世宗将行郊祀，议配享，琚曰：「配者，侑神作主也。自外至者无主不止，故推祖考以配天，同尊之也。《孝经》曰：'郊祀后稷以配天。'汉、魏、晋皆以一帝配之。唐高宗始以高祖、太宗崇配。垂拱初，以高祖、太宗、高宗并配。玄宗开元十一年，罢同配之礼，以高祖配。宋太宗时，以宣祖、太祖配。真宗时以太祖、太宗配。仁宗时，有司请以三帝并侑，遂以太祖、太宗、真宗并配。其后礼院议对越天地、神无二主，当以太祖配。此唐、宋变古以三帝配天，终竟依古以一祖配也。将来亲郊合依古礼，以一祖配之。」上曰：「唐、宋不足为法，止当奉太祖皇帝配之。」琚尝请命太子习政事，或谮之曰：「琚希恩东宫。」世宗察其无他，以此言告之，琚对曰：「臣本孤生，蒙陛下拔擢，备位执政，兼师保之任。臣愚以为太子天下之本，当使知民事，遂言及之。」因乞解少师。十年二月，祭社，有司奏请御署祝版，上问琚曰：「当署乎？」琚曰：「故事有之。」上曰：「祭祀典礼，卿等慎之，无使后世讥诮。熙宗尊谥太祖，宇文虚中定礼仪，以常朝服行事。当时朕虽童稚，犹觉其非。」琚曰：「祭祀，大事也，非故事不敢行。」
上谓琚曰：「女直人往往径居要达，不知闾阎疾苦。卿尝为丞簿，民间何事不知，凡利害极陈之。」上与宰臣议铸钱，或以铸钱工费数倍，欲采金银坑冶，上曰：「山泽之利可以与民，惟钱币不当私铸。若财货流布四方，与在官何异。」琚进曰：「臣闻天子之富藏于天下，正如泉源欲其流通耳。」上问琚曰：「古亦有百姓铸钱者乎？」对曰：「使百姓自铸，则小人图厚利，钱愈薄恶，古所以禁也。」
时民间往往造作妖言，相为党与谋不轨，事觉伏诛。上问宰臣曰：「南方尚多反侧，何也？」琚对曰：「南方无赖之徒，假托释道，以妖幻惑人。愚民无知，遂至犯法。」上曰：「如僧智究是也。此辈不足恤，但军士讨捕，利取民财，害及良民，不若杜之以渐也。」智究，大名府僧，同寺僧苑智义与智究言，《莲华经》中载五浊恶世佛出魏地，《心经》有梦想究竟涅槃之语，汝法名智究，正应经文，先师藏瓶和尚知汝有是福分，亦作颂子付汝。智究信其言，遂谋作乱，历大名、东平州郡，假托抄化，诱惑愚民，潜结奸党，议以十一年十二月十七日先取兗州，会徒峄山，以「应天时」三字为号，分取东平诸州府。及期向夜，使逆党胡智爱等，劫旁近军寨，掠取甲仗，军士击败之。会傅戩、刘宣亦于阳谷、东平上变。皆伏诛，连坐者四百五十余人。
宗室子或不胜任官事，世宗欲授散官，量与廪禄，以赡足之，以问宰臣曰：「于前代何如？」琚对曰：「尧亲九族，周家内睦九族，皆帝王盛事也。」琚之将顺，多此类。
十三年，上表乞致仕。十六年，再表乞致仕。皆不许。参知政事唐括安礼忤上意，出为横海军节度使，数年不复召。琚对便殿，从容进曰：「唐括安礼忠直，久在外官。」世宗深然之，遂自南京留守召为尚书右丞。琚尝举室绍先以为右司员外郎，绍先中风暴卒，上甚惜之，谓琚曰：「卿之所举也。」感叹者再三。
十七年，拜平章政事，封莘国公。明年，拜右丞相。修起居注移剌杰上书言：「朝奏屏人议事，史官亦不与闻，无由纪录。」上以问宰相，琚与右丞唐括安礼对曰：「古者史官，天子言动必书，以儆戒人君，庶几有畏也。周成王剪桐叶为圭，戏封叔虞，史佚曰：'天子不可戏言，言则史书之。'以此知人君言动，史官皆得记录，不可避也。」上曰：「朕观《贞观政要》，唐太宗与臣下议论，始议如何，后竟如何，此政史臣在侧记而书之耳。若恐漏泄几事，则择慎密者任之。」朝奏屏人议事，记注官不避自此始。
以年老衰病固辞，上曰：「朕知卿年老，勉为朕留，俟一二年，朕将思之。」上谓宰臣曰：「朕为天子，未尝敢专行独断，每事遍问卿等，可行则行之，不可则止也。」琚与平章政事唐括安礼奏曰：「好问则裕，自用则小，陛下行之，天下幸甚。」居一年，复表致仕，乃许。诏以一孙为阁门祗候。即命驾归乡里。久之，世宗谓宰臣：「知人最为难事，近来左选多不得人。惟石琚为相时，往往举能其官，左丞移剌道、参政粘割斡特剌举右选，颇得之。朕常以不能遍识人材为不足。此宰相事也，左右近侍虽常有言，朕未敢轻信。」又曰：「近日刺史县令多阙员，当择干济者除之，资级不到庸何伤。」又曰：「惟石琚最为知人。」