熊开元，字鱼山，嘉鱼人。天启五年进士。除崇明知县，调繁吴江。
崇祯四年，征授吏科给事中。帝遣中官王应期等监视关、宁军马，开元抗疏争，不纳。王化贞久系不决，奸人张应时等疏颂其功，请以身代死，俾戴罪立功。开元疏驳之，言：“化贞家赀钜万，每会朝审，辄买燕市少年，杂立道旁，投熊廷弼瓦砾，嗟叹化贞不休，以此荧惑上听。今应时复敢为此请，宜立肆化上贞市朝。”化贞卒正法。
时有令，有司征赋不及额者不得考选。给事中周瑞豹考选而后完赋，帝怒，贬谪之，命如瑞豹者悉以闻。于是开元及御史郑友元等三人并贬二秩调外，开元不赴官。久之，起山西按察司照磨，迁光禄寺监事。
十三年，迁行人司副。左降官率骤迁，开元以淹久颇觖望。会光禄丞缺，开元诣首辅周延儒述己困顿状。延儒适以他事辄命驾出，开元大愠。会帝以畿辅被兵求言，官民陈事者，报名会极门，即日召对。
开元欲论延儒，次日即请见。帝召入文昭阁，开元请密论军事。帝屏左右，独辅臣在，开元不敢言，但奏军事而出。越十余日，复请见。帝御德政殿，秉烛坐，开元从辅臣入，奏言：“《易》称‘君不密则失臣，臣不密则失身’，请辅臣暂退。”延儒等引退者再，帝不许。开元遂言：“陛下求治十五年，天下日以乱，必有其故。”帝曰：“其故安在？”开元言：“今所谋画，惟兵食寇贼。不揣其本，而末是图，虽终日夜不寝食，求天下治无益也。陛下临御以来，辅臣至数十人，不过陛下曰贤，左右曰贤而已，未必诸大夫国人皆曰贤也。天子心膂股肱，而任之易如此。庸人在高位，相继为奸，人祸天殃，迄无衰止。迨言官发其罪状，诛之斥之，已败坏不可复救矣。”帝与诘问久之，疑开元有所为，曰：“尔意有人欲用乎？”开元辨无有，且奏且频目延儒。延儒谢，帝曰：“天下不治皆朕过，于卿等何与？”开元言：“陛下令大小臣工不时面奏，而辅臣在左右，谁敢为异同之论以速祸？且昔日辅臣，繁刑厚敛，屏弃忠良，贤人君子攻之。今辅臣奉行德意，释累囚，蠲逋赋，起废籍，贤人君子皆其所引用。偶有不平，私慨叹而已。”帝责开元有私。开元辨，延儒等亦前为解。
开元复请遍召廷臣，问以辅臣贤否。“辅臣心事明，诸臣流品亦别。陛下若不察，将吏狃情面贿赂，失地丧师，皆得无罪，谁复为陛下捐躯报国者？”延儒等奏情面不尽无，贿赂则无有。开元复言：“敌兵入口四十余日，未闻逮治一督、抚。”帝曰：“督、抚初推，人以为贤，数月后即以为不贤，必欲去之而后快。边方与内地不同，使人何以展布。”开元言：“四方督、抚，率自监司。明日廷推，今日传单，其人姓名不列。至期，吏部出诸袖，诸臣唯唯而已。既推后，言官转相采访，而其人伎俩亦自露于数月间，故人得而指之。非初以为贤，继以为不贤也。”帝命之退。延儒等请令补牍，从之。
当是时，开元欲发延儒罪，以其在侧不敢言。而延儒虑其补牍，谋沮之。大理卿孙晋、兵部侍郎冯元飙责开元：“首辅多引贤者。首辅退，贤者且尽逐。”开元意动。大理丞吴履中至，亦以开元言为骤。礼部郎中吴昌时者，开元知吴江时所拔士也，复致书言之。开元乃止述奏辞，不更及延儒他事。帝方信延儒，大清兵又未退，焦劳甚。得奏，大怒，令锦衣卫逮治。卫帅骆养性，开元乡人也，雅怨延儒，次日即以狱上。帝益怒，曰：“开元谗谮辅弼，必使朕孤立于上，乃便彼行私，必有主使者。养性不加刑，溺职甚，其再严讯以闻。”十二月朔，严刑诘供主谋。开元坚不承，而尽发延儒之隐，养性具以闻。帝乃廷杖开元，系狱。
始，方士亮劾罢密云巡抚王继谟，参政钱天锡得巡抚。御史孙凤毛发其事，劾给事中杨枝起、廖国遴为天锡夤缘，因言开元面奏，实二人主之，欲令邱瑜秉政，陈演为首辅。御史李陈玉亦言之。帝以开元已下吏，不问，而责令凤毛陈奏。凤毛死，其子诉冤，谓国遴、枝起鸩杀之。两人及天锡并削职下狱。士亮又言恐代继谟者未能胜继谟，继谟得留任。十六年六月，延儒罢，言官多救开元者，不报。刑部拟赎徒，不许。明年正月，遣戍杭州。
未几，京师陷，福王召起吏科给事中。丁母艰，不赴。唐王立，起工科左给事中。连擢太常卿、左佥都御史，随征东阁大学士。乞假归。汀州破，弃家为僧，隐苏州之灵岩以终。