二十二年，添建高邮东堤石坝，酌定水则，视水势大小以为启闭。巡漕给事中海明言：“江南运河，惟桃源之古城砂礓，溜滩湾沙积，黄河以南，惟扬州之湾头闸至范公祠三千三百馀丈间段阻浅，均应挑濬。镇江至丹徒、常州，水本无源，恃江潮灌注，冬春潮小则浅。加以每日潮汐易淤，两岸土松易卸，应六年大挑一次，否则三年亦须择段捞浅。丹徒两闸以下，常州之武进等县，亦间段浅滞，均应一律挑濬。”诏：“挑河易滋浮冒，宜往来查察，毋得属之委员。”
二十四年，命海明及河督张师载、东抚阿尔泰会勘直、东运河。初，运河水涨，漫溢德州等处，景州一带道路淤阻。至是，海明等言：“漳、卫二河，伏秋盛涨，宜旁加疏泄。自临清至恩县四女寺二百五十馀里，河身盘曲，临清塔湾东岸原有沙河一，即黄河遗迹，由清平、德州、高唐入马颊河归海。请开挑作滚水石坝，使汶、卫合流，分泄水势。四女寺、哨马营两支河，原系旁泄汶、卫归海之路，请将狭处展宽，以免下游德州等处冲溢。”二十五年，巡漕给事中耀海偕师载言：“南旺以北仅马踏一湖，水患不足。独山湖有金线闸，水祗南流，利济闸水可北注。请移金线闸於柳林闸北，使独山诸湖全注北运河。”制可。二十七年，以鱼台辛庄桥北旧有泄水口二，口门刷深，难以节制，允师载等请改建滚坝一。是岁，挑德州西方菴对岸引河，自魏家庄至新河头，长四十丈，建筑齐家庄挑溜埽坝，接筑清口东西坝，修李家务石闸。二十八年，用阿尔泰言，於临清运河逼近村庄处开引河五，以分水势。
三十三年，黄水入运，命大学士刘统勋等往开临黄坝，以泄盛涨，并疏濬运河淤浅。三十七年，河督姚立德言：“泗河下流董家口向建石坝分泄，今泗水南趋，转为石坝所累。请拆去，并展宽孟家桥旧石桥。”如所请行。五十年，命大学士阿桂履勘河工。阿桂言：“臣初到此间，询商萨载、李奉翰及河上员弁，多主引黄灌湖之说。本年湖水极小，不但黄绝清弱，至六月以后，竟至清水涓滴无出，又值黄水盛涨，倒灌入运，直达淮、扬。计惟有借已灌之黄水以送回空，蓄积弱之清水以济重运。查本年二进粮艘行入淮河，全藉黄水浮送，方能过淮渡黄，则回空时虽值黄水消落，而空船吃水无多，设法调剂，似可衔尾遄行。”借黄济运，自此始也。五十一年，运河盛涨，致淮安迤下东岸泾河泄水石闸墙蛰底翻，难资启闭。越五年，山阳、宝应士民修复之。
嘉庆元年，河决丰汛，刷开南运河佘家庄堤，由丰、沛北注金乡、鱼台，漾入微山、昭阳各湖，穿入运河，漫溢两岸。是冬，漫口塞，凌汛复蛰陷。次年，东西两坝并蛰，二月工始竣。自丰工决后，若曹工、睢工、衡工，几於无岁不决。九年，因山东运河浅塞，大加濬治；又预蓄微山诸湖水为利运资。然自是以后，黄高於清，漕艘转资黄水浮送，淤沙日积，利一而害百矣。十二年，仓场侍郎德文等请挑修张家湾正河，堵筑康家沟以复运道，御史贾允升请挑濬减河，均下直督温承惠勘办。承惠请濬温榆河上游。上命侍郎托津、英和偕德文等覆勘。寻奏言：“频年漕运皆藉温榆下游倒漾之水，以致泥沙淤积。若从上游深挑，直抵石坝，实为因势利导。惟地势高下，须逐细测量，俾全河毫无滞碍方善。”制可。
十三年，通州大水，康家沟坝冲决成河，张家湾河道遂淤。仓场侍郎达庆请来年粮艘由康家沟试行一年，暂缓挑复张家湾河身。上命尚书吴璥往勘，与达庆议合，遂允之。明年，御史史祜言，康家沟河道难行，请复张家湾正河。下直督温承惠。承惠言：“康家沟溜势奔腾，漕船逆流而上，大费纤輓。该处地势正高，恐旱乾之岁，河水一泻无馀，漕行更为棘手。惟张家湾两岸沙滩，坝基难立，而正河积淤日久，挑濬亦甚不易。”上复遣工部尚书戴均元往勘，亦言坝基难立，且时日已迫，恐河道未复，漕运已来，请仍由康家沟行，再察看一年酌定。如所请行。时淮、扬运河三百馀里浅阻，两淮盐政阿克当阿请俟九月内漕船过竣，堵闭清江三坝，筑坝断流，自清江至瓜洲分段挑濬。下部议。覆称：“近年运河浅阻，固由叠次漫口，而漫口之故，则由黄水倒灌，倒灌之故，则由河底垫高，清水顶阻，不能不借黄济运，以致积淤溃决，百病丛生。是运河为受病之地，而非致病之原。果使清得畅出敌黄，并分流济运，则运口内新淤不得停留，旧淤并可刷涤。若不除倒灌之根，而亟亟以挑濬运河为事，恐旋挑旋淤，运河之挑濬愈深，倒灌之势愈猛，决堤吸溜，为患滋多。”命尚书托津等偕河督勘办。十八年，漕督阮元以邳、宿运河闸少，水浅沙停，请於汇泽闸上下添建二闸。下江督百龄核奏。