隆兴元年入对，史浩既素主弃地，及拜相，亟行之，且亲为诏，有曰："弃鸡肋之无多，免锒心之未已。"允文入对言："今日有八可战。"上问及弃地，允文以笏画地，陈其利害。上曰："此史浩误朕。"以敷文阁待制知太平州，寻除兵部尚书、湖北京西宣抚使，改制置使。
时朝廷遣卢仲贤使金议和，汤思退又欲弃唐、邓、海、泗，手诏谓唐、邓非险要，可置度外，允文五上疏力争。思退怒，即奏曰："此皆以利害不切于己，大言误国，以邀美名。宗社大事，岂同戏剧。"上意遂定。思退阳请召允文，实欲去之也。允文上印，犹以四州不可弃为请，乞致仕。诏以显谟阁学士知平江府。思退竟决和议，割唐、邓。
二年，金兵复至，思退贬，上悔不用允文言。陈俊卿亦荐允文堪大用，除端明殿学士、同签书枢密院事。
乾道元年，拜参知政事兼知枢密院事。是秋，金遣完颜仲有所议，偃蹇不敬，允文请斩之，廷有异论，不果。会钱端礼受李宏玉带，事连允文，为御史章服所论，罢政，奉祠西归。
三年二月，召至阙，除知枢密院事兼参知政事。吴璘卒，议择代，上谕允文曰："吴璘既卒，汪应辰恐不习军事，无以易卿。凡事不宜效张浚迂阔，军前事，卿一一亲临之。"即拜资政殿大学士、四川宣抚使，寻诏依旧知枢密院事。归蜀一月，召至阙，不数月复使蜀。太上赐御书《圣主得贤臣颂》，上又为之制跋，陛辞，复以所御双履及甲胄赐焉。
过郢，奏筑黄鹰山城。过襄阳，奏修府城。八月至汉中，又往沔阳。九月，至益昌。先被手诏戒九事，洎至蜀，悉奉而行，尤以军政为急。又奏阅实诸军，第其壮怯为三，上备战，中下备辎重，老者少者不预。汰兵凡万人，减缗钱四百万。汰去兵有劳绩者，置员阙处之。兴、洋义士，民兵也，绍兴初以七万计，大散之战，将不授甲，驱之先官军，死亡略尽。命利帅晁公武核实，得二万三千九百余人。又得陕西弓箭手法，参绍兴制为一书，俾将吏守之。以马政付张松，奏依旧制分茶马为川、秦司。
初在枢府，萧遮巴以刷军中人为言，允文尝奏谕三衙抚存之。至是，金、洋、兴元归正人二万，遮道诉系缧之苦，允文分给官田，俾咸振业。欲结敌将姜挺、白沂，遵御札募巩人王嗣祖结外蕃以图金人，又得蕃僧六彪者偕往，竟无成说。时邛、蜀十四郡告饥，荒政凡六十五事，剑倅献羡钱五万，却之。
五年八月，拜右仆射、同中书门下平章事兼枢密使。允文多荐知名士，如洪适、汪应辰。及为相，籍人才为三等，有所见闻即记之，号《材馆录》。凡所举，上皆收用，如胡铨、周必大、王十朋、赵汝愚、晁公武、李焘其尤章明者也。上以兵冗财匮为忧，允文与陈俊卿议革三衙杂役，汰冗籍，三军无怨言。
六年，陈俊卿以奏留龚茂良忤上意，上震怒甚，俊卿待命浙江亭，两日不报。允文请对，极论体貌之道，叠拜榻前，遂命判福州。
诏以范成大为祈请使，为陵寝故。金不从，且谍报欲以三十万骑奉迁陵寝来归，中外汹汹，荆、襄将帅皆请增戍。允文谓："金方惩亮，决不轻动，不过以虚声撼我耳。"遂奏止之。朝论纷然，允文屹不动，敌卒无他。
自庄文太子毙，储位未定。允文上疏，且屡恳陈。七年正月，上两宫尊号，议始定，下诏皇第三子恭王惇立为皇太子，皇子恺以雄武、保宁军节度使判宁国府。皇太子寻尹临安。侍卫马军司牧地旧在临安，允文谓地狭不利刍牧，请令就牧镇江，缓急用骑过江便。三军有怨语，其后言者以此为言。
胡铨以台评去，允文奏留之经筵。铨荐朱熹，上问允文识熹否？允文谓熹不在程颐下，遂召熹，熹不至。检鼓院以六条抑上书人，允文力言不可，从之。
会庆节，金使乌林答天锡入见，金主婿也，骄倨甚，固请上降榻问金主起居，上不许，天锡跪不起，侍臣错愕失措。允文请大驾还禁中，且谕之曰："大驾既兴，难再御殿，使人来且随班上寿。"金使惭而退。
上以仆射名不正，改为左、右丞相。八年二月，授允文特进、左丞相兼枢密使，梁克家为右丞相。允文尝举克家自代，上不许。是月，以病乞解机政，又荐克家靖重有宰相器，至是始同相，手诏付允文曰："朕方欲武臣为枢密，曹勋如何？"允文谓勋人品卑凡，不可用。既而以张说签书枢密院事，右正言王希吕与台官交劾之。上怒希吕甚，手诏"与远恶监当。"允文缴回，上益怒。梁克家曰："希吕论张说，台纲也，左相救希吕，国体也。"上怒稍解，卒薄希吕之罚。