元帝即位，授镇卫将军、司徒，加班剑二十人，改封永宁郡公，侍中、尚书令如故。先是，天监中沙门释宝志为谶云："太岁龙，将无理。萧经霜，草应死。余人散，十八子。"时言萧氏当灭，李氏代兴。及湘州贼陆纳等攻破衡州刺史丁道贵，而李洪雅又自零陵称助讨纳。既而朝廷未达其心，诏征僧辩就宜丰侯循南征，为都督东上诸军事。以陈武帝为都督西下诸军事。先是，陈武让都督于僧辩，僧辩不受，故元帝分为东西都督而俱南讨焉。寻而洪雅降纳，纳以为应符，于是共议拜洪雅为大将军，尊事为主。洪雅乘平肩大舆，繖盖、鼓吹，羽仪悉备，翼从入长沙城。时纳等据车轮，夹岸为城，士卒皆百战之余，器甲精严，徒党勇锐，蒙冲斗舰，亘水陵山。时天日清明，初无云雾，军发之际，忽然风雨，时人谓为泣军，百姓窃言知其败也。三月庚寅，有两龙自城西江中腾跃升天，五色分明，遥映江水。百姓咸仰面目之，父老或聚而悲，窃相谓曰："地龙已去，国其亡乎？"初，纳造大舰，一名曰三王舰者，邵陵王、河东王、桂阳嗣王三人，并为元帝所害，故立其像于舰，祭以太牢，加其节盖羽仪鼓吹，每战辄祭之以求福。又造二舰，一曰青龙舰，一曰白虎舰，皆衣以牛皮，并高十五丈，选其中尤勇健者乘之。僧辩惮之，稍作连城以逼焉。贼不敢交锋，并怀懈怠。僧辩因其无备，亲执旗鼓以诫进止，群贼大败，归保长沙。僧辩乃命筑垒围之，而自出临视。贼知不设备，其党吴藏、李贤明等蒙楯直进，僧辩尚据胡床下为之动，指麾勇敢，遂斩贤明，贼乃退归。初，陆纳作逆，以王琳为辞，云"若放琳则自服"。时众军未之许，而武陵王纪拥众上流，内外骇惧。元帝乃遣琳和解之，湘州乃平。因被诏会众军西讨。寻而武陵败绩。
是时，齐遣郭元建谋袭建邺，又遣其大将东方老等继之。陈武帝闻之，驰报江陵。元帝即诏僧辩急下赴援。僧辩次姑孰，即留镇焉。先命豫州刺史侯瑱筑垒于东关以拒北军，征吴郡太守张彪、吴兴太守裴之横会瑱而大败之。僧辩振旅归建邺。
承圣三年二月，诏以僧辩为太尉、车骑大将军。顷之丁母忧。母姓魏氏，性甚安和，善于绥接，家门内外莫不怀之。初，僧辩下狱，母流泪徒行，将入谢罪，元帝不与相见。时贞惠世子有宠，母诣阁自陈无训，涕泗呜咽，众并矜之。及僧辩罪免，母深相责厉，辞色俱严。虽克复旧都，功盖宇宙，母恒自谦损，不以富贵骄物，朝野称之，谓为明哲妇人。及亡，甚见愍悼，且以僧辩勋重，故丧礼加焉。命侍中、谒者监护丧事，谥曰贞敬太夫人。灵柩将归建康，又遣谒者至舟渚吊祭。其年十月，魏遣兵及梁王察合众将袭江陵，元帝征僧辩于建邺，为大都督、荆州刺史。未至，而荆州已灭。
及敬帝初即梁王位，僧辩预援立功，承制进骠骑大将军、中书监、都督中外诸军事、录尚书。与陈武帝参谋讨伐。时齐文宣又纳贞阳侯明以为梁嗣，与僧辩书，并贞阳亦频与僧辩书，论还国继统之事。僧辩不纳。及贞阳与齐上党王高涣至东关，散骑常侍裴之横军败，僧辩遂谋纳贞阳，仍书定君臣之礼。因遣第七子显、显所生刘并弟子珍往充质，遣左户尚书周弘正至历阳迎明。又遣吏部尚书王通送启，因求以敬帝为皇太子。明报书许之。僧辩遣使送质于邺，贞阳求度卫士三千。僧辩虑其为变，止受散卒千人而已，并遣龙舟法驾往迎。贞阳济江之日，僧辩拥楫中流，不敢就岸，末乃同会于江宁浦。明践位，授僧辩大司马，领太子太傅、扬州牧，余如故。
陈武帝时为司空、南徐州刺史，因自京口举兵袭之。僧辩常处石头城，是日视事，军人已逾城北而入，南门又白有兵来。僧辩与子頠遽走出阁，计无所出，乃据南门楼拜请求哀。陈武纵火焚之，方共頠下就执。陈武谓曰："我有何辜，公欲与齐师赐讨？"又曰："何意全无防备？"僧辩曰："委公北门，何谓无备？"是夜，及子頠俱被绞杀。初，僧辩平建邺，遣陈武守京口，推以赤心，结廉、蔺之分。且为第三子頠许娶陈武章后所生女，未昏而僧辩母亡，虽然，情好甚密，其长子顗屡谏不听。至是，会江淮人报云"齐兵大举至寿春"，僧辩谓齐军必出江表，因遣记室参军江旴以事报陈武，仍使整舟舰器械。陈武宿有图僧辩志，及闻命，留旴城中，衔枚而进。知谋者唯侯安都、周文育而已，外人但谓江旴征兵扞北。安都舟舰将趣石头，陈武控马未进。安都大惧，乃追陈武骂曰："今日作贼，事势已成，生死须决，在后欲何所望？若败俱死，后期得免斫头邪？"陈武曰："安都嗔我。"乃敢进，遂克之。时寿春竟无齐军，又非陈武之谲，殆天授也。