辅以上念减水淹民，因议於宿迁、桃源、清河三县黄河北岸堤内开新河，谓之中河。於清河西仲家庄建闸，引拦马河减水坝所泄水入中河。漕船初出清口浮於河，至张庄运口，中河成，得自清口截流，迳渡北岸，度仲家庄闸，免黄河一百八十里之险。伊桑阿等还奏，议疏濬车路、串场诸河至白驹、丁溪、草堰诸口，引高邮等处减水坝所泄水入海。上命安徽按察使于成龙董其事，仍受辅节制，奏事由辅疏报。
二十四年正月，辅疏请徐州迤上毛城铺、王家山诸处增建减水闸，下廷议。上谕减水闸益河工无益百姓，不可不熟计，命遣官与辅详议，若分水不致多损民田，即令兴工。九月，辅疏报赴河南勘黄河两岸，请筑考城、仪封、封丘、荥泽堤埽，下部议行。成龙议疏海口泄积水，辅谓下河地卑於海五尺，疏海口引潮内侵，害滋大；议自高邮东车逻镇筑堤，历兴化白驹场，束所泄水入海，堤内涸出田亩，丈量还民，馀招民屯垦，取田价偿工费。疏闻，上谓取田价恐累民，未即许。
寻召辅、成龙驰驿诣京师廷议，成龙议开海口故道，辅仍主筑长堤高一丈五尺，束水敌海潮。大学士、九卿从辅议，通政使参议成其范、给事中王又旦、御史钱鎯从成龙议，议不决。上命宣问下河诸州县人官京师者，侍读宝应乔莱等乃言：“从成龙议，工易成，百姓有利无害；从辅议，工难成，百姓田庐坟墓多伤损，且堤高一丈五尺，束水至一丈，高於民居，伏秋溃决，为害不可胜言。”上颇右成龙，遣尚书萨穆哈、学士穆称额诣淮安会漕督徐旭龄、巡抚汤斌详勘。二十五年正月，萨穆哈等还奏，谓民间皆言濬海口无益。寻授成龙直隶巡抚，罢濬海口议。四月，召斌为尚书，入对，上复举其事以问，斌言濬海口必有益於民。上责萨穆哈、穆称额还京时不以实奏，夺官。召大学士九卿及莱等定议濬海口，发帑二十万，命侍郎孙在丰董其役。
工部劾辅治河已九年，无成功。上曰：“河务甚难，而辅易视之。若遽议处，后任者益难为力，今姑宽之，仍责令督修。”二十六年，辅疏言：“运堤减水以下河为壑，东即大海，濬海口似可纾水患；惟泰州安丰、东台、盐城诸县地势甚卑，形如釜底，若止就此挑濬，徒增其深。淮流甚涨，高家堰泄水汹涌而来，仍不能救民田之淹没。臣以为杜患於流，不若杜患於源。高家堰堤外直东为下河，东北为清口，当自翟家坝起至高家堰筑重堤万六千丈，束减水北出清口，则洪泽湖不复东淹下河。下河十馀万顷皆成沃产，而高、宝诸湖涸出田亩，可招民屯垦，以裕河库。”上使以辅疏示成龙，成龙仍言下河宜开，重堤不宜筑。上遣尚书佛伦，侍郎熊一潇，给事中达奇纳、赵吉士与总督董讷，总漕慕天颜会勘。佛伦等皆欲用辅议，天颜、在丰与相左。佛伦等还奏，下廷议，会太皇太后崩，议未上。
二十七年春，给事中刘楷，御史郭琇、陆祖修交章论辅，琇辞连辅幕客陈潢，祖修请罢辅，至以舜殛鲧为比；天颜、在丰亦疏论屯田累民，及辅阻挠开濬下河状。琇旋劾大学士明珠等，语复及辅。辅入觐，亦疏讦成龙、天颜、在丰等朋比谋陷害。上曰：“辅为总河，挑河筑堤，漕运无误，不可谓无功；但屯田、下河二事，亦难逃罪。近因被劾，论其过者甚多。人穷则呼天，辅若不陈辨朕前，复何所控告耶？”三月，上御乾清门，召辅与成龙、琇等廷辨，辅、成龙各持所见不相下。琇言辅屯田害民，辅言属吏奉行不善致民怨，因引咎，坐罢，以王新命代，佛伦、讷、在丰、达奇纳皆左迁，天颜、吉士并夺官，陈潢亦坐谴。
时中河工初竣，上遣学士开音布、侍卫马武往勘，还奏中河商贾舟楫不绝。上谕廷臣曰：“前者于成龙奏河道为靳辅所坏，今开音布等还奏，数年未尝冲决，漕运亦不误。若谓辅治河全无所裨，微特辅不服，即朕亦不惬。”因遣尚书张玉书、图纳，左都御史马齐，侍郎成其范、徐廷玺阅工，遍察辅所缮治，孰为当改，孰为不当改，详勘具奏。玉书等还言河身渐次刷深，黄水汎溜入海，两岸闸坝有应循旧者，有应移改者，多守辅旧规。
十一月，上遣尚书苏赫等阅通州运河，命辅偕往，请於沙河建闸蓄水，通州下流筑堤束水，从之。二十八年正月，上南巡阅河，辅扈行。阅中河，上虑逼近黄河，水涨堤溃；辅对若加筑遥堤即无患。还京师，谕奖辅所缮治河深堤固，命还旧秩。二十九年，漕运总督董讷以北运河水浅，拟尽引南旺河水北流；仓场侍郎开音布复疏请濬北运河。上谘辅，言南旺河水尽北流，南河必水浅，惟从北河两旁下埽束水，自可济运。上命偕开音布董理。