天启初，起右参政，饬遵化兵备。三年五月，辽东巡抚阎鸣泰罢，擢凤翼右佥都御史代之。自王化贞弃广宁后，关外八城尽空，枢辅孙承宗锐意修复，而版筑未兴。凤翼闻命，疑承宗欲还朝，以辽事委之己，甚惧，即疏请专守关门。其座主叶向高、乡人韩爌柄政，抑使弗上。既抵关，以八月出阅前屯、宁远诸城，上疏极颂承宗经理功，且曰：“八城畚插，非一年可就之工；六载疮痍，非一时可起之疾。今日议剿不能，言战不得，计惟固守。当以山海为根基，宁远为门户，广宁为哨探。”其意专主守关，与承宗异议。
时赵率教驻前屯，垦田、练卒有成效。及袁崇焕、满桂守宁远，关外规模略定。忽有传中左所被兵者，永平吏民汹汹思窜，凤翼心动，亟遣妻子西归。承宗曰：“我不出关，人心不定。”遂于四年正月东行。凤翼语人曰：“枢辅欲以宁前荒塞居我，是杀我也。国家即弃辽左，犹不失全盛，如大宁、河套，弃之何害？今举世不欲复辽，彼一人独欲复耶？”密令所知居言路者诋马世龙贪淫及三大将建阃之非，以撼承宗。承宗不悦，举其言入告。适凤翼遭内艰，遂解去。承宗复上疏为世龙等辨，因诋凤翼才鄙而怯，识暗而狡，工于趋利，巧于避患。廷议以既去不复问。
六年秋，起故官，巡抚保定。明年冬，蓟辽总督刘诏罢，进凤翼右都御史兼兵部右侍郎代之。崇祯元年二月，御史甯光先劾凤翼前抚保定，建魏忠贤生祠。凤翼引罪乞罢，不许。未几，谢病去。诸建祠者俱入逆案，凤翼以边臣故获宥。
三年起故官，代刘策总督蓟、辽、保定军务。既复遵、永四城，叙功，进太子少保、兵部尚书，世荫锦衣佥事。凤翼以西协单弱，条奏增良将、宿重兵、备火器、预军储、远哨探数事，从之。已，复谢病去。久之，召为兵部尚书。
明年二月，召对平台，与吏部尚书李长庚同奉“为国任事，洁己率属”之谕。寻以宣、大兵寡，上言：“国初额军，宣府十五万一千，今止六万七千。大同十三万五千，今止七万五千。乞两镇各增募万人，分营训练。且月饷止给五钱，安能致赳桓之士，乞一人食二饷。”帝并从之。给事中周纯修、御史葛征奇等以兵事日棘，劾凤翼溺职。凤翼连疏乞休，皆不许。
七年以恢复登州功，加太子少保。七月，我大清西征插汉，师旋，入山西、大同、宣府境。帝怒守臣失机，下兵部论罪。部议巡抚戴君恩、胡沾恩、焦源清革职赎杖，总督张宗衡闲住。帝以为轻，责凤翼对状。于是总督、巡抚及三镇总兵睦自强、曹文诏、张全昌俱遣戍，监视中官刘允中、刘文中、王坤亦充净军。时讨贼总督陈奇瑜以招抚偾事，给事中顾国宝劾凤翼举用非人，帝亦不问。奇瑜既罢，即命三边总督洪承畴兼督河南、山西、湖广军务，剿中原群盗。言官以承畴势难兼顾，请别遣一人为总督，凤翼不能决，既而承畴竟无功。及贼将南犯，请以江北巡抚杨一鹏镇凤阳，防护皇陵，温体仁不听，凤翼亦不能再请。八年正月，贼果毁凤阳皇陵。言官交章劾凤翼，凤翼亦自危，引罪乞罢。帝不许，令戴罪视事。
初，贼之犯江北也，给事中桐城孙晋以乡里为忧。凤翼曰：“公南人，何忧贼？贼起西北，不食稻米，贼马不饲江南草。”闻者笑之。事益急，始令朱大典镇凤阳。寻推卢象升为总理，与洪承畴分讨南北贼，而贼已蔓延不可制矣。给事中刘昌劾凤翼推总兵陈壮猷，纳其重贿。凤翼力辩，昌贬秩调外。
已而凤翼言：“剿贼之役，原议集兵七万二千，随贼所向，以殄灭为期。督臣承畴以三万人分布豫、楚数千里，力薄，又久戍生疾，故尤世威、徐来朝俱溃。以二万人散布三秦千里内，势分，又孤军无援，故艾万年、曹文诏俱败。今既益以祖宽、李重镇、倪宠、牟文绶兵万二千，又募楚兵七千，合九万有奇，兵力厚矣。请以贼在关内者属承畴，在关外者属象升，倘贼尽出关，则承畴合剿于豫，尽入关，则象升合剿于秦。臣更有虑者，贼号三四十万，更迭出犯，势众而力合；我零星四应，势寡而力分。贼所至因粮于我，人皆宿饱；我所至樵苏后爨，动辄呼庚。贼马多行疾，一二日而十舍可至；我步多行缓，三日而重茧难驰。众寡、饥饱、劳逸之势，相悬如此，贼何日平。乞严敕督、理二臣，选将统军，军各一二万人，俾前茅、后劲、中权联络相贯，然后可制贼而不为贼制。今贼大势东行，北有黄河，南有长江，东有漕渠，彼无舟楫，岂能飞越？我兵从西北穷追，犹易为力。此防河扼险，目前要策，所当申饬者也。”帝称善，命速行之。凤翼自请督师讨贼，帝优诏不允。