初，陕西巡抚布喀劾四川陕西总督吴赫等侵蚀贫民籽粒银两，命鹏翮与傅腊塔往按。还奏未称旨，命鹏翮与傅腊塔复往陕西详审。三十九年春，还奏布喀、吴赫及知州蔺佳选、知县张鸣远等侵蚀挪用，各拟罪如律。上谕大学士曰：“鹏翮往陕西，朕留心访察，一介不取，天下廉吏无出其右。”
寻授河道总督，入辞，上谕令毁拦黄坝通下流，濬芒稻河、人字河湖入江。鹏翮到官，请撤协理徐廷玺及河工随带人员，并乞敕工部毋以不应查驳之事阻挠，并从之。寻疏言：“臣过云梯关，见拦黄坝巍然如山，下流不畅，无怪上流之溃决。应拆拦黄坝，挑濬河身，与上流一律宽深。”又言清口淤垫，应於张福口开引河，引清水入运敌黄，建闸以时启闭。又言人字河至芒稻山分二派，又名芒稻河，应濬使畅流；并濬凤凰桥引河及双桥、湾头二河，皆汇芒稻河入江。俱下部议行。寻以拦黄坝既撤，河身开濬深通，畅流入海，疏请赐名大通口。上嘉鹏翮章奏词简意明，治事精详，遣员外郎拖抗拖和、中书张古礼驰驿令鹏翮举所规画入奏。鹏翮疏陈开濬引河、运口，培修河岸堤坝诸事，并下部速议行。寻又疏陈河工诸弊，并请河员承挑引河，偶致淤垫，免其赔修；夫役劳苦，工成日请给印票免杂徭。上嘉其陈奏切要周备。寻又请於归仁堤五堡建矶心石闸，并於三义坝旧中河筑堤，改入新中河，合为一河，便粮艘通行。上谓所议甚当，并如所请。
上倚鹏翮治河，谓鹏翮得治河秘要，谕大学士曰：“鹏翮自到河工，日乘马巡视堤岸，不惮劳苦。居官如鹏翮，更有何议？”鹏翮以修治事状遣郎中王进楫入奏，上谕进楫归语鹏翮，加意防守高家堰。鹏翮乃增筑月堤及旁近诸堤坝。洪泽湖溢，泗州、盱眙被灾，上询修治策，鹏翮言：“泗州、盱眙屡被灾，即开六坝亦不能免。”上怒曰：“塞六坝乃于成龙题请，不自鹏翮始。顷因泗州、盱眙灾，令与阿山议修治，非欲开六坝救泗州、盱眙而令淮、扬罹水患也。鹏翮何昏愦乃尔！”四十一年，鹏翮疏请加筑清河县黄河南北岸戗堤，天妃闸改筑运口，草坝建石坝，改卞家庄土堤为石堤，皆议行。又以桃源城西烟墩黄水大涨，请加筑卫城月堤，并於邵家庄、颜家庄开引河，上虑部议迟延，特允之。四十二年，上南巡视河，制河臣箴、淮黄告成诗以赐，并书榜赉鹏翮父烺。
山东泰安、沂州等州饥，上命截漕二万石交鹏翮往赈。鹏翮令河员动常平仓穀二十八万馀石散赈，疏请以山东各官俸工补还。上责鹏翮河员发仓穀邀誉，乃令山东各官补还，鹏翮谢罪，仍以“殚心宣力、清洁自持”，加太子太保。
河决时家马头，数年未堵塞。鹏翮以淮安道王谦言劾山安同知佟世禄冒帑误工，夺官追偿。世禄再叩阍，上令尚书徐潮按治，鹏翮、谦坐诬劾当谴，上特宽鹏翮。工部侍郎赵世芳又劾鹏翮浮销十三万有奇，请逮治。上曰：“河工钱粮原不限数，水大所需多，水小所需少。如谓鹏翮以十三万入己，必无之事。河工恃用人，鹏翮用人不胜事，故至此耳。”因还世芳疏。上南巡，阅清口，见黄水倒灌，诘鹏翮，鹏翮不能对。上曰：“汝为王谦辈所欺，流於刻薄。大儒持身如光风霁月，况大臣为国，若徒自表廉洁，於事何益？”上舟渡河阅九里冈，嘉鹏翮修治如法，御制诗书扇以赐。及秋，淮、黄并涨，古沟、清水沟、韩家庄并溢，廷臣议夺官，上命仍留任。寻督塞诸处漫口。
四十五年，疏请开鲍家营引河，寻用通判徐光启言，拟开引河出张福口，分洪泽湖异涨，即为高家堰保障，谓为溜淮套。鹏翮与总督阿山、总漕桑额合疏请上莅视。四十六年，上南巡，阅所拟引河道，谕曰：“朕自清口至曹家庙，见地势甚高，标竿错杂。依此开河，不惟坏田产，抑且毁冢墓。鹏翮读书人，乃为此残忍事，读书何为？”诘责鹏翮，鹏翮谢罪。上以议为河山所主，非鹏翮意，削太子太保，夺官，仍留任。四十七年，以黄、运、湖、河修防平稳，命复官，并免应追帑银。寻迁刑部尚书。四十八年，调户部。
五十一年，江南总督噶礼与巡抚张伯行互劾，命鹏翮与总漕赫寿往按。鹏翮等右噶礼，请罢伯行。五十二年，调吏部。伯行劾布政使牟钦元，赫寿时为总督，与异议。五十三年，命鹏翮与副都御史阿锡鼐往按，复请雪钦元，议伯行罪斩。事互详伯行传。寻丁父忧，以原官回籍守制，服阕还朝。