九年二月，给事中陈昌文上言：“将在军，君命有所不受。今既假督、理二臣以便宜，则行军机要不当中制。若今日议不许斩级，明日又议必斩级，今日议征兵援凤，明日又议撤兵防河，心至无所适从。愿枢臣自今凡可掣督、抚之肘者，俱宽之文法，俾得展布可也。兵法：守敌所不攻，攻敌所不守，奇正错出，灭贼何难。今不惟不能灭，乃今日破军杀将，明日又陷邑残州，止罪守令而不及巡抚，岂法之平？愿枢臣自今凡可责诸抚之成者，勿宽文法，俾加磨砺可也。”帝纳其言。
江北之贼，自滁州、归德两败后，尽趋永宁、卢氏、内乡、淅川大山中，关中贼亦由阌乡、灵宝与之合。凤翼请敕河南、郧阳、陕西三巡抚各督将吏扼防，毋使轶出，四川、湖广两巡抚移师近界，听援剿，而督、理二臣以大军入山蹙之，且严遏米商通贩，贼可尽殄。帝深然之，克期五月荡平，老师费财，督抚以下罪无赦。凤翼虽建此策，象升所部多骑军，不善入山，贼竟不能灭。
至七月，我大清兵自天寿山后入昌平，都城戒严。给事中王家彦以陵寝震惊，劾凤翼坐视不救。凤翼惧，自请督师。赐尚方剑，尽督诸镇勤王兵。以左侍郎王业浩署部事，命中官罗维宁监督通、津、临、德军务，而宣大总督梁廷栋亦统兵入援。三人相掎角，皆退怯不敢战，于是宝坻、顺义、文安、永清、雄、安肃、定兴诸县及安州、定州相继失守。言官劾疏五六上，凤翼忧甚。
己巳之变，尚书王洽下狱死，复坐大辟。凤翼知不免，日服大黄药，病已殆，犹治军书不休。至八月末，都城解严，凤翼即以九月朔卒。已而议罪夺其官。十一年七月，论前剿寇功，有诏叙复。
帝在位十七年间，易中枢十四人，皆不久获罪。凤翼善温体仁，独居位五载。其督师也，意图逭责，乃竟以畏法死。
陈新甲，长寿人。万历时举于乡，为定州知州。崇祯元年，入为刑部员外郎，进郎中。迁宁前兵备佥事。宁前，关外要地，新甲以才能著。四年，大凌新城被围，援师云集，征缮悉倚赖焉。及城破，坐削籍。巡抚方一藻惜其才，请留之，未报。监视中官马云程亦以为言，乃报可。新甲言：“臣蒙使过之恩，由监视疏下，此心未白，清议随之，不敢受。”不许。寻进副使，仍莅宁远。
七年九月，擢右佥都御史，代焦源清巡抚宣府。新甲以戎备久弛，亲历塞垣，经前人足迹所不到，具得士马损耗、城堡倾颓、弓矢甲仗朽敝状。屡疏请于朝，加整饬，边防赖之。杨嗣昌为总督，与新甲共事，以是知其才。九年五月，内艰归。
十一年六月，宣大总督卢象升丁外艰，嗣昌方任中枢，荐新甲堪代。诏擢兵部右侍郎兼右佥都御史，夺情任之。会大清兵深入内地，诏新甲受代，即督所部兵协御。未几，象升战殁，孙传庭代统其军，新甲与相倚仗，终不敢战。明年春，畿辅解严。顺天巡按刘呈瑞劾其前后逗挠。新甲历陈功状，且言呈瑞挟仇，帝不问。既赴镇，列上编队伍、严哨探、明训练、饬马政、练火器、禁侵渔诸事，报可。麾下卒夜哗，新甲请罪，亦不问。给事中戴明说尝劾之，帝以轻议重臣，停其俸。
十三年正月，召代傅宗龙为兵部尚书。自弘治初贾俊后，乙榜无至尚书者。兵事方亟，诸大臣避中枢，故新甲得为之。陛见毕，陈保邦十策，多廷臣所尝言。惟言天寿山后宜设总兵，徐州亦宜设重镇，通两京咽喉，南护凤陵，中防漕运，帝并采用之。复陈枢政四要及兵事四失，帝即命饬行。
十四年三月，贼陷雒阳、襄阳，福、襄二王被难，镌新甲三秩视事。旧制，府、州、县城郭失守者，长吏论死。宛平知县陈景建言村镇焚掠三所者，长吏当戍边。新甲主其议，言：“有司能兼顾乡城，即与优叙。若四郊被寇，与失机并论。”帝即从之。然是时中原皆盗，其法亦不能行也。杨嗣昌卒于军中，新甲举丁启睿往代，议者尤其失人。然傅宗龙、孙传庭并以微罪系狱，新甲于召对时称其才，退复上章力荐，两人获用，亦新甲力也。寻论秋防功，复所镌秩。
时锦州被围久，声援断绝。有卒逸出，传祖大寿语，请以车营逼，毋轻战。总督洪承畴集兵数万援之，亦未敢决战。帝召新甲问策，新甲请与阁臣及侍郎吴甡计之，因陈十可忧、十可议，而遣职方郎张若麒面商于承畴。若麒未返，新甲请分四道夹攻，承畴以兵分力弱，意主持重以待。帝以为然，而新甲坚执前议。若麒素狂躁，见诸军稍有斩获，谓围可立解，密奏上闻。新甲复贻书趣承畴，承畴激新甲言，又奉密敕，遂不敢主前议。若麒益趣诸将进兵。诸将以八月次松山，为我大清兵所破，大溃，士卒死亡数万人。若麒自海道遁还，言官请罪之，新甲力庇，复令出关监军。锦州围未解，承畴又被围于松山，帝深以为忧，新甲不能救。十五年二月，御史甘惟爃劾新甲寡谋误国，请速令举贤自代，不纳。三月，松山、锦州相继失，若麒复自宁远遁还。言官劾若麒者，悉及新甲。新甲屡乞罢，皆不从。