四十六年五月，决睢宁魏家庄，大溜注洪泽湖。七月，决仪封，漫口二十馀，北岸水势全注青龙冈。十二月，将塞复蛰塌，大溜全掣由漫口下注。四十七年，两次堵塞，皆复蛰塌。阿桂等请自兰阳三堡大坝外增筑南堤，开引河百七十馀里，导水下注，由商丘七堡出堤归入正河，掣溜使全归故道，曲家楼漫口自可堵闭。上从其言。明年二月，引河成，三月塞。四十九年八月，决睢州二堡，仍遣阿桂赴工督率，十一月塞。
先是上念豫工连岁漫溢，堤防外无宣泄之路，欲就势建减水坝，俾大汛时有所分泄，下阿桂及河、抚诸臣勘议。至是，阿桂等言：“豫省堤工，荥泽、郑州土性高坚，距广武山近，毋庸设减坝。中牟以下，沙土夹杂，或系纯沙，建坝不能保固。至堤南泄水各河，惟贾鲁河系泄水要路。经郑州、中牟、祥符、尉氏、扶沟、西华至周家口入沙河。又惠济系贾鲁支河，二河窄狭淤垫，如须减黄，应大加挑浚，需费浩繁，非一时所能集事。惟兰、仪、高家寨河势坐湾，若挑濬取直，引溜北注，河道可以畅行。”上然之。五十一年秋，决桃源司家庄、烟墩，十月塞。明年夏，复决睢州，十月塞。十二月，山西河清二旬，自永宁以下长千三百里。五十四年夏，决睢宁周家楼，十月塞。五十九年，决丰北曲家庄，寻塞。
嘉庆元年六月，决丰汛六堡，刷开运河余家庄堤，水由丰、沛北注山东金乡、鱼台，漾入昭阳、微山各湖，穿入运河，漫溢两岸，江苏山阳、清河多被淹。南河总督兰锡第导水入蔺家山坝，引河由荆山桥分达宿迁诸湖，又启放宿迁十家河竹络坝、桃源顾家庄堤，泄水仍入河下注，并於漫口西南挑挖旧河，引溜东趋入正河，绘图以闻。上令取直向南而东，展宽开挖，俾溜势直注正河，较为得力。命两江总督苏凌阿、山东布政使康基田会勘筹办。十一月，复因凌汛蛰塌坝身二十馀丈，时苏凌阿按事江西，改命东河总督李奉翰赴工会办。明年二月塞，加奉翰太子太保，调督两江，兼管南河事。是年七月，河溢曹汛二十五堡。
三年春，坝工再蛰，奉翰自劾，遣大学士刘墉、尚书庆桂履勘，并责问奉翰等因循。墉等言漫口已跌成塘，眴届凌汛，请展至秋后兴工。八月，溢睢州，水入洪泽湖。上游水势既分，曹工遂以十月塞。明年正月，睢工亦塞。三月，以河南布政使吴璥署东河总督。璥言：“豫东两岸堤工丈尺加增，而淤垫如故，病在丰、曹、睢叠经漫溢，虽塞后顺轨安澜，然引河不能宽畅，且徐城河狭，旁泄过多，遂成中梗。去淤之法，惟在束水攻沙，以堤束水。闻江南河臣康基田培筑堤工，极为认真，应令酌看堤埽情形，守护闸坝，宣泄有度，自可日见深通。”上命与基田商办。八月，决砀汛邵家坝。十二月，已塞复渗漏，又料船不戒，延烧殆尽，基田夺职留工，调璥督南河，以河南布政使王秉韬为东河总督，移东河料物迅济南河。
五年冬，邵家坝塞。六年九月，溢萧南唐家湾，十一月塞。八年九月，决封丘衡家楼，大溜奔注，东北由范县达张秋，穿运河东趋盐河，经利津入海。直隶长垣、东平、开州均被水成灾。上饬布政使瞻住抚恤，复遣鸿胪卿通恩等治赈，兵部侍郎那彦宝赴工，会同东河总督嵇承志堵筑。明年二月塞。
十年闰六月，两江总督铁保言：“河防之病，有谓海口不利者，有谓洪湖淤垫者，有谓河身高仰者。此三说皆可勿论。惟宜专力於清口，大修各闸坝，借湖水刷沙而河治。湖水有路入黄，不虞壅滞，而湖亦治。”上嘉其言明晰扼要。“至谓清水敌黄，所争在高下不在深浅，所论固是，但湖不深，焉能多蓄？是必蓄深然后力能敌黄。俟大汛后，会商南河总督徐端，迅将高堰五坝，及各闸坝支河，酌量施工。”时有议由王营减坝改河经六塘河入海者，铁保偕南河总督戴均元上言：“新河堤长四百里，中段漫水甚广，急难施工，必须二三年之久，约费三四百万。堵筑减坝，不过二三月，费只二百馀万。且旧河有故道可寻，施工较易。”上从之。十一年四月，兵部侍郎吴璥再督东河。六月，复置南副总河，降徐端为之。七月，决宿迁周家楼。八月，决郭家房。先后塞之。
十二年六月，漫山、安马港口、张家庄，分流由灌口入海，旋塞。七月，决云梯关外陈家浦，分流强半由五辛港入射阳湖注海。十三年二月，陈家浦塞。铁保等请复毛城铺石坝、王营减坝，培两岸大堤，接筑云梯关外长堤，及培高堰、山盱堤后土坡。遣大学士长麟等驰勘。太仆寺卿莫瞻菉言：“河入江南，惟资淮以为抵御。淮萃七十二河之水汇於洪泽，以堰、盱石堤五坝束之，令出清口汇黄入海，此即束水攻沙之道。今治南河，宜先治清口，保守五坝。五坝不轻启泄，则湖水可并力刷黄。黄不倒灌，运河自可疏通。今河臣请接筑云梯关外长堤二百馀里，则於坐湾取直处，必须添筑埽段以为防护。既设修防，必添建厅营，多设官兵。是徒多糜费之烦，未必收束刷之效。至谓修复毛城滚坝，挑挖洪、濉，为减黄流异涨，以保徐城则可，若恃此助清济运则不可。自黄水入湖淤停，水势奔注，堰、盱五坝且难防守，又何能使之畅出清口？故加培五坝，使湖水畅出，悉力敌黄，顺流直下，即可淘刷河身以入海。”御史徐亮言：“铁保等条陈修防各事，惟於原议高堰石坦坡，未曾筹及蓄清刷黄，专在固守高堰，实得全河关键，以柔制刚，其法最善。风浪冲击，至坡则平。然全堰俱得坦坡外护，则五坝可永闭不开，清水可全力刷黄，淮阳可长登衽席，此万世永图而目前急务也。海口，尾闾也。清口，咽喉也。高堰则心腹也。要害之地，宜先著力。”璥亦以为言。长麟等覆称：“毛城坝易致冲决，应无庸议。王营减霸积水太深，难以施工。请改建滚坝於其西，并添筑石坝。至碎石坦坡，工段绵长，时难猝办，先筑土坡。”馀如铁保言。均元病免，端复督南河。