同治元年正月捻匪二万馀由江北丰县犯金乡、鱼台，令翼长苏克金击走之。二月，亳捻张洛行合长枪会匪西窜，势甚张。僧格林沁率马队追至河南杞县许冈，贼列队横亘十馀里。苏克金等奋击，毙贼二千馀。西路援贼至，豫军亦来会剿，婴城而守，连日鏖战。以马队伏壕边伺贼懈，城中突出劲骑冲贼营，伏赴夹击，毁贼垒七，斩馘千馀。越日余际昌率步队至，与苏克金合击，冲贼为两，追杀二千馀。於是先破赵圩贼寨，合攻焦寨，援贼数至，皆击卻，贼宵遁。是役三路合剿，歼匪万馀，捷闻，特诏褒奖。僧格林沁督率诸将穷追窜匪，破之於尉氏东。贼踞民寨坚守，围攻之，旋虚东面诱之出，至樊家楼，尽歼焉。五月，补正黄旗领侍卫内大臣。长枪匪党董智信窜东明，苏克金驰剿，受降。营总富和破坦头集捻巢，招抚被胁数十圩寨。恒龄破焦桂昌於曹州，乞降，诛之。
六月，进攻商丘金楼寨。教匪郝姚氏及金鸣亭久踞金楼，其党尤本立、常立身尤凶悍，官军屡攻不克。僧格林沁先遣谍用间，谕令投诚，金鸣亭潜允降而不出，其子线驹居郭家老寨，密捕之。会有贼党通教匪，以鸣亭禀词示常立身，立身遂杀鸣亭，贼中自相疑忌。至是合兵进攻，游击许得等率降人为导，先攻入，大军继之，巷战，斩郝姚氏及其两子，常立身、尤本立、杨玉聪同授首，馀贼尽歼，夷其寨。乘势连破援贼於邢家圩、吴家庙、营廓集，前锋直抵亳州境。僧格林沁移驻夏邑，疏陈将帅市恩麾下，督抚见好属员，保举冗滥，吏治废弛，州县捏灾私徵，军饷不足，言甚切至。诏嘉其公忠，命统辖山东、河南军务，并直隶、山西四省督、抚、提、镇统兵大员均归节制。
八月，令恒龄、卓明阿等追捻匪姜台凌至裕州博望驿，大破之，馀众遁入山。别股李城、赵浩然等乘大军分队西行，纠众扰永城，复由砀山北窜。副都统色尔图喜追至鱼台罗家屯，战不利。僧格林沁促恒龄等回援，亲督进战於钜野满家洞，令马队诱贼深入，回击之，恒龄、国瑞分合冲突，毙贼数千。复连败之於子山集，贼东南窜。亳北白旗捻首李廷彦以邢大庄为老巢，附近贼圩互相首尾。九月，僧格林沁自攻卢庙，令国瑞、恒龄攻邢大庄及张大庄。廷彦见事急，诈称投诚，诱出诛之，党羽多乞降，惟孙老庄匪首孙彩兰不肯出。令降匪李匊奇为导，攻入寨，擒斩彩兰，诸寨皆下。亳东黑旗捻首宋喜沅，因与苏天柏相仇杀，诸悍党攻破王大庄、刘大庄两寨来降。诸小寨头目闻风归顺，亳北肃清。於是诸捻慑震兵威，多思反正。
二年正月，马林桥、唐家寨、张家瓦房、孟家楼、童沟集诸贼巢先后剿平，著名捻首魏喜元、苏天才、赵浩然、李大个子、田现、李城等或降或遁。张洛行为巨憝首恶，见势败，时思窜逸。会孙丑、刘大、刘二、杨二等由鹿邑西窜，令舒通额、苏克金等追之，战於魏桥，歼戮甚众。洛行欲由宿州趋徐州，为知州英翰所截。又闻西路诸匪被创，洛行遂潜回雉河集老巢。尹家沟、白龙庙与雉河集为犄角，二月，令舒通额等进攻尹家沟。贼出扑，击溃，遂攻雉河集。洛行夜遁，追至淝河北岸，拒战，歼贼过千，擒斩捻首韩四万等。逸匪多潜匿各庄寨，分军驻索。西洋寨捻首李勤邦投诚，诱擒张洛行及其子张憙以献，磔之。捻匪自蒙、亳创乱，已历十年，至是扫除。诏嘉僧格林沁谋勇兼备，加恩仍以亲王世袭罔替，并准服用上赐章服，以示优异。
时北路窜捻与教、会各匪句结肆扰，僧格林沁回师，令恒龄、苏克金驰赴直、东交界会剿，自剿淄川踞匪刘德培。六月，贼倾巢出扑，追败之於田庄，遂克县城。德培遁大白山，擒斩之，进攻邹县。白莲池匪首宋继明屡降屡叛，拥众二万馀，恃险抗拒。令总兵陈国瑞、郭宝昌猛攻，破其山寨，败窜红山，死守经月，粮尽欲遁。令舒通额等设伏岭下，陈国瑞於山北攻上焚其寨，杀贼过半。其窜山下者，伏起并歼。擒匪首李九，获宋继明尸及其家属。留国瑞暂驻，搜缉馀匪。即日令陈国瑞赴皖剿苗沛霖。
沛霖倔强淮北，当张洛行伏诛，惧，请散练归农。及僧格林沁北行，又袭攻蚌埠、怀远、寿州，围蒙城，皖军不能制。至是僧格林沁督军讨之。陈国瑞先至，连战皆捷，匪党丧胆。十月，大军进亳州，连克蒋集、杨家寨。与陈国瑞合攻，绝其粮道，破蔡家圩，淮河两岸贼垒悉尽。沛霖昏夜越壕出窜，为其党刺杀。总兵王万清斩首以献，逆党苗憬开等均伏法。寻破西洋集，擒匪首葛春元，颍、亳、寿境圩寨悉定，淮甸渐清。