三年，孙恩为乱，东土骚扰，牢之自表东讨，军次虎矰。贼皆死战，敬宣请以骑傍南山趣其后，吴贼畏马，又惧首尾受敌，遂大败。进平会稽，寻加临淮太守，迁后军从事中郎。五年，孙恩又入浃口，高祖戍句章，贼频攻不能拔。敬宣请往为援，贼恩于是退远入海。是时四方云扰，朝廷微弱，敬宣每虑艰难未已，高祖既累破妖贼，功名日盛，故敬宣深相凭结，情好甚隆。元显进号骠骑，敬宣仍随府转，军、郡如故。元显骄淫纵肆，群下化之；敬宣每预燕会，未尝钦酒，调戏之来，无所酬答，元显甚不说。寻进号辅国将军，余如故。
元兴元年，牢之南讨桓玄，元显为征讨大都督，日夜昏酣，牢之骤诣门，不得相见；帝出饯行，方遇公坐而已。桓玄既至溧州，遣信说牢之；牢之以道子昏暗，元显淫凶，虑平玄之日，乱政方始，假手于玄，诛除执政，然后乘玄之隙，可以得志于天下，将许玄降。敬宣谏曰："方今国家乱扰，四海鼎沸，天下之重，在大人与玄。玄藉先父之基，据荆南之势，虽无姬文之德，实为参分之形。一朝纵之，使陵朝廷，威望既成，则难图也。董卓之变，将生于今。"牢之怒曰："吾岂不知今日取玄如反覆手，但平玄之后，令我那骠骑何？"遗敬宣为任，玄板为其府咨议参军。
玄既得志，害元显，废道子，以牢之为征东将军、会稽太守。牢之与敬宣谋共袭玄，期以明旦。值尔日大雾，府门晚开，日旰，敬宣不至，牢之谓所谋已泄，率部曲向白洲，欲奔广陵。而敬宣还京口迎家，牢之寻求不得，谓已为玄所擒，乃自缢死。敬宣奔丧，哭毕，即渡江就司马休之、高雅之等，俱奔洛阳，往来长安，各以子弟为质，求救于姚兴。兴与之符信，令关东募兵，得数千人，复还至彭城间，收聚义故。玄遣孙无终讨冀州刺史刘轨，轨要敬宣、雅之等共据山阳破之，不克。又进昌平涧，战不利，众各离散，乃俱奔鲜卑慕容德。
敬宣素晓天文，知必有兴复晋室者。寻梦丸土服之，既觉，喜曰："丸者桓也。桓既吞矣，吾复本土乎！"乃结青州大姓诸崔、封，并要鲜卑大帅免逵，谋灭德，推休之为主，克日垂发。时刘轨为德司空，大被委任，雅之又欲要轨。敬宣曰："此公年老，吾观其有安齐志，必不动，不可告也。"雅之以为不然，遂告轨，轨果不从。谋颇泄，相与杀轨而去。至淮、泗间，会高祖平京口，手书召敬宣；左右疑其诈，敬宣曰："吾固知其然矣。下邳不诱我也。"即便驰还。既至京师，以敬宣为辅国将军、晋陵太守，袭封武冈县男。是岁，安帝元兴三年也。
桓歆率氐贼杨秋寇历阳，敬宣与建威将军诸葛长民大破之。歆单骑走渡淮，斩杨秋于练固而还。迁建威将军、江州刺史。敬宣固辞，言于高祖曰："仇耻既雪，四海清荡，所愿反身草泽，以终余年。恩遇不遣，遂复僶俛，即目所忝，已为优渥。且盘龙、无忌犹未遇宠，贤二弟位任尚卑，一朝先之，必贻朝野之责。"不许。敬宣既至江州，课集军粮，搜召舟乘，军戎要用，常有储拟。故囗征诸军虽失利退据，因之每即振复。其年，桓玄兄子亮自号江州刺史，寇豫章；亮又遣苻宏寇庐陵，敬宣并讨破之。
初，刘毅之少也，为敬宣宁朔参军。时人或以雄杰许之，敬宣曰："夫非常之才，当别有调度，岂得便谓此君为人豪邪？其性外宽而内忌，自伐而尚人，若一旦遭逢，亦当以陵上取祸耳。"毅闻之，深以为恨。及在江陵，知敬宣还，乃使人言于高祖曰："刘敬宣父子，忠国既昧，今又不豫义始。猛将劳臣，方须叙报，如敬宣之比，宜令在后。若使君不忘平生，欲相申起者，论资语事，正可为员外常侍耳。闻已授其郡，实为过优；寻知复为江州，尤所骇惋。"敬宣愈不自安。安帝反正，自表解职。于是散彻，赐给宅宇，月给钱三十万。高祖数引与游宴，恩款周洽，所赐钱帛车马及器服玩好，莫与比焉。寻除冠军将军、宣城内史、襄城太守。宣城多山县，郡旧立屯以供府郡费用，前人多发调工巧，造作器物。敬宣到郡，悉罢私屯，唯伐竹木，治府舍而已。亡叛多首出，遂得三千余户。
高祖方大相宠任，欲先令立功。义熙三年，表遣敬宣率众五千伐蜀。国子博士周祗书谏高祖曰："自义旗之建，所征无不必克，此可谓天人交助，信顺之征也。今大难已夷，君臣俱泰。顷五谷转丰，民无饥苦，劫盗之患，亦为弭息，比诚渐足无事，宜大宁治本。蜀贼宜平，六合宜一，非为不尔也。古人有言，天时不如地利，地利不如人和。今往伐蜀，万有余里，溯流天险，动经时岁。若此军直指成都，径禽谯氏者，复是将帅奋威，一快之举耳。然益士荒残，野无青草，成都之内，殆无孑遗。计得彼利，与今行军之费，不足相补也。而今往艰险，雨雪方降，驱三州三吴之人，投之三巴三蜀之土，其中疾病死亡，岂可称计。此一疑也。贼必不守穷城，将决力战。今我往劳困，彼来甚逸。若忽使师行不利，人情波骇，大势挫衄。此二疑也。且千里馈粮，士有饥色。况今溯险万里，所在无储。若连兵不解，运漕不继，虽韩、白之将，何以成功。此三疑也。今云可征者皆云：'彼亲离众叛。'愚谓不然。彼以一匹夫，而能致今日之事，若众力离散，亦何以至此。官所遣兵皆乌合受募之人，亦必无千人一心，有前无退矣。为治者固先定其内而理其外，先安其近而怀其远。自顷狂狡不息，诛戮相继，未可谓人和也。天险如彼，未可谓地利也。毛修之家仇不雪，不应以得死为恨；刘敬宣蒙生存之恩，亦宜性命仰报。今将军欲驱二死之甘心，而忘国家之重计，愚情窃所未安。阙门之外，非所宜豫，苟其有心，不觉披尽。"不从。