初，可法、弘图及姜曰广、张慎言等皆宿德在位，将以次引海内人望，而士英必欲起大铖。有诏广搜人材，独立逆案不可轻议。士英令孔昭及侯汤国祚、伯赵之龙等攻慎言去之，而荐大铖知兵。初，大铖在南京，与守备太监韩赞周暱。京师陷，中贵人悉南奔，大铖因赞周遍结之，为群奄言东林当日所以危贵妃、福王者，俾备言于王，以潜倾可法等。群奄更极口称大铖才，士英亦言大铖从山中致书与定策谋，为白其附珰赞导无实迹。遂命大铖冠带陛见。大铖乃上守江策，陈三要、两合、十四隙疏，并自白孤忠被陷，痛诋孙慎行、魏大中、左光斗，且指大中为大逆。于是大学士姜曰广、侍郎吕大器、怀远侯常延龄等并言大铖逆案巨魁，不可召。士英为大铖奏辨，力攻曰广、大器，益募宗室统钅类、建安王统镂辈，连疏交攻。而以大学士高弘图为御史时尝诋东林，必当右己，乃言“弘图素知臣者。”弘图则言先帝钦定逆案一书，不可擅改。士英与争，弘图因乞罢。士英意稍折，迟回月余，用安远侯柳祚昌荐，中旨起大铖兵部添注右侍郎。左都御史刘宗周言：“杀大中者魏珰，大铖其主使也。即才果足用，臣虑党邪害正之才，终病世道。大铖进退，实系江左兴亡，乞寝成命。”有旨切责。未几，大铖兼右佥都御史，巡阅江防。寻转左侍郎。明年二月进本部尚书兼右副都御史，仍阅江防。
吕大器、姜曰广、刘宗周、高弘图、徐石麒皆与士英龃龉，先后罢归。士英独握大柄，内倚中官田成辈，外结勋臣刘孔昭、朱国弼、柳祚昌，镇将刘泽清、刘良佐等，而一听大铖计。尽起逆案中杨维垣、虞廷陛、郭如暗、周昌晋、虞大复、徐复阳、陈以瑞、吴孔嘉；其死者悉予赠恤，而与张捷、唐世济等比；若张孙振、袁弘勋、刘光斗皆得罪先朝，复置言路为爪牙。朝政浊乱，贿赂公行。四方警报狎至，士英身掌中枢，一无筹画，日以锄正人引凶党为务。
初，举朝以逆案攻大铖，大铖憾甚。及见北都从逆诸臣有附会清流者，因倡言曰：“彼攻逆案，吾作顺案与之对。”以李自成伪国号曰顺也。士英因疏纠从逆光时亨等；时亨名附东林，故重劾之。大铖又诬逮顾杲及左光斗弟光先下狱，劾周镳、雷縯祚杀之。时有狂僧大悲出语不类，为总督京营戎政赵之龙所捕。大铖欲假以诛东林及素所不合者，因造十八罗汉、五十三参之目，书史可法、高弘图、姜曰广等姓名，内大悲袖中，海内人望，无不备列。钱谦益先已上疏颂士英，且为大铖讼冤修好矣，大铖憾不释，亦列焉，将穷治其事。狱词诡秘，朝士皆自危，而士英不欲兴大狱，乃当大悲妖言律斩而止。
张缙彦以本兵首从贼，贼败，缙彦窜归河南，自言集义勇收复列城，即授原官，总督河北、山西、河南军务，便宜行事。其他大僚降贼者，贿入，辄复其官。诸白丁、录役输重赂，立跻大帅。都人为语曰：“职方贱如狗，都督满街走。”其刑赏倒乱如此。大清兵抵宿迁、邳州，未几引还。史可法以闻，士英大笑不止，坐客杨士聪问故。士英曰：“君以为诚有是事耶？”乃史公妙用也。岁将暮，防河将吏应叙功，耗费军资应稽算，此特为序功、稽算地耳。”侍讲卫胤文兼给事中，监高杰军。杰死，胤文窥士英指，论可法督师为赘。士英即擢胤文兵部右侍郎，总督杰营将士以分其权，可法益不得展布。
先是，左良玉接监国诏书，不肯拜，袁继咸强之，乃开读如礼。而属承天守备何志孔、巡按御史黄澍入贺，阴伺朝廷动静。澍挟良玉势，当陛见，面数士英奸贪不法，且言尝受张献忠伪兵部尚书周文江重贿，为题授参将，罪当斩。志孔亦论士英冈上行私诸罪。司礼太监韩赞周叱志孔退，士英跪乞处分，澍举笏直击其背曰：“愿与奸臣同死。”士英大号呼，王摇首不言者久之，赞周即执志孔候命。王因澍言意颇动，夜谕赞周，欲令士英避位。士英佯引疾，而赂福邸旧奄田成等向王泣曰：“上非马公不得立，逐马公，天下将议上背恩矣。且马公去，谁念上者？”王默然，即慰留士英。士英亦畏良玉，请释志孔，而命澍速还湖广。故都督掌锦衣卫刘侨者，尝遣戍，由周文江贿张献忠，受伪命，为锦衣指挥使。及良玉复蕲、黄，侨削发逃去，澍持之急。而士英纳侨贿，令讦澍，遂复侨官，削澍职。寻以楚府中尉言，逮澍。良玉令部将群哗，欲下南京索饷，因保救澍。袁继咸为上疏代澍申理，士英不得已，乃免逮。澍遂匿良玉军中，良玉与士英由此有隙。及伪太子狱起，良玉遂假为兵端。