道光元年，山东河湖山水并发，戴村坝迤北堤埝漫决六十馀丈，草工刷三十馀丈，四女寺支河南岸汶水旁泄处三。用巡抚姚祖同言，於正河旁旧河形内抽沟导水济运，兼顾湖潴。三年，漫直隶王家庄，由各厅汛赔修。是岁添筑戴村坝北官堤碎石坝四。四年，侍讲学士潘锡恩陈借黄济运之弊，略言：“蓄清敌黄，为相传成法。今年张文浩迟堵御黄坝，致倒灌停淤，酿成巨患。若更引黄入运，河道淤满，处处壅溢，恐有决口之患。”下尚书文孚等妥议。
自嘉庆之季，黄河屡决，致运河淤垫日甚，而历年借黄济运，议者亦知非计，於是有筹及海运者。五年，上因漕督魏元煜等筹议海运，群以窒碍难行，独大学士英和有通筹漕、河全局，暂雇海船以分滞运，酌折漕额以资治河之议，下所司及督抚悉心筹画。卒以黄、运两河受病已深，非旦夕所能疏治，诏於明年暂行海运一次。
新授两江总督琦善言：“臣抵清江，即赴运河及济运、束清各坝逐加履勘。自借黄济运以来，运河底高一丈数尺，两滩积淤宽厚，中泓如线。向来河面宽三四十丈者，今只宽十丈至五六丈不等，河底深丈五六尺者，今只存水三四尺，并有深不及五寸者。舟只在在胶浅，进退俱难。济运坝所蓄湖水虽渐滋长，水头下注不过三寸，未能畅注。淮安三十馀里皆然，高、宝以上之运河全赖湖水，其情大可想见。请饬河、漕二臣将河面淤垫处展挑宽深，再放湖水，藉资輓送，以期不误北上期限。”上以“借黄济运，原系权宜办理，孙玉庭察看漕艘挽运艰难，不早陈奏变计，魏元煜旧任漕督，及与颜检坐观事机败坏，隐忍不言，糜帑病民，是诚何心？令将运河淤垫一律挑深，费由玉庭、元煜、检分赔。”琦善又言，自御黄坝堵闭，运河淤垫不复增高，而洪湖清水蓄至丈馀，各船可资浮送，不敢冒昧挑濬。工费至省在百万外，玉庭等罄其所有，断无如许家资。更可虑者，欲濬运河，必先堵束清坝，阻绝来源，而后可以涸底挑办。现湖水下注湍急，束清坝外跌塘甚深，又系清水，不能挂淤闭气。设正事兴挑，而束清坝臌开，则工废半途，费归虚掷。请停止里、扬运河挑工，以免草率而节糜费。”允之。是年，筑温榆河上游果渠村坝埽。七年，东河总督张井、副总河潘锡恩请修复北运河刘老涧石滚坝、中河厅南纤堤、扬粮二厅东西纤堤及堤外石工，移建昭关坝。上遣英和等驰勘，乃定移昭关坝於其北三元宫之南，馀如所请行。
十一年，高邮湖河漫马棚湾及十四堡，湖河连为一。江督陶澍请依嘉庆间故事，运河决口，重空粮艘均绕湖行。八月，十四堡塞。冬，马棚湾塞。先是澍抚苏时，以镇江运河并无水源，祗恃江潮浮送，下练湖湮塞已久，移建黄泥闸於张官渡以当湖之下流，俾得擎托湖流，使之回漾，稍济江潮之不逮，曾著成效。至十四年迁江督，复偕巡抚林则徐相度，於湖顶冲之黄金坝及东冈筑两重蓄水坝，培圩埂二千八百八十丈，使水得入湖。又建减水石坝二於湖之东堤，俾可宣泄暴涨。於入运处修复念七家古涵，以作水门，并建石闸以放水济运。是冬工竣，由涵引水出，竟能倒漾上行数十里，军船得衔尾而南。越二年，溜势变迁，河形湾曲，复移建黄泥闸於迤上二百丈，改为正越二闸，中建矶心，并改张官渡迤下六十里吕城闸为正越二闸，以利漕行。十五年，移筑囊沙引渠沙坝於西河漘外，以资收蓄，从东河总督吴邦庆请也。
十八年，运河浅阻，用河督栗毓美言，暂闭临清闸，於闸外添筑草坝九，节节擎蓄，於韩庄闸上朱姬庄迤南筑拦河大坝一，俾上游各泉及运河南注之水，并拦入微山湖。定收潴济运章程六。十九年，毓美以戴村坝卑矮，致汶水多旁泄，照旧制增高之。初，给事中成观言淮、扬芒稻闸、人字河不宜堵坝，阻水去路，下陶澍等议。至是覆称：“此坝蓄水由来已久，并不拦阻众水归江，不得轻议更张。”从之。时卫河浅涩，难以济运。东抚经额布请变更三日济运、一日灌田例。诏将百门泉、小丹河各官渠官闸一律畅开，暂避民渠民闸，如有卖水阻运盗挖情弊，即行严惩。明年，漕督朱澍复言：“卫河不能下注，有妨运道。”命河督文冲、豫抚牛鉴察勘。文冲等言：“卫河需水之际，正民田待溉之时。民以食为天，断不能视田禾之枯槁置之不问。嗣后如雨泽愆期，卫河微弱，船行稍迟，毋庸变通旧章。倘天时亢旱，粮船阻滞日久，是漕运尤重於民田，应暂闭民渠民闸，以利漕运。”从之。