镇南将军何无忌与徐道覆战于豫章，败绩，无忌被害，内外震骇。朝廷欲奉乘舆北走就公，寻知贼定未至，人情小安。公至下邳，以船运辎重，自率精锐步归。至山阳，闻无忌被害，则虑京邑失守，乃卷甲兼行，与数十人至淮上，问行旅以朝廷消息。人曰："贼尚未至，刘公若还，便无所忧也。"公大喜，单船过江，径至京口，众乃大安。四月癸未，公至京师，解严息甲。
抚军将军刘毅抗表南征，公与毅书曰："吾往习击妖贼，晓其变态，新获奸利，其锋不可轻。宜须装严毕，与弟同举。"又遣毅从弟藩往止之。毅不从，舟师二万，发自姑孰。循之初下也，使道覆向寻阳，自寇湘中诸郡。荆州刺史道规遣军至长沙，为循所败。径至巴陵，将向江陵。道覆闻毅上，驰使报循曰："毅兵众甚盛，成败事系之于此，宜并力摧之。若此克捷，天下无复事矣。根本既定，不忧上面不平也。"循即日发巴陵，与道覆连旗而下。别有八艚舰九枚，起四层，高十二丈。公以南藩覆没，表送章绶，诏不听。五月，刘毅败绩于桑落洲，弃船步走，余众不得去者，皆为贼所擒。初，循至寻阳，闻公已还，不信也。既破毅，乃审凯入之问，并相视失色。循欲退还寻阳，进平江陵，据二州以抗朝廷。道覆谓宜乘胜径进，固争之。疑议多日，乃见从。
毅败问至，内外汹扰。于时北师始还，多创痍疾病。京师战士，不盈数千。贼既破江、豫二镇，战士十余万，舟车百里不绝。奔败还者，并声其雄盛。孟昶、诸葛长民惧寇渐逼，欲拥天子过江，公不听，昶固请不止。公曰："今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志。若一旦迁动，便自瓦解土崩，江北亦岂可得至！设令得至，不过延日月耳。今兵士虽少，自足以一战。若其克济，则臣主同休；苟厄运必至，我当以死卫社稷，横尸庙门，遂其由来以身许国之志，不能远窜于草间求活也。我既决矣，卿勿复言！"昶恐其不济，乃为表曰："臣讳北讨，众并不同，唯臣赞讳行计，致使强贼乘间，社稷危逼，臣之罪也。今谨引分以谢天下。"封表毕，乃仰药而死。
于是大开赏募，投身赴义者，一同登京城之科。发居民治石头城，建牙戒严。时议者谓宜分兵守诸津要。公以为："贼众我寡，若分兵屯，则人测虚实。且一处失利，则沮三军之心。今聚众石头，随宜应赴，既令贼无以测多少，又于众力不分。若徒旅转集，徐更论之耳。"移屯石头，乃栅淮断查浦。既而群贼大至，公策之曰："贼若于新亭直进，其锋不可当，宜且回避，胜负之事，未可量也；若回泊西岸，此成擒耳。"
道覆欲自新亭、白石焚舟而上。循多疑少决，每欲以万全为虑，谓道覆曰："大军未至，孟昶便望风自裁，大势言之，自当计日溃乱。今决胜负于一朝，既非必定之道，且杀伤士卒，不如按兵待之。"公于时登石头城以望循军，初见引向新亭，公顾左右失色；既而回泊蔡洲。道覆犹欲上，循禁之。自是众军转集，修治越城，筑查浦、药园、廷尉三垒，皆守以实众。冠军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯丹阳郡西，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘默屯建阳门外。使宁朔将军索邈领鲜卑具装虎班突骑千余匹，皆被练五色，自淮北至于新亭。贼并聚观，咸畏惮之；然犹冀京邑及三吴有应之者。遣十余舰来拔石头栅。公命神弩射之，发辄摧陷，循乃止，不复攻栅。设伏兵于南岸，使羸老悉乘舟舰向白石。公忧其从白石步上，乃率刘毅、诸葛长民北出拒之，留参军徐赤特戍南岸，命坚守勿动。公既去，贼焚查浦步上，赤特军战败，死没有百余人。赤特弃余众，单舸济淮，贼遂率数万屯丹阳郡。公率诸军驰归，众忧贼过，咸谓公当径还拒战，公先分军还石头，众莫之晓。解甲息士，洗浴饮食之，乃出列陈于南塘。以赤特违处分，斩之。命参军诸葛叔度、朱龄石率劲勇士千余人过淮。群贼数千，皆长刀矛钅延，精甲曜日，奋跃争进。龄石所领多鲜卑，善步槊，并结陈以待之。贼短兵弗能抗，死伤者数百人，乃退走。会日暮，众亦归。
刘毅之败，豫州主簿袁兴国反叛，据历阳以应贼。琅邪内史魏顺之遣将谢宝讨斩之。兴国司马袭宝，顺之不救而退，公怒斩之。顺之，咏之之弟也。于是功臣震慑，莫敢不用命。六月，更授公太尉、中书监，加黄钺。受黄钺，余固辞。以司马庾悦为建威将军、江州刺史，自东阳出豫章。七月庚申，群贼自蔡洲南走，还屯寻阳。遣辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间太守蒯恩追之。公还东府，大治水军，皆大舰重楼，高者十余丈。卢循遣其大将荀林寇江陵，桓谦先于江陵奔羌，又自羌入蜀，伪主谯纵以为荆州刺史。谦及谯道福率军二万，出寇江陵，适与林会，相去百余里。荆州刺史道规斩谦于枝江，破林于江津，追至竹町，斩之。初，循之走也，公知其必寇江陵，登遣淮陵内史索邈领马军步道援荆州；又遣建威将军孙季高率众三千，自海道袭番禺。江州刺史庾悦至五亩峤，贼遣千余人据断峤道，悦前驱鄱阳太守虞丘进攻破之。公治兵大办。十月，率兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶等舟师南伐。以后将军刘毅监太尉留守府，后事皆委焉。是月，徐道覆率众三万寇江陵。荆州刺史道规又大破之，斩首万余级，道覆走还盆口。初，公之遣索邈也，邈在道为贼所断，道覆败后方达。自循东下，江陵断绝京邑之问，传者皆云已没。及邈至，方知循走。