九年六月，英、法、俄、美四国兵百馀艘复来犯，知大沽防御严固，别於北塘登岸，我军失利。敌以马步万人分扑新河、军粮城，进陷唐儿沽，僧格林沁力扼大沽两岸。文宗手谕曰：“天下根本在京师，当迅守津郡，万不可寄身命於炮台。若不念大局，只了一身之计，有负朕心。”盖知其忠愤，虑以身殉也。寻於右岸迎战失利，炮台被陷，提督乐善死之。僧格林沁退守通州，夺三眼花翎，褫领侍卫内大臣及都统。迭命大臣议和，不就。敌兵日进，迎击，获英人巴夏礼送京师。战於通州八里桥，败绩。瑞麟又败於安定门外，联军遂入京。文宗先幸热河，圆明园被毁，诏褫僧格林沁爵、职，仍留钦差大臣。
十年九月，和议成，命遣撤残军，驰赴行在，未行，会畿南土匪蜂起，山东捻匪猖肆，复僧格林沁郡王爵，命偕瑞麟往剿。师至河间，匪多解散。诏促赴济宁、兖州督师。十一月，至济宁，贼已他窜回巢。疏陈军事，略曰：“捻首张洛行、龚瞎子、孙葵心等，各聚匪党无数。此外大小头目，人数不少。每年数次出巢打粮，辄向无兵处所。迨官兵往剿，业经饱掠而归。所至抢掳赀财粮米，村舍烧为赤地，杀害老弱，裹胁少壮。不从逆，亦无家可归。故出巢一次，即增添人数无算。此捻匪众多之情形也。匪巢四面一二百里外，村庄焚烧无存，井亦填塞。官兵裹粮带水，何能与之久持？一经撤退，匪踪紧蹑，往往因之失利。此各路官兵仅能堵御，不能进攻之情形也。每次出巢，马步数十万，列队百馀里。兵贼众寡悬殊，任其猖獗，无可如何。前此粤、捻各树旗帜，近年彼此相通，联为一气。官兵在北，粤匪在南，捻匪居中，以为粤匪屏蔽。若厚集兵力，分投进剿，捻匪一经受创，粤匪蠢动，非竭力相助，即另图北犯，以分我兵势。此剿捻不易之情形也。臣原带马步六千，续调陕甘、山东绿营及青州旗兵，共一万二千馀人。拟俟齐集，会合傅振邦、德楞额二军，相机直捣老巢。”疏入，诏：“捻匪正图北犯，应坐镇山东，以杜窥伺，毋轻举以误全局。”寻捻匪由徐州北窜，迎击於钜野羊山，亲率西凌阿、国瑞当其东，瑞麟及副都统格绷额当其西，杀贼甚众，而格绷额阵亡。瑞麟伤退，劾罢之，荐西凌阿、国瑞帮办军务。又劾团练大臣杜不能御贼，供应扰民，罢其任，团练归巡抚督办。邹县教匪宋绍明集众数千戕官，令国瑞、西凌阿击剿解散。
十一年，捻匪五旗并出，僧格林沁率诸将由金乡迎剿。遇贼於菏泽李家庄，战失利，察哈尔总管伊什旺布阵亡，回师驻唐家口。二月，令西凌阿驰赴汶上，会都统伊兴额、总兵滕家胜追贼至杨柳集，战殁。僧格林沁亲驻汶上，令西凌阿回守济宁。贼由沙沟渡运河，盘踞东平、汶上。德楞额追击於小汶河北岸，破之，贼始东窜。四月，令舒通额进剿，解滕县围。德楞额克沙沟营、临城驿，贼分两路奔窜。其入曹州境者，勾结长枪会匪扰郓城、钜野，令知府赵康侯集诸县乡团御之。教匪宋继明复纠众踞邹县凤凰山，令国瑞、德楞额攻之，连破贼圩，继明寻遁走乞抚。六月，亲赴曹州进剿会匪，连破之於曹县安陵集、濮州田潭，擒其渠李灿祥、陈怀五等。八月，捻匪渡运河，犯泰安、济南。僧格林沁亲率大军追蹑，败之於孙家镇，贼走青州。九月，袭击於临朐县南，沿诸城至沂水，黑旗捻党跨河抗拒，分兵击之，追及兰山兰溪镇歼焉。捷闻，复御前大臣，赏还黄缰，授正红旗汉军都统，管理奉宸苑。穆宗即位，特诏嘉其勤劳，复博多勒噶台亲王爵。
是年冬，会东军攻曹郡会匪，破濮州红川口贼圩，搜斩无遗。毁刘家桥、郭家唐房贼巢，又破定陶贼於大张寺，复范县。西凌阿等攻捻匪於钜野境，大捷，定陶踞匪闻风遁走。会匪郭秉钧自河西来犯，连击之於崔家坝，至黄河南岸，屡挫贼锋，曹郡渐清。疏陈军事，略曰：“捻匪老巢多在宿州、蒙城、亳州境内，其北来，每由归德之虞、永、夏，徐州之丰、沛、萧、砀，直入山东之曹、单、鱼台，或由宿、徐北至韩庄、八闸。今领重兵进驻亳州，偏於西南一隅。北至徐州三百馀里，再东更虑鞭长莫及。如派队轮转，由西路进攻贼圩，即使得手，距亳州尚远，东路捻众岂能坐待，势必由丰、砀、韩庄钞袭我军之后，我军不得不回顾北路。一经移动，则亳东之贼尾随，受其牵掣。故屯兵亳州之议，在豫省为良策，若欲卫东省兼顾北路藩篱，则未可行也。臣拟俟曹属肃清，移营单县，观皖捻动静，剿抚兼施。邹县教匪踞险难攻，暂准投诚，以示羁縻，留兵镇压。待南捻稍松，相机办理。滕、峄之匪，德楞额招安刘双印、牛际堂等，若有反侧，仍应往剿。河北教、捻各匪，本年两次鸱张，众不过一二万。臣令西凌阿、国瑞两次会剿，胜保等方能得手。胜保於此匪尚不能独力剿除，岂能当十馀万之捻众？寿张及曹属一带，臣已办理就绪，毋须胜保前来会剿。”疏上，诏从之。