢虎部，承宗不可。而承宗所遣王楹戍中右，护其兵出采木，为西部朗素所杀。承宗怒，遣世龙剿之。象乾恐坏抚局，令郎素缚逃人为杀楹者以献，而增市赏千金。承宗方疏争，而象乾以忧去。
承宗患主款者挠己权，言督师、总督可勿兼设，请罢己，不可，则弗推总督。并请以辽抚移驻宁远。帝命止总督推，而凤翼谓置己死地也，因大恨。与其乡人云翼、有孚等力毁世龙，以撼承宗。无何，有孚为蓟抚岳和声所劾，益疑世龙与崇焕构陷，乃共为浮言，挠出关计。给事中解学龙遂极论世龙罪。承宗愤，抗疏陈守御策，言：“拒敌门庭之中，与拒诸门庭外，势既辨。我促敌二百里外，敌促我二百里中，势又辨。盖广宁，我远而敌近；宁远，我近而敌远。我不进逼敌，敌将进而逼我。今日即不能恢辽左，而宁远、觉华终不可弃。请敕廷臣杂议主、客之兵可否久戍，本折之饷可否久输，关外之土地人民可否捐弃，屯筑战守可否兴举，再察敌人情形果否坐待可以消灭。臣不敢为百年久计，只计及五年间究竟何如。倘臣言不当，立斥臣以定大计，无纡回不决，使全躯保妻子之臣附合众喙，以杀臣一身而误天下也。”复为世龙辩，而发有孚等交构状。
有孚者，故侍郎世德子也，为广宁理饷同知。城陷逃归，象乾题为广宁道佥事，专抚插汉，乾没多。至是以承宗言被斥。凤翼亦以忧归，喻安性代。而廷臣言总督不可裁，命吴用先督蓟、辽，代象乾。承宗恶本兵越彦多中制，称疾求罢，举彦自代以困之，廷议不可而止。
时宁远城工竣，关外守具毕备。承宗图大举，奏言：“前哨已置连山大凌河，速畀臣饷二十四万，则功可立奏。”帝命所司给之。兵、工二部相与谋曰：“饷足，渠即妄为，不如许而不与，文移往复稽缓之。”承宗再疏促，具以情告。帝为饬诸曹，而师竟不果出。
初，方震孺、游士任、李达、明时举之谴，承宗实劾之，后皆为求宥。复称杨镐、熊廷弼、王化贞之劳，请免死遣戍，朝端哗然。给事中顾其仁、许誉卿，御史袁化中交章论驳，帝皆置弗省。会承宗叙五防效劳诸臣，且引疾乞罢，乃遣中官刘应坤等赍帑金十万犒将士，而赐承宗坐蟒、膝襕，佐以金币。