十九年十一月奏，倭酋关白平秀吉声言明年三月来犯，诏兵部申饬海防。平秀吉者，萨摩州人，初随倭关白信长。会信长为其下所弑，秀吉遂统信长兵，自号关白，劫降六十余州。朝鲜与日本对马岛相望，时有倭夷往来互市。二十年夏五月，秀吉遂分渠帅行长、清正等率舟师逼釜山镇，潜渡临津。时朝鲜承平久，兵不习战，昖又湎酒，弛备，猝岛夷作难，望风皆溃。昖弃王城，令次子珲摄国事，奔平壤。已，复走义州，愿内属。七月，兵部议令驻札险要，以待天兵；号召通国勤王，以图恢复。而是时倭已入王京，毁坟墓，劫王子、陪臣，剽府库，八道几尽没，旦暮且渡鸭绿江，请援之使络绎于道。廷议以朝鲜为国藩篱，在所必争。遣行人薛潘谕昖以兴复大义，扬言大兵十万且至。而倭业抵平壤，朝鲜君臣益急，出避爱州。游击史儒等率师至平壤，战死。副总兵祖承训统兵渡鸭绿江援之，仅以身免。中朝震动，以宋应昌为经略。八月，倭入丰德等郡，兵部尚书石星计无所出，议遣人侦探之，于是嘉兴人沈惟敬应募。惟敬者，市中无赖也。是时秀吉次对马岛，分其将行长等守要害为声援。惟敬至平壤，执礼其卑。行长绐曰：“天朝幸按兵不动，我不久当还。以大同江为界，平壤以西尽属朝鲜耳。”惟敬以闻。廷议倭诈未可信，乃趣应昌等进兵。而星颇惑于惟敬，乃题署游击，赴军前，且请金行间。十二月，以李如松为东征提督。明年正月，如松督诸将进战，大捷于平壤。行长渡大同江，遁还龙山。所失黄海、平安、京畿、江原四道并复，清正亦遁还王京。如松既胜，轻骑趋碧蹄馆，败，退驻开城。事具《如松传》。
初，如松誓师，欲斩惟敬，以参军李应试言而止。至是败，气缩，而应昌急图成功，倭亦乏食有归志，因而封贡之议起。应昌得倭报惟敬书，乃令游击周弘谟同惟敬往谕倭，献王京，返王子，如约纵归。倭果于四月弃王城遁。时汉江以南千有余里朝鲜故土复定，兵部言宜令王还国居守，我各镇兵久疲海外，以次撤归为便。诏可。应昌疏称：“釜山虽濒海南，犹朝鲜境，有如倭觇我罢兵，突入再犯，朝鲜不支，前功尽弃。今拨兵协守为第一策，即议撤，宜少需，俟倭尽归，量留防戍。”部议留江浙兵五千，分屯要害，仍谕昖搜练军实，毋恃外援。已而沈惟敬归自釜山，同倭使来请款，而倭随犯咸安、晋州，逼全罗，声复汉江以南，以王京、汉江为界。如松计全罗饶沃，南原府尤其咽喉，乃命诸将分守要害。已，倭果分犯，我师并有斩获。兵科给事中张辅之、辽东都御史赵耀皆言款贡不可轻受。七月，倭从釜山移西生浦，送回王子、陪臣。时师久暴露，闻撤，势难久羁。应昌请留刘綎川兵，吴惟忠、骆尚志等南兵，合蓟、辽兵共万六千，听綎分布尚之大丘，月饷五万两，资之户兵二部。先是，发帑给军费，已累百万。廷臣言虚内实外非长策，请以所留川兵命綎训练，兵饷令本国自办。于是诏撤惟忠等兵，止留綎兵防守。谕朝鲜世子临海君珒居全庆，以顾养谦为经略。九月，昖以三都既复，疆域再造，上表谢恩。然时倭犹据釜山也，星益一意主款。九月，兵部主事曾伟芳言：“关白大众已还，行长留待。知我兵未撤，不敢以一矢加遗。欲归报关白卷土重来，则风不利，正苦冬寒。故款亦去，不款亦去。沈惟敬前于倭营讲购，咸安、晋州随陷，而俗恃款冀来年不攻，则速之款者，正速之来耳。故款亦来，不款亦来。宜令朝鲜自为守，吊死问孤，练兵积粟，以图自强。”帝以为然，因敕谕昖者甚至。
二十二年正月，昖遣金晬等进方物谢恩。礼部郎中何乔远奏：“晬涕泣言倭寇猖獗，朝鲜束手受刃者六万余人。倭语悖慢无礼，沈惟敬与倭交通，不云和亲，辄曰乞降。臣谨将万历十九年中国被掠人许仪所寄内地书、倭夷答刘綎书及历年入寇处置之宜，乞特敕急止封贡。”诏兵部议。时廷臣交章，皆以罢封贡、议战守为言。八月，养谦奏讲贡之说，贡道宜从宁波，关白宜封为日本王，谕行长部倭尽归，与封贡如约。九月，昖请许保国。帝乃切责群臣阻挠，追褫御史郭实等。诏小西飞入朝，集多官面议，要以三事：一，勒倭尽归巢；一，既封不与贡；一，誓无犯朝鲜。倭俱听从，以闻。帝复谕于左阙，语加周复。十二月，封议定，命临淮侯李宗城充正使，以都指挥杨方亨副之，同沈惟敬往日本，王给金印，行长授都督佥事。
二十三年九月，昖奏立次子珲为嗣。先是，昖庶长子临海君珒陷贼中，惊忧成疾，次子光海君珲收集流散，颇著功绩，奏请立之。礼部尚书范谦言继统大义，长幼定分，不宜僣差，遂不许。至是复奏，引永乐间恭定王例上请，礼臣执奏，不从。二十四年五月，昖复疏请立珲，礼部仍执不可，诏如议。时国储未建，中外恫疑，故尚书范谦于朝鲜易封事三疏力持云。