体仁既并相，务为柔佞，帝意渐响之。而体仁阳曲谨媚延儒，阴欲夺其位，延儒不知也。体仁与吏部尚书王永光谋起逆案王之臣、吕纯如等。或谓延儒曰：“彼将翻逆案，而外归咎于公。”延儒愕然。会帝以之臣问，延儒曰：“用之臣，亦可雪崔呈秀矣。”帝悟而止。体仁益欲倾延儒。四年春。延儒姻娅陈于泰廷对第一，及所用大同巡抚张廷拱、登莱巡抚孙元化皆有私，时论籍籍。其子弟家人暴邑中，邑中民热其庐，发其先垄，为言官所纠。兄素儒冒锦衣籍，授千户，又用家人周文郁为副总兵，益为言者所诋。
五年正月，叛将李九成等陷登州，囚元化。侍郎刘宇烈视师无功，言路咸指延儒庇宇烈。于是给事中孙三杰、冯元飚，御史余应桂、卫景瑗、尹明翼、路振飞、吴执御、王道纯、王象云等，屡劾延儒。应桂并谓延儒纳巨盗神一魁贿。而监视中官邓希诏与总督曹文衡相讦奏，语侵延儒。给事中李春旺亦论延儒当去。延儒数上疏辩，帝虽慰留，心不能无动。已而延儒令于泰陈时政四事，宣府太监王坤承体仁指，直劾延儒庇于泰。给事中傅朝佑言中官不当劾首揆，轻朝廷，疑有邪人交构，副都御史王志道亦言之。帝怒，削志道籍，延儒不能救。体仁各处嗾给事中陈赞化劾延儒“昵武弁李元功等，招摇罔利。陛下特恩停刑，元功以为延儒功，索狱囚赇谢。而延儒至目陛下为羲皇上人，语誖逆。”帝怒，下元功诏狱，且穷诘赞化语所自得。赞化言得之上林典簿姚孙渠、给事中李世祺，而副使张凤翼亦具述延儒语。帝益怒。锦衣卫帅王世盛拷掠元功无所承。狱上，镌世盛五级，令穷治其事。延儒觊体仁为援，体仁卒不应，且阴黜与延儒善者，延儒大困。六年六月引疾乞归，赐白金、彩缎，遣行人护行。体仁遂为首辅矣。
始延儒里居，颇从东林游，善姚希孟、罗喻义。既陷钱谦益，遂仇东林。及主会试，所取士张溥、马世奇等，又皆东林也。至是归，失势，心内惭。而体仁益横，越五年始去。去而张至发、薛国观相继当国，与杨嗣昌等并以娼嫉称。一时正人郑三俊、刘宗周、黄道周等，皆得罪。溥等忧之，说延儒曰：“公若再相，易前辙，可重得贤声。”延儒以为然。溥友吴昌时为交关近侍，冯铨复助为谋。会帝亦颇思延儒，而国观适败。十四年二月诏起延儒。九月至京，复为首辅。寻加少师兼太子太师，进吏部尚书、中极殿大学士。
延儒被召，溥等以数事要之。延儒慨然曰：“吾当锐意行之，以谢诸公。”既入朝，悉反体仁辈弊政。首请释漕粮白粮欠户，蠲民间积逋，凡兵残岁荒地，减见年两税。苏、松、常、嘉、湖诸府大水，许以明年夏麦代漕粮。宥戍罪以下，皆得还家。复注误举人，广取士额及召还言事迁谪诸臣李清等。帝皆忻然从之。延儒又言：“老成名德，不可轻弃。”于是郑三俊长吏部，刘宗周掌都察院，范景文长工部，倪元璐佐兵部，皆起自废籍。其他李邦华、张国维、徐石麒、张玮、金光辰等，布满九列。释在狱傅宗龙等，赠已故文震孟、姚希孟等官。中外翕然称贤。尝燕侍，帝语及黄道周，时道周方谪戍辰州。延儒曰：“道周气质少偏，然学与守皆可用。”蒋德璟请移道周戍近地。延儒曰：“上欲用即用之耳，何必移戍。”帝即日复道周官。其因事开释如此。
帝尊礼延儒特重，尝于岁首日东向揖之，曰：“朕以天下听先生。”因遍及诸阁臣。然延儒实庸驽无材略，且性贪。当边境丧师，李自成残掠河南，张献忠破楚、蜀，天下大乱，延儒一无所谋画。用侯恂、范志完督师，皆偾事，延儒无忧色。而门下客盛顺、董廷献因缘为奸利。又信用文选郎吴昌时及给事中曹良直、廖国遴、杨枝起、曾应遴辈。
昌时，嘉兴人。有干材，颇为东林效奔走。然为人墨而傲，通厂卫，把持朝官，同朝咸嫉之。行人司副熊开元廷劾延儒纳贿状，触帝怒，与给事中姜埰俱廷杖，下诏狱。左都御史宗周、佥都御史光辰以救开元、埰罢，尚书石麒又以救宗周等罢，延儒皆弗救，朝议皆以咎延儒。会昌时以年例出言路十人于外，言路大哗。掌科给事中吴麟徵、掌道御史祁彪佳劾昌时挟势弄权，延儒颇不自安。
初，延儒奏罢厂卫缉事，都人大悦。朝士不肖者因通赂遗，而厂卫以失权，胥怨延儒。又傲同官陈演，演衔刺骨。掌锦衣者骆养性，延儒所荐也，养性狡狠背延儒，与中官结，刺延儒阴事。十六年四月，大清兵略山东，还至近畿，帝忧甚。大学士吴甡方奉命办流寇，延儒不得已自请视师。帝大喜，降手敕，奖以召虎、裴度，赐章服、白金、文绮、上驷，给金帛赏军。延儒驻通州不敢战，惟与幕下客饮酒娱乐，而日腾章奏捷，帝辄赐玺书褒励。侦大清兵去，乃言敌退，请下兵部议将吏功罪。既归朝，缴敕谕，帝即令藏贮，以识勋劳。论功，加太师，荫子中书舍人，赐银币、蟒服。延儒辞太师，许之。居数日，养性及中官尽发所刺军中事。帝乃大怒，谕府部诸臣责延儒蒙蔽推诿，事多不忍言，令从公察议。陈演等公揭救之，延儒席藁待罪，自请戍边。帝犹降温旨，言“卿报国尽忱，终始勿替，”许驰驿归，赐路费百金，以彰保全优礼之意。及廷臣议上，帝复谕延儒功多罪寡，令免议。延儒遂归。