世祖践阼，以庆之为领军将军，加散骑常侍，寻出为使持节、督南兖、豫、徐、兖四州诸军事、镇军将军、南兖州刺史，常侍如故，镇盱眙。上伐逆定乱，思将帅之功，下诏曰："朕以不天，有生罔二，泣血千里，志复深逆，鞠旅伐罪，义气云踊，群帅仗节，指难如归。故曾未积旬，宗社载穆，遂以眇身，猥纂大统。永念茂庸，思崇徽锡。新除使持节、散骑常侍、都督南兖、豫、徐、兖四州诸军事、镇军将军、南兖州刺史沈庆之，新除散骑常侍、领军将军柳元景，新除散骑常侍、右卫将军宗悫，督兖州诸军事、辅国将军、兖州刺史徐遗宝，宁朔将军、始兴太守沈法系，骠骑谘议参军顾彬之，或尽诚谋初，宣综戎略；或受命元帅，一战宁乱；或禀奇军统，协规效捷，偏师奉律，势振东南。皆忠国忘身，义高前烈，功载民听，诚简朕心。定赏策勋，兹焉攸在，宜列土开邑，永蕃皇家。庆之可封南昌县公，元景曲江县公，并食邑三千户。悫洮阳县侯，食邑二千户。遗宝益阳县侯，食邑一千五百户。法系平固县侯，彬之阳新县侯，并食邑千户。"又特临轩召拜。又使庆之自盱眙还镇广陵。
孝建元年正月，鲁爽反，上遣左卫将军王玄谟讨之，军溯淮向寿阳，总统诸将。寻闻荆、江二州并反，征庆之入朝，率所领屯武帐岗，甲仗五十人入六门。鲁爽先遣弟瑜进据蒙茏，历阳太守张幼绪率军讨瑜，值爽至，众散而反。乃遣庆之济江讨爽。爽闻庆之至，连营稍退，自留断后。庆之与薛安都等进与爽战，安都临阵斩爽。进庆之号镇北大将军，进督青、冀、幽三州，给鼓吹一部。前军破贼，转位等后至追蹑一阶。寻与柳元景俱开府仪同三司，辞。改封始兴郡公，户邑如故。
庆之以年满七十，固请辞事，上嘉其意，许之。以为侍中、左光禄大夫、开府仪同三司，又固让，上不许。表疏数十上，又面陈曰："张良名贤，汉高犹许其退；臣有何用，必为圣朝所须。"乃至稽颡自陈，言辄泣涕。上不能夺，听以郡公罢就第，月给钱十万，米百斛，卫史五十人。大明元年，又申前命，复固辞。
三年，司空竟陵王诞据广陵反，复以庆之为使持节、都督南兖、徐、兖三州诸军事、车骑大将军、开府仪同三司、南兖州刺史，率众讨之。至欧阳，诞遣客庆之宗人沈道愍赍书说庆之，饷以玉钚刀，庆之遣道愍反，数以罪恶。庆之至城下，诞登楼谓之曰："沈君白首之年，何为来？"庆之曰："朝廷以君狂愚，不足劳少壮，故使仆来耳！"上虑诞北奔，使庆之断其走路。庆之移营白土，去城十八里。夕进新亭，诞果出走，不得去，还城，事在《诞传》。
庆之进营洛桥西，焚其东门，值雨不克。庆之兄子僧荣，时为兖州刺史，镇瑕丘，遣子怀明率数百骑诣受庆之节度。庆之塞渐，造攻道，立行楼土山，并诸攻具。时夏雨，不得攻城，上使御史中丞庾徽之奏免庆之官以激之，诏无所问。诞饷庆之食，提挈者百余人，出自北门，庆之不问，悉焚之。诞于城上授函表，倩庆之为送，庆之曰："我奉诏讨贼，不得为汝送表。汝必欲归死朝廷，自应开门遣使，吾为汝送护之。"每攻城，辄身先士卒。上戒之曰："卿为统任，当令处分有方，何蒙楯城下，身受矢石邪。脱有伤挫，为损不少。"自四月至于七月，乃屠城斩诞。进庆之司空，又固让。于是与柳元景并依晋密陵侯郑袤故事，朝会庆之位次司空，元景在从公之上，给恤吏五十人，门施行马。
四年，西阳五水蛮复为寇，庆之以郡公统诸军讨之，攻战经年，皆悉平定，获生口数万人。居清明门外，有宅四所，室宇甚丽。又有园舍在娄湖，庆之一夜携子孙徙居之，以宅还官。悉移亲戚中表于娄湖，列门同闬焉。广开田园之业，每指地示人曰："钱尽在此中。"身享大国，家素富厚，产业累万金，奴僮千计。再献钱千万，谷万斛。以始兴优近，求改封南海郡，不许。妓妾数十人，并美容工艺。庆之优游无事，尽意欢愉，非朝贺不出门。每从游幸及校猎，据鞍陵厉，不异少壮。太子妃上世祖金镂匕箸及杅杓，上以赐庆之，曰："卿辛勤匪殊，欢宴宜等，且觞酌之赐，宜以大夫为先也。"上尝欢饮，普令群臣赋诗，庆之手不知书，眼不识字，上逼令作诗，庆之曰："臣不知书，请口授师伯。"上即令颜师伯执笔，庆之口授之曰："微命值多幸，得逢时运昌。朽老筋力尽，徒步还南岗。辞荣此圣世，何愧张子房。"上甚悦，众坐称其辞意之美。