武帝诛王僧辩，令文育督众军，会文帝于吴兴，围克杜龛。又济江袭会稽太守张彪，得其郡城。及文帝为彪所袭，文育时顿城北香岩寺，文帝夜往趋之。彪又来攻，文育苦战，遂破平彪。
武帝以侯瑱拥据江州，命文育讨之，仍除南豫州刺史，率兵袭盆城。未克，徐嗣徽引齐人度江，据芜湖，诏征文育还都。嗣徽等乃列舰于青墩至于七矶，以断文育归路。及夕，文育鼓噪而发，嗣徽等不能制。至旦，反攻嗣徽，嗣徽骁将鲍砰独以小舰殿，文育乘单舴艋，跳入砰舰，斩砰，仍牵其舰而还，贼众大骇。因留船芜湖，自丹阳步上。时武帝拒嗣徽于白城，适与文育会。将战，风急，武帝曰："矢不逆风。"文育曰："事急矣，当决之，何用古法？"抽槊上马而进，众军随之，风亦寻转，杀伤数百人。嗣徽等移营莫府山，文育徙顿对之。频战功最。进爵寿昌县公，给鼓吹一部。
及广州刺史萧勃举兵逾岭，诏文育督众军讨之。时新吴洞主余孝顷举兵应勃，遣其弟孝劢守郡城，自出豫章，据于石头。勃使其子孜，将兵与孝顷相会，又遣其别将欧阳頠顿军苦竹滩，傅泰据塶口城，以拒官军。官军船少，孝顷有舴艋三百艘、舰百余乘在上牢，文育遣军主焦僧度、羊柬，潜军袭之，悉取而归，仍于豫章立栅。时官军食尽，欲退还，文育不许。乃使人间行，遗周迪书，约为兄弟，并陈利害。迪得书甚喜，许馈以粮。于是文育分遣老小，乘故船舫沿流俱下，烧豫章所立栅，伪退。孝顷望之大喜，因不设备。文育由间道信宿达芊韶。芊韶上流则欧阳頠、萧勃，下流则傅泰、余孝顷，文育据其中间，筑城飨士，贼徒大骇。欧阳頠乃退入泥溪，作城自守。文育遣严威将军周铁武与长史陆山才袭頠，禽之。于是盛陈兵甲，与頠乘舟而宴，以巡傅泰城下，因攻泰，克之。萧勃在南康，闻之，众皆股栗。其将谭世远斩勃欲降，为人所害。世远军主夏侯明彻，持勃首以降。萧孜、余孝顷犹据石头，武帝遣侯安都助文育攻之，孜降文育，孝顷退走新吴，广州平。文育还顿豫章，以功授开府仪同三司。
王琳拥据上流，诏侯安都为西道都督，文育为南道都督，同会武昌。与琳战于沌口，为琳所执，后得逃归，请罪，诏不问，复其官爵。及周迪破余孝顷，孝顷子公扬、弟孝劢犹据旧栅，扰动南土，武帝复遣文育及周迪、黄法〈奭斗〉等讨之。豫章内史熊昙朗亦率众来会。文育遣吴明彻为水军，配周迪运粮，自率众军入象牙江，筑城于金口。公扬伪降，谋执文育，事觉，文育囚之送都，以其部曲分隶众军。乃舍舟为步军，进据三陂。王琳遣将曹庆救孝劢，分遣主帅常众爱与文育相拒。自帅所领攻周迪、吴明彻军。迪等败，文育退据金口。熊昙朗因其失利，谋害文育以应众爱。文育监军孙白象颇知其事，劝令先之。文育曰："不可。我旧兵少，客军多，若取昙朗，人皆惊惧，亡立至矣，不如推心抚之。"初，周迪之败，弃船走，莫知所在。及得迪书，文育喜，赍示昙朗，昙朗害之于坐。武帝闻之，即日举哀，赠侍中、司空，谥曰忠愍。初文育之据三陂，有流星坠地，其声如雷，地陷方一丈，中有碎炭数斗。又军市中忽闻小儿啼，一市并惊，听之在土下，军人掘焉，得棺，长三尺，文育恶之。俄而迪败，文育见杀。天嘉二年，有诏配享武帝庙庭。子宝安嗣。文育本族兄景曜，因文育官至新安太守。
宝安，字安民，年十余岁，便习骑射。以贵公子骄蹇游逸，好狗马，乐驱驰，靡衣偷食。文育之为晋陵，以征讨不遑之郡，令宝安监知郡事，尤聚恶少年，武帝患之。及文育西征败绩，絷于王琳，宝安便折节读书，与士君子游，绥御文育士卒，甚有威惠。文育归，复除吴兴太守。文育为熊昙朗所害，征宝安还，起为猛烈将军，领其旧兵，仍令南讨。文帝即位，深器重之，寄以心膂，精卒多配焉。及平王琳，颇有功。周迪之破熊昙郎，宝安南入，穷其余烬。天嘉二年，重拜吴兴太守，袭封寿昌县公。三年，征留异，为侯安都前军。异平，除给事黄门侍郎、卫尉卿。再迁左卫将军，领卫尉卿。卒，谥曰成。
子芃嗣，位晋陵、定远二郡。
侯瑱，字伯玉，巴西充国人也。父弘远，累世为西蜀酋豪。蜀贼张文萼据白崖山，有众万人。梁益州刺史鄱阳王萧范命弘远讨之，弘远战死。瑱固请复仇，每战先锋，遂斩文萼，由是知名。因事范，范委以将节之任。山谷夷、獠不附者，并遣瑱征之。累功授轻车府中兵参军、晋康太守。范为雍州刺史，瑱除冯翊太守。范迁镇合肥，瑱又随之。