十一月壬申，金主率大军临采石，而别以兵争瓜洲。朝命成闵代锜、李显忠代权，锜、权皆召。义问被旨，命允文往芜湖趣显忠交权军，且犒师采石，时权军犹在采石。丙子，允文至采石，权已去，显忠未来，敌骑充斥。我师三五星散，解鞍束甲坐道旁，皆权败兵也。允文谓坐待显忠则误国事，遂立招诸将，勉以忠义，曰："金帛、告命皆在此，待有功。"众曰："今既有主，请死战。"或曰："公受命犒师，不受命督战，他人坏之，公任其咎乎？"允文叱之曰："危及社稷，吾将安避？"
至江滨，见江北已筑高台，对植绛旗二、绣旗二，中建黄屋，亮踞坐其下。谍者言，前一日刑白黑马祭天，与众盟，以明日济江，晨炊玉麟堂，先济者予黄金一两。时敌兵实四十万，马倍之，宋军才一万八千。允文乃命诸将列大阵不动，分戈船为五，其二并东西岸而行，其一驻中流，藏精兵待战，其二藏小港，备不测。部分甫毕，敌已大呼，亮操小红旗麾数百艘绝江而来，瞬息，抵南岸者七十艘，直薄宋军，军小却。允文入阵中，抚时俊之背曰："汝胆略闻四方，立阵后则儿女子尔。"俊即挥双刀出，士殊死战。中流官军亦以海鳅船冲敌，舟皆平沉，敌半死半战，日暮未退。会有溃军自光州至，允文授以旗鼓，从山后转出，敌疑援兵至，始遁。又命劲弓尾击追射，大败之，僵尸凡四千余，杀万户二人，俘千户五人及生女真五百余人。敌兵不死于江者，亮悉敲杀之，怒其不出江也。以捷闻，犒将士，谓之曰："敌今败，明必复来。"夜半，部分诸将，分海舟缒上流，别遣兵截杨林口。丁丑，果至，因夹击之，复大战，焚其舟三百，始遁去，再以捷闻。既而敌遣伪诏来谕王权，似有宿约。允文曰："此反间也。"仍复书言："权已置典宪，新将李世辅也，愿一战以决雌雄。"亮得书大怒，遂焚龙凤车，斩梁汉臣及造舟者二人，乃趋瓜洲。汉臣，教亮济江者也。
显忠至自芜湖，允文语之曰："敌入扬州，必与瓜洲兵合，京口无备，我当往，公能分兵相助乎？"显忠分李捧军万六千往京口，叶义问亦命杨存中将所部来会。允文还建康，即上疏言："敌败于采石，将徼幸于瓜洲。今我精兵聚京口，持重待之，可一战而胜。乞少缓六飞之发。"
甲申，至京口。敌屯重兵滁河，造三闸储水，深数尺，塞瓜洲口。时杨存中、成闵、邵宏渊诸军皆聚京口，不下二十万，惟海鳅船不满百，戈船半之。允文谓遇风则使战船，无风则使战舰，数少恐不足用。遂聚材治铁，改修马船为战舰，且借之平江，命张深守滁河口，扼大江之冲，以苗定驻下蜀为援。庚寅，亮至瓜洲，允文与存中临江按试，命战士踏车船中流上下，三周金山，回转如飞，敌持满以待，相顾骇愕。亮笑曰："纸船耳。"一将跪奏：南军有备，未可轻，愿驻扬州，徐图进取。亮怒，欲斩之，哀谢良久，杖之五十。乙未，亮为其下所杀。
初，亮在瓜洲，闻李宝由海道入胶西，成闵诸军方顺流而下，亮愈怒。还扬州，召诸将约三日济江，否则尽杀之。诸将谋曰："进有渰杀之祸，退有敲杀之忧，奈何？"有万戴者曰："杀郎主，与南宋通和归乡则生矣。"众曰："诺。"亮有紫茸细军，不临阵，恒以自卫，众患之，有萧遮巴者绐之曰："淮东子女玉帛皆聚海陵。"且嗾使往，细军去而亮死。
丙申，敌人退屯三十里，遣使议和。己亥，奏闻。召入对，上慰藉嘉叹，谓陈俊卿曰："虞允文公忠出天性，朕之裴度也。"诏免扈从，往两淮措置。允文至镇江，奏收两淮三策，不报。
明年正月，上至建康。寻议回銮，诏以杨存中充江淮、荆襄路宣抚使，允文副之。给、舍缴存中除命，于是允文充川陕宣谕使。陛辞，言："金亮既诛，新主初立，彼国方乱，天相我恢复也。和则海内气沮，战则海内气伸。"上以为然。允文至蜀，与大将吴璘议经略中原，璘进取凤翔，复巩州。金治兵争陕西新复州郡，蜀士欲弃之，允文持不可。
孝宗受禅，朝臣有言西事者，谓官军进讨，东不可过宝鸡，北不可过德顺，且欲用忠义人守新复州郡，官军退守蜀口。允文争之不得，吴璘遂归河池，盖用参知政事史浩议，欲尽弃陕西，台谏袁季、任古附和其说。允文再上疏，大略言："恢复莫先于陕西，陕西五路新复州县又系于德顺之存亡，一旦弃之，则窥蜀之路愈多，西和、阶、成，利害至重。"前后凡十五疏，且移书陈康伯，康伯牵于同列，不能回也。上将召允文问陕西事，执政忌其来，以显谟阁直学士知夔州，寻又命奏事。