二十六年正月，邢玠以前役乏水兵无功，乃益募江南水兵，议海运，为持久计。二月，都督陈璘以广兵，刘綎以川兵，邓子龙以浙、直兵先后至。玠分兵三协，为水陆四路，路置大将。中路如梅，东路贵，西路綎，水路璘，各守汛地，相机行剿。时倭亦分三窟。东路则清正，据蔚山。西路则行长，据粟林、曳桥，建砦数重。中路则石曼子，据泗州。而行长水师番休济饷，往来如驶。我师约日并进，寻报辽阳警，李如松败没，诏如梅还赴之，中路以董一元代。
当应泰之劾镐也，昖请回乾断，崇励镇抚，以毕征讨。上不许。又应泰曾以筑城之议为镐罪案，谓坚城得志，启朝鲜异日之患，于是昖奏辨。帝曰：“连年用兵发饷，以尔国素效忠顺故也，毋以人言自疑。”
九月，将士分道进兵，刘綎进逼行长营，约行长为好会。翌日，攻城，斩首九十二。陈璘舟师协堵击，毁倭船百余。行长潜出千余骑扼之，綎不利，退，璘亦弃舟走。麻贵至蔚山，颇有斩获，倭伪退诱之。贵入空垒，伏兵起，遂败。董一元进取晋州，乘胜渡江，连毁二寨。倭退保泗州老营，鏖战下之，前逼新寨。寨三面临江，一面通陆，引海为濠，海艘泊寨下千计，筑金海、固城为左右翼。十月，董一元遣将四面攻城，用火器击碎寨门，兵竞前拔栅。忽营中火药崩，烟焰涨天。倭乘势冲击，固城倭亦至，兵遂大溃，奔还晋州。帝闻，命斩二游击以徇，一元等各带罪立功。是月，福建都御史金学曾报七月九日平秀吉死，各倭俱有归志。十一月，清正发舟先走，麻贵遂入岛山、酉浦，刘綎攻夺曳桥。石曼子引舟师救行长，陈璘邀击败之。诸倭扬帆尽归。自倭乱朝鲜七载，丧师数十万，糜饷数百万，中朝与属国迄无胜算，至关白死而祸始息。
二十七年闰四月，以平倭诏告天下，又敕谕昖曰：“倭奴平秀吉肆为不道，蹂躏尔邦。朕念王世笃忠贞，深用悯恻。七年之中，日以此贼为事。始行薄伐，继示包容，终加严讨。盖不杀乃天之心，而用兵非予得已。安疆靖乱，宜取荡平。神恶凶盈，阴歼魁首，大师乘之，追奔逐北，鲸鲵尽戮，海隅载清，捷书来闻，忧劳始释。惟王虽还旧物，实同新造，振凋起敝，为力倍艰。倭虽遁归，族类尚在。兹命邢玠振旅归京，量留万世德等分布戍守。王宜卧薪尝胆，无忘前耻，惟忠惟孝，缵绍前休。”五月，玠条陈东征善后事宜十事。一，留戍兵，马步水陆共计三万四千有奇，马三千匹。一，定月饷，每年计银九十一万八千有奇。一，定本色，合用米豆，分派辽东、天津、山东等处，每年十三万石。一，留中路海防道。一，裁饷司。一，重将领。一，添巡捕。一，分汛地。一，议操练。一，责成本国。廷臣议：“数年疲耗，今始息肩，自宜内固根本，不当更为繁费。况彼国兵荒之后，不独苦倭之扰，兼苦我兵。故今日善后事宜，仍当商之彼国，先量彼饷之赢绌，始可酌我兵之去留。至于增买马匹，添补标兵，创立巡捕，及至管饷府佐，悉宜停止。”帝命督抚会同国王酌奏。八月，昖献方物，助大工，褒赏如例。十月，请留水兵八千，以资戍守。其撤回官兵，驻札辽阳备警。二十八年四月请将义州等仓遗下米豆运回辽阳。户部议：“输运维艰，莫若径与彼国，振其雕敝，以昭皇仁。”诏曰：“可。”
二十九年二月，兵部覆奏经督条陈七事：“一，练兵士。丽人鸷悍耐寒苦，而长衫大袖，训练无方，宜以束伍之法教之。一，守冲要。朝鲜三面距海，釜山与对马相望，巨济次之，宜各守以重兵，并蔚山、开山等处皆宜戍守。一，修险隘。王京北倚丛山，南环沧海。忠州左右乌、竹二岭，羊肠绕曲，有一夫当关之险。今营垒遗址尚存，亟宜修葺。一，建城池。朝鲜八道，十九无城。平壤西北鸭、浿二江，俱南通海。倘倭别遣一旅占据平壤，则王京声援断绝，皆应修筑屯聚。一，造器械。倭战便陆不便海，以船制重大，不利攻击。今准福唬造百十艘为奇兵，并添造神机百子火箭。一，访异材。朝鲜贵世官，贼世役，一切禁锢，往往走倭走敌，为本国患，宜破格搜采。一，修内治。国家东南临海，以登、旅为门户，镇江为咽喉，应援之兵，不宜尽撤。我自固，亦所以固朝鲜也。”诏朝鲜刻励以行。九月，奏所颁诰命冕服遭变沦失，祈补给，从之。
时倭国内乱，对马岛主平义智悉遣降人还朝鲜，遗书乞和，且扬言秀吉将家康将输粮数十万石为军兴资，以胁朝鲜。朝鲜与对马岛一水相望，岛地不产五谷，资米于朝鲜。兵兴后，绝开市，因百计胁款。秀吉死，我军尽撤，朝鲜畏倭滋甚。欲与倭通款，又惧开罪中国。十二月，昖以岛倭求款来请命。兵部以事难遥度，令总督世德酌议，诏可。三十年十一月，昖言倭使频来要挟和款，兵端渐露，乞选将率兵，督同本国训练修防。帝曰：“曾留将士教习，成法具在，无容再遣。因命其使臣赍敕诫励。三十三年九月，昖复请封珲为世子，礼部仍执立长之议。三十五年四月，昖以家康求和来告，兵部议听王自计而已。由是和款不绝，后三年始画开市之事。