十七年，辅疏言：“以驴运土，可减募夫之半；初拟二百日毕工，今改为四百日，又可减募夫之半。”河工故事，大堤谓之“遥堤”，堤内复为堤逼水，谓之“缕堤”，两堤间为横堤，谓之“格堤”。辅疏请就原估土方加筑缕堤，有馀量增格堤，南自白洋河，北自清河，上至徐州，视此兴筑。馀并如前议。疏入，复下廷议，允行。
上谕以治河大事，当动正项钱粮。辅疏言：“前议黄河两岸分筑遥、缕二隄，勘有旧堤贴近河身，拟作为缕堤，其外更筑遥堤。前议用驴运土，今议改车运。前议离堤三十丈内不许取土，今因宿迁、桃源等县人弱工多，改令二十丈外取土。前议河身两旁各挑引河一道，今以工费浩繁，除清河北岸浅工必须挑濬。馀俱用铁扫帚濬深河底。”下部议，从之。
是岁吴三桂死，上趣诸将帅进兵，辅欲节帑佐军，又以兴工后需费溢出原估，均颇改前议，先开清口引河四道，塞高家堰、王家冈、武家墩诸决口，筑堤束水。如所议施行。顾下流未大治，伏秋盛涨，水溢出堤上，复决砀山石将军庙、萧县九里沟。辅乃议设减水坝，於萧、砀、宿迁、桃源、清河诸县河南北两岸为坝十三，坝七洞，水盛藉以宣泄。辅复察清口淮、黄交会，黄涨侵灌运河，乃自新庄闸西南开新河至太平坝；又自文华寺开新河至七里闸，复折向西南，亦至太平坝；改以七里闸为运口，由武家墩烂泥浅转入黄河。运口距黄、淮交会处约十里，自此无淤垫之患。疏报，并议行。辅勘清水潭决口屡塞屡冲，乃弃深就浅，筑东西长堤二道，并挑新河八百四十丈，疏积水。山阳、高邮等七州县民田，至是皆出水可耕。
十八年，辅疏报，并请名新河曰永安河，报闻。翟家坝淮河决口成支河九道，辅饬淮扬道副使刘国靖等督堵塞，至是工竟，辅诣勘疏报，并言：“山阳、宝应、高邮、江都四州县潴水诸湖，逐渐涸出。臣今广为招垦，俾增赋足民，上下均利。”屯田之议自此起。
漕船自七里闸出口，行骆马湖达窑湾。夏秋盛涨，冬春水涸，重运多阻。辅议濬湖旁皂河故道，上接泇河通运。疏入，下廷议，上问诸臣意若何，左都御史魏象枢曰：“辅请大修黄河，上发帑二百五十一万，计一劳永逸。前奏堤坝已筑十之七，今又欲别开河道，所谓一劳永逸者安在？臣等虑漕运有阻，故议从其请。”上曰：“象枢言良是。河虽开，必上流浩瀚，方免淤滞。今雨少水涸，恐未必有济。即已成诸工，亦以旱易修，岂得恃为永固耶？”十九年五月，辅丁忧，命在任守制。秋，河复决，辅疏请处分，上趣辅修筑。二十年三月，辅疏言：“臣前请大修黄河，限三年水归故道。今限满，水未归故道，请处分。”下部议，当夺官，上命戴罪督修。
二十一年五月，上遣尚书伊桑阿、侍郎宋文运、给事中王曰温、御史伊喇喀勘工。候补布政使崔维雅奏上所著书，议尽罢辅所行减水坝诸法，大兴工，日役夫四十万，筑堤以十二丈为率。上命从伊桑阿等往与辅议之。伊桑阿等遍勘诸工，至徐州，令辅与维雅议，辅疏言：“河道全局已成十八九。萧家渡虽有决口，而海口大辟，下流疏通，腹心之害已除。断不宜有所更张，隳成功，酿后患。”伊桑阿等还京师，下廷议，工部尚书萨穆哈等请以萧家渡决口责辅赔修，上以赔修非辅所能任，未允；又议维雅条奏，伊桑阿请召辅询之。十一月，辅入对，言萧家渡工来岁正月当竟，维雅所议日用夫四十万、筑堤以十二丈为率，皆不可行。维雅议乃寝。上命塞决口，仍动正项钱粮。二十二年四月，辅疏报萧家渡合龙，河归故道，大溜直下，七里沟等四十馀处险汛日加，并天妃坝、王公堤及运河闸座，均应修筑。别疏请饬河南巡抚修筑开封、归德两府境河堤，防上流疏失。上均如所请。十二月，命复辅官。
二十三年十月，上南巡，阅河北岸诸工，谕辅曰：“萧家渡堤坝当培薄增卑，随时修筑。减水坝原用以泄水，遇泛溢横流，安知今日减水坝不为他年之决口？且减水旁流，浸灌民田，朕心深不忍。当筹画措置。”上见堤夫作苦，驻辔慰劳久之，谕辅戒官役侵蚀工食。复视天妃闸，谕辅宜改草坝，并另设七里、太平二闸杀水势。舟过高邮，见田庐在水中，恻然愍念。遣尚书伊桑阿、萨穆哈察视海口。还跸，复阅高家堰，至清口，阅黄河南岸诸工，谕辅运口当添建闸座，防黄水倒灌；复召辅入行宫慰谕，书阅河堤诗赐之。