当是时，忠贤益盗柄。以承宗功高，欲亲附之，令应坤等申意。承宗不与交一言，忠贤由是大憾。会忠贤逐杨涟、赵南星、高攀龙等，承宗方西巡蓟、昌。念抗疏帝未必亲览，往在讲筵，每奏对辄有入，乃请以贺圣寿入朝面奏机宜，欲因是论其罪。魏广微闻之，奔告忠贤：“承宗拥兵数万将清君侧，兵部侍郎李邦华为内主，公立齑粉矣！”忠贤悸甚，绕御床哭。帝亦为心动，令内阁拟旨。次辅顾秉谦奋笔曰：“无旨离信地，非祖宗法，违者不宥。”夜启禁门召兵部尚书入，令三道飞骑止之。又矫旨谕九门守阉，承宗若至齐化门，反接以入。承宗抵通州，闻命而返。忠贤遣人侦之，一襆被置舆中，后车鹿善继而已，意少解。而其党李蕃、崔呈秀、徐大化连疏诋之，至比之王敦、李怀光。承宗乃杜门求罢。
五年四月，给事中郭兴治请令廷臣议去留，论冒饷者复踵至，遂下廷臣杂议。吏部尚书崔景荣持之，乃下诏勉留，而以简将、汰兵、清饷三事责承宗。奏报，承宗方遣诸将分戍锦州、大小凌河、松、杏、右屯诸要害，拓地复二百里，罢大将世钦、世禄，副将李秉诚、孙谏，汰军万七千余人，省度支六十八万。而言官论世龙不已。至九月，遂有柳河之败，死者四百余人，语详《世龙传》。于是台省劾世龙并及承宗，章疏数十上。承宗求去益力，十月始得请。先已屡加左柱国、少师、太子太师、中极殿大学士，遂加特进光禄大夫，荫子中书舍人，赐蟒服、银币，行人护归。而以兵部尚书高第代为经略。无何，安性亦罢，遂废巡抚不设。
初，第力扼承宗，请撤关外以守关内。承宗驳之，第深憾。明年，宁远被围，乃疏言关门兵止存五万，言者益以为承宗罪。承宗告户部曰：“第初莅关，尝给十一万七千人饷，今但给五万人饷足矣。”第果以妄言引罪。后忠贤遣其党梁梦环巡关，欲傅致承宗罪，无所得而止。承宗在关四年，前后修复大城九、堡四十五，练兵十一万，立车营十二、水营五、火营二、前锋后劲营八，造甲胄、器械、弓矢、炮石、渠答、卤楯之具合数百万，拓地四百里，开屯五千顷，岁入十五万。后叙宁远功，荫子锦衣世千户。
庄烈帝即位，在晋入为兵部尚书，恨承宗不置，极论世龙及元仪荧惑枢辅坏关事，又嗾台省交口诋承宗，以沮其出。二年十月，大清兵入大安口，取遵化，将薄都城，廷臣争请召承宗。诏以原官兼兵部尚书守通州，仍入朝陛见。承宗至，召对平台。帝慰劳毕，问方略。承宗奏：“臣闻袁崇焕驻蓟州，满桂驻顺义，侯世禄驻三河，此为得策。又闻尤世威回昌平，世禄驻通州，似未合宜。”帝问：“卿欲守三河，何意？”对曰：“守三河可以沮西奔，遏南下。”帝称善，曰：“若何为朕保护京师？”承宗言：“当缓急之际，守陴人苦饥寒，非万全策。请整器械，厚犒劳，以固人心。”所条画俱称旨。帝曰：“卿不须往通，其为朕总督京城内外守御事务，仍参帷幄。”趣首辅韩爌草敕下所司铸关防。承宗出，漏下二十刻矣，即周阅都城，五鼓而毕，复出阅重城。明日夜半，忽传旨守通州。时烽火遍近郊，承宗从二十七骑出东便门，道亡其三，疾驰抵通，门者几不纳。既入城，与保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋登陴固守。而大清兵已薄都城，乃急遣游击尤岱以骑卒三千赴援。旋遣副将刘国柱督军二千与岱合，而发密云兵三千营东直门，保定兵五千营广宁门。以其间遣将复马兰、三屯二城。
至十二月四日，而有祖大寿之变。大寿，辽东前锋总兵官也，偕崇焕入卫。见崇焕下吏，惧诛，遂与副将何可纲等率所部万五千人东溃，远近大震。承宗闻，急遣都司贾登科赍手书慰谕大寿，而令游击石柱国驰抚诸军。大寿见登科，言：“麾下卒赴援，连战俱捷，冀得厚赏。城上人群詈为贼，投石击死数人。所遣逻卒，指为间谍而杀之。劳而见罪，是以奔还。当出捣朵颜，然后束身归命。”柱国追及诸军，其将士持弓刀相向，皆垂涕，言：“督师既戮，又将以大炮击毙我军，故至此。”柱国复前追，大寿去已远，乃返。承宗奏言：“大寿危疑已甚，又不肯受满桂节制，因讹言激众东奔，非部下尽欲叛也。当大开生路，曲收众心。辽将多马世龙旧部曲，臣谨用便宜，遣世龙驰谕，其将士必解甲归，大寿不足虑也。”帝喜从之。承宗密札谕大寿急上章自列，且立功赎督师罪，而己当代为剖白。大寿诺之，具列东奔之故，悉如将士言。帝优诏报之，命承宗移镇关门。诸将闻承宗、世龙至，多自拔来归者。大寿妻左氏亦以大义责其夫，大寿敛兵待命。